(Gemmiger) (Labrys)
(Methylorhabdus)
土微菌属(Pedomicrobium)
突柄微菌属(Prosthecomicrobium) (Rhodomicrobium) (Rhodoplanes) (Seliberia) (Starkeya)
黄色杆菌属(Xanthobacter)
甲基杆菌科(Methylobacteriaceae) 甲基杆菌属(Methylobacterium) (Microvirga) (Protomonas) (Roseomonas)
红菌科(Rhodobiaceae) 红菌属(Rhodobium) (Roseospirillum)
短小盒菌目(Parvularculales) 短小盒菌科(Parvularculaceae) 短小盒菌属(Parvularcula)
β-变形菌纲(Betaproteobacteria) 伯克氏菌目(Burkholderiales) 伯克氏菌科(Burkholderiaceae) 伯克氏菌属(Burkholderia) (Cupriavidus) (Lautropia) (Limnobacter) (Pandoraea) (Paucimonas)
(Polynucleobacter) 青枯菌属(Ralstonia) (Thermothrix)
沃特氏菌属(Wautersia)
草酸杆菌科(Oxalobacteraceae) 草酸杆菌属(Oxalobacter) (Duganella)
(Herbaspirillum) (Janthinobacterium) (Massilia)
(Oxalicibacterium) (Telluria)
产碱菌科(Alcaligenaceae)
产碱菌属(Alcaligenes) 无色杆菌属(Achromobacter) 博德氏菌属(Bordetella) (Brackiella)
德克斯氏菌属(Derxia) (Kerstersia) (Oligella) (Pelistega) (Pigmentiphaga) (Sutterella) (Taylorella)
丛毛单胞菌科(Comamonadaceae) 丛毛单胞菌属(Comamonas) 食酸菌属(Acidovorax) (Alcyclophilus) (Brachymonas) (Caldimonas)
代尔夫特菌属(Delftia) (Diaphorobacter)
噬氢菌属(Hydrogenophaga) (Hylemonella) (Lampropedia) (Macromonas) (Ottowia) (Polaromonas) (Ramlibacter) (Rhodoferax) (Variovorax) (Xenophilus) 科未定
(Aquabacterium) (Ideonella)
纤发菌属(Leptothrix) (Roseateles)
红长命菌属(Rubrivivax) (Schlegelella) (Sphaerotilus) (Tepidimonas) (Thiomonas) (Xylophilus)
嗜氢菌目(Hydrogenophilales) 嗜氢菌科(Hydrogenophilaceae) 嗜氢菌属(Hydrogenophilus) 硫杆状菌属(Thiobacillus)
嗜甲基菌目(Methylophilales) 嗜甲基菌科(Methylophilaceae) 嗜甲基菌属(Methylophilus) (Methylobacillus) (Methylovorus)
奈瑟菌目(Neisseriales) 奈瑟菌科(Neisseriaceae) 奈瑟菌属(Neisseria) (Alysiella)
水螺菌属(Aquaspirillum) (Chromobacterium) 艾肯氏菌属(Eikenella) (Formivibrio) (Iodobacter)
金氏菌属(Kingella) (Laribacter) (Microvirgula) (Morococcus) (Prolinoborus) (Simonsiella) (Vitreoscilla) (Vogesella)
亚硝化单胞菌目(Nitrosomonadales) 亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae) 亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas) (Nitrosolobus)
亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira) 螺菌科(Spirillaceae) 螺菌属(Spirillum)
嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae) 加利翁氏菌属(Gallionella) 红环菌目(Rhodocyclales) 红环菌科(Rhodocyclaceae) 红环菌属(Rhodocyclus) 固氮弓菌属(Azoarcus) (Azonexus) (Azospira) (Azovibrio) (Dechloromonas) (Dechlorosoma) (Ferribacterium) (Propionibacter) (Propionivibrio) (Quadricoccus)
(Sterolibacterium) 陶厄氏菌属(Thauera) 动胶菌属(Zoogloea)
普罗卡杆菌目(Procabacteriales) 普罗卡杆菌科(Procabacteriaceae) 普罗卡杆菌属(Procabacter)
γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria) 着色菌目(Chromatiales) 着色菌科(Chromatiaceae) 着色菌属(Chromatium) (Allochromatium) (Amoebobacter)
盐着色菌属(Halochromatium) (Isochromatium) (Lamprobacter) (Lamprocystis) (Marichromatium)
亚硝化球菌属(Nitrosococcus) (Pfennigia)
棍着色菌属(Rhabdochromatium) (Rheinheimera)
热着色菌属(Thermochromatium) 硫碱球菌属(Thioalkalicoccus) 硫橄榄菌属(Thiobaca) 硫匣菌属(Thiocapsa) 硫球菌属(Thiococcus) 硫囊菌属(Thiocystis) 硫网菌属(Thiodictyon)
硫黄球菌属(Thioflavicoccus) 硫盐匣菌属(Thiohalocapsa) (Thiolamprovum) (Thiopedia)
硫红球菌属(Thiorhodococcus) 硫红弧菌属(Thiorhodovibrio) 硫螺菌属(Thiospirillum)
外硫红螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae) 外硫红螺旋菌属(Ectothiorhodospira) 碱湖生菌属(Alcalilimnicola) 碱螺菌属(Alkalispirillum) (Arhodomonas)
盐红螺旋菌属(Halorhodospira) 硝化球菌属(Nitrococcus)
硫碱螺旋菌属(Thioalkalispira)
硫碱弧菌属(Thialkalivibrio) 硫红螺旋菌属(Thiorhodospira)
盐硫杆状菌科(Halothiobacillaceae) 盐硫杆状菌属(Halothiobacillus) 酸硫杆状菌目(Acidithiobacillales) 酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae) 酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus) 热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae) 热硫杆状菌属(Thermithiobacillus) 黄色单胞菌目(Xanthomonadales) 黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae) 黄色单胞菌属(Xanthomonas) (Frateuria) (Fulvimonas) (Luteimonas) (Lysobacter) (Nevskia)
(Pseudoxanthomonas) (Rhodanobacter) (Schineria)
(Stenotrophomonas) (Thermomonas) (Xylella)
心杆菌目(Cardiobacteriales) 心杆菌科(Cardiobacteriaceae) 心杆菌属(Cardiobacterium) (Dichelobacter) (Suttonella)
硫发菌目(Thiotrichales) 硫发菌科(Thiotrichaceae) 硫发菌属(Thiothrix) 无色菌属(Achromatium) (Beggiatoa) (Leucothrix) (Thiobacterium) (Thiomargarita) (Thioploca) (Thiospira)
(Francisellaceae) (Francisella)
(Piscirickettsiaceae) (Piscirickettsia) (Cycloclasticus) (Hydrogenovibrio)