找过渡态的基本经验(2)

2020-06-19 08:18

H -1.29899800 0.82842200 -1.42370100 H 0.04131100 0.34416800 -2.47445600 C -0.26442100 -1.61674500 0.77039900 H -1.13801600 -2.18351800 1.14228500 H 0.62859000 -2.16741900 1.12544200 C -0.26442100 -1.61674500 -0.77039900 H 0.62859000 -2.16741900 -1.12544200 H -1.13801600 -2.18351800 -1.14228500 B 8 14 D B 1 11 D

这里有一些我个人用TS找过渡态的经验:优先推荐两种方法,第一步都是将主要参加反应的键长延长0.2-0.5埃或者延长20%-40%,然后固定该键进行构象优化,然后再用TS+calcfc找过渡态或者用主反应坐标法找过渡态,一般情况下这样都能找到相应的过渡态,其中主反应坐标法由于不用算力常数在有些条件下会稍微快一点。这样还没有找到的话可以看一下输出文件中每一步的能量以及构象,然后从中选取最可能是过渡态的那个构象缩小步长(maxstep=7 or iop(1/8=7))继续找过渡态。如果仍然没有找到可以对你猜测的构象进行频率分析,然后查看有没有你所要的虚频,如果有的话用GV最下面的manual displacement 调节震动,选中你需要的虚频向左调0.2-0.4或者你不要的虚频向右调0.2-0.4以微调构象,然后接着套用上一种方法的后半部分继续找过渡态。 或者从产物构象SCAN参加反应的键长,逐渐拉长键长然后看能量的变化趋势(注意这里只选择一个键),选取能量的最高点的坐标进行过渡态优化(见图示)。经过以上的方法基本上可以99%以上能找到过渡态。

如果你仍然找到过渡态那可以调整你的初始猜测构象然后重复以上的步骤。重复N次后你仍然找不到过渡态的话请重新思考你所假象的反应通道是否正确,当然如果每次找过渡态都会跑到产物或反应物构象上,则该步反应可能没有过渡态~~所有方法都用了还是找不到过渡态那可以试一下calcall,当然这也不保证你能找到过渡态~~如果你还不放心那你可以用SCAN扫描键长的方法扫描所有可能参加反应的键,然后查看势能面从中选取鞍点做过渡态优化(这会消耗大量的机时,虽然准确但绝不推荐,另本文中的势能面使用am1做的,仅供参考)……

在找过渡态的过程中刚开始的时候不要用大基组来算,用3-21甚至sto-3就可以。如果体系中全部都是前三个周期的原子那用pm6或am1来进行构象初始优化以及过渡态的寻找也是可行的。当用低的基组优化完直接读chk,ts+rcfc进一步用大基组优化过渡态即可。

最后说下过渡态优化经常碰到的两个问题:一个是由于优化步数不够的导致出错,可以在opt里面加上maxcyc=N强制优化N步;另外一个错误是Wrong number of Negative eigenvalues:…… 这个可以通过加上opt=noeigentest参数来解决。

找过渡态是件比较麻烦的事情,但也是件有意思的事情,怎么看就看你自己了。文中虽然以DA反应这么一个简单的反应作为示例,但是实


找过渡态的基本经验(2).doc 将本文的Word文档下载到电脑 下载失败或者文档不完整,请联系客服人员解决!

下一篇:GSP认证的意义及其必要性探讨

相关阅读
本类排行
× 注册会员免费下载(下载后可以自由复制和排版)

马上注册会员

注:下载文档有可能“只有目录或者内容不全”等情况,请下载之前注意辨别,如果您已付费且无法下载或内容有问题,请联系我们协助你处理。
微信: QQ: