1 产水菌门(Aquificae) 1.1 产水菌纲(Aquificae) 2 热袍菌门(Thermotogae) 2.1 热袍菌纲(Thermotogae)
3 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria) 3.1 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria) 4 恐球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus) 4.1 恐球菌纲(Deinococci) 5 产金菌门(Chrysiogenetes) 5.1 产金菌纲(Chrysiogenetes) 6 绿弯菌门(Chloroflexi) 6.1 绿弯菌纲(Chloroflexi) 6.2 厌氧绳菌纲(Anaerolineae) 7 热微菌门(Thermomicrobia) 7.1 热微菌纲(Thermomicrobia) 8 硝化螺旋菌门(Nitrospira) 8.1 硝化螺旋菌纲(Nitrospira) 9 脱铁杆菌门(Deferribacteres) 9.1 脱铁杆菌纲(Deferribacteres) 10 蓝藻门(Cyanobacteria) 10.1 蓝藻纲(Cyanobacteria) 11 绿菌门(Chlorobi) 11.1 绿菌纲(Chlorobia)
12 变形菌门(Proteobacteria)
12.1 α-变形菌纲(Alphaproteobacteria) 12.2 β-变形菌纲(Betaproteobacteria) 12.3 γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria) 12.4 δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria) 12.5 ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)
13 厚壁菌门(Firmicutes)（低G+C革兰氏阳性菌） 13.1 梭菌纲(Clostridia) 13.2 柔膜菌纲(Mollicutes) 13.3 芽孢杆菌纲(Bacilli)
14 放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌） 14.1 放线菌纲(Actinobacteria) 15 浮霉菌门(Planctomycetes) 15.1 浮霉菌纲(Planctomycetacia) 16 衣原体门(Chlamydiae) 16.1 衣原体纲(Chlamydiae) 17 螺旋体门(Spirochaetes) 17.1 螺旋体纲(Spirochaetes) 18 纤维杆菌门(Fibrobacteres) 18.1 纤维杆菌纲(Fibrobacteres) 19 酸杆菌门(Acidobacteria)
19.1 酸杆菌纲(Acidobacteria) 20 拟杆菌门(Bacteroidetes) 20.1 拟杆菌纲(Bacteroidetes) 20.2 黄杆菌纲(Flavobacteria) 20.3 鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria) 21 梭杆菌门(Fusobacteria) 21.1 梭杆菌纲(Fusobacteria) 22 疣微菌门(Verrucomicrobia) 22.1 疣微菌纲(Verrucomicrobiae) 23 网团菌门(Dictyoglomi) 23.1 网团菌纲(Dictyoglomi)
24 芽单胞菌门(Gemmatimonadetes) 24.1 芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes)
产水菌门(Aquificae)
产水菌纲(Aquificae) 产水菌目(Aquificales) 产水菌科(Aquificaceae) 产水菌属(Aquifex) (Calderobacterium) (Hydrogenobaculum) (Hydrogenobacter) (Hydrogenothermus) (Persephonella)
(Sulfurihydrogenibium) (Thermocrinis) 科未定
(Balnearium)
(Desulfurobacterium) (Thermovibrio)
热袍菌门(Thermotogae)
热袍菌纲(Thermotogae) 热袍菌目(Thermotogales) 热袍菌科(Thermotogaceae) 热袍菌属(Thermotoga) (Fervidobacterium) (Geotoga) (Marinitoga)
(Petrotoga) (Thermosipho)
热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)
热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria) 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales) 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae) 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium) (Thermodesulfatator)
恐球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)
恐球菌纲(Deinococci) 恐球菌目(Deinococcales) 恐球菌科(Deinococcaceae)
恐球菌属(Deinococcus) （注：依据希腊语δεινο? / deinos，与“恐龙”的dino-同源）
栖热菌目(Thermales) 栖热菌科(Thermaceae) 栖热菌属(Thermus)
海栖热菌属(Marinithermus) 亚栖热菌属(Meiothermus) 海洋栖热菌属(Oceanithermus) 火山栖热菌属(Vulcanithermus)
产金菌门(Chrysiogenetes)
产金菌纲(Chrysiogenetes) 产金菌目(Chrysiogenales) 产金菌科(Chrysiogenaceae) 产金菌属(Chrysiogenes)
绿弯菌门(Chloroflexi)
绿弯菌纲(Chloroflexi) 绿弯菌目(Chloroflexales) 绿弯菌科(Chloroflexaceae) 绿弯菌属(Chloroflexus) 绿线菌属(Chloronema) 太阳发菌属(Heliothrix) 玫瑰弯菌属(Roseiflexus)
颤绿菌科(Oscillochloridaceae) 颤绿菌属(Oscilochloris)
爬管菌目(Herpetosiphonales) 爬管菌科(Herpetosiphonaceae) 爬管菌属(Herpetosiphon)
厌氧绳菌纲(Anaerolineae) 厌氧绳菌目(Anaerolineales) 厌氧绳菌科(Anaerolineaceae) 厌氧绳菌属(Anaerolinea) 暖绳菌属(Caldilinea)
热微菌门(Thermomicrobia)
热微菌纲(Thermomicrobia) 热微菌目(Thermomicrobiales) 热微菌科(Thermomicrobiaceae) 热微菌属(Thermomicrobium)
硝化螺旋菌门(Nitrospira)
硝化螺旋菌纲(Nitrospira) 硝化螺旋菌目(Nitrospirales) 硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae) 硝化螺旋菌属(Nitrospira) 钩端螺菌属(Leptospirillum) 磁杆菌属(Magnetobacterium)
热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)
脱铁杆菌门(Deferribacteres)
脱铁杆菌纲(Deferribacteres) 脱铁杆菌目(Deferribacterales) 脱铁杆菌科(Deferribacteraceae) 脱铁杆菌属(Deferribacter) (Denitrovibrio) (Flexistipes) (Geovibrio) 科未定
(Synergistes) (Caldithrix)
蓝藻门(Cyanobacteria)
蓝藻纲(Cyanobacteria)
注：本文采用的Bergey's手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均为形态分类，
其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称为习习用法，科不列名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注\。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为系统发育分类系统。
此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避免与其余细菌重名。
色球藻目(Chroococcales)@ 第一科@
管孢藻属(Chamaesiphon)@ 色球藻属(Chroococcus)@ (Cyanobacterium)@ (Cyanobium)@ (Cyanothece)@
蓝纤维藻属(Dactylococcopsis)@ (Gloeobacter)@
黏球藻属(Gloeocapsa)@ 黏杆藻属(Gloeothece)@ 微囊藻属(Microcystis)@
原绿球藻属(Prochlorococcus)@ 原绿藻属(Prochloron)@ 聚球藻属(Synechococcus)@ 集胞藻属(Synechocystis)@ 宽球藻目(Pleurocapsales)@ 第一科@
(Cyanocystis)@ (Dermocarpella)@ (Stanieria)@
异球藻属(Xenococcus)@ 第二科@
拟色球藻属(Chroococcidiopsis)@ 黏囊藻属(Myxosarcina)@ 宽球藻属(Pleurocapsa)@ 颤藻目(Oscillatoriales)@ 第一科@
节螺藻属(Arthrospira)@ （包含商业化螺旋藻） (Borzia)@ (Crinalium)@ (Geitlerinema)@
盐螺旋藻属(Halospirulina)