院徽以橙、红、蓝、白为主色，总体设计简洁生动，中心部分是大写的英文字母“S”和“W”，是software（软件）的缩写，同时又像一轮冉冉升起的朝阳，色调清新、明快，充满活力，象征着学院锐意进取的拼搏精神和美好和谐的发展前景。
院徽中心是以中国古代建筑中最具特色的一种构件斗拱为原型，将其抽象化、立体化，图案简单，造型独特，寓意丰富，形式饱满，富有立体感，用以代表建筑学科。院徽下方的英
文“SACE”为学院的英文缩写，“1987”为学院建筑学科的成立时间。
院徽中心蛇杖是国际通用医学标志,在西腊神话中象征神奇的医术和中立的医德；五颗五角星象征中国传统文化中的“金、木、水、火、土”；丰满的翅膀象征学院莘莘学子，
志向远大，展翅翱翔，更寓意学院各项事业展翅腾飞，医学发展普济世人；“1996”与展开的卷轴表示学院成立于1996年，以此为时间基点，书写无限篇章 。
院徽中心以海外教育学院英文缩写（OEC）为设计元素，粗线条是E的衍变，中间椭圆为O的变形，整体形象则是C的演绎。整体视觉印象和全球视野有关联，凸显学院面向全球的办学理念和打造具有国际知名度的教学机构的目标。
院徽中心设置以象征学习研究的放大镜为造型，两道弧线简练而颇具生动。放大镜的中间部分为球状的世界地图，并以东南亚国家地区为中心成透视格子排列，或暗示着基于东南
亚学术研究为基础的学院历史，形象庄重，一目了然。纵横的格子即如经纬纵横，又如源源不断的国际事件和案例，等
待师生们去共同求索和进步。
院徽中心是字母c和e的变形，有continue education和e-learning涵义。构图用中国书法表达，体现学院举办有中国特色和厦门大学特色继续教育的理念。图案的直观形象既像勤奋好学的学生，又像大海的浪花，象征学院有大海一样宽广胸怀，利用网络电子平台，为更多的人提供终身教育的 机会。
院徽中心设置以象征学习研究的放大镜为造型，两道弧线简练而颇具生动。放大镜有“关注”及“研究”之意，这个图形符号简约地构成了一种眼光，一种紧扣以东南亚（南洋）地域为主体，最终达全球的专注目光，体现了一种博大且精
深的治学态度。“1956”更代表了研究院的历史和学术沉淀。底图的颜色充分显示了东南亚（南洋）研究中离不开与蓝色海洋的关系。
院徽中心是由大写英文字母“TW”构成的“翻开的书本”，契合本院从事台湾研究、教书育人的内涵；书页图案为大陆和台湾的轮廓，意为“两岸一家”；中间的圆点即为研究院所在地厦门；“1980”为研究院成立的年份。
院徽中心的“IHE”为“Institute of Higher Education”（高等教育研究所）的缩写。主要说明本院以“高等教育研究”为主要特色，研究院将以繁荣中国高等教育、创新中国高等教育理论研究为己任，继往开来，继续保持中国高等教育研究的领先地位。“1978”为研究院前身高等教育科学研 究所建立时间。
徽标中心体育运动项目图案代表三大项传统运动项目，即田径、球类、游泳。内涵教学部由传统体育运动拓展到现代多项时尚体育运动，体现厦门大学更高、更快、更强的体育精神和健康向上的生活理念。
院徽中心以盾牌为底，代表“王亚南”的对称形象符号为中心，充分展现研究院严谨的治学精神和高贵的学术气质；英文简称“WISE”，也有智慧之意，居于盾牌上部，体现了研究院追求卓越的办学理念和致力于国际化发展的办学目标。
院徽中心“IFAS为院名英文缩写，内衬为校徽，透明带表示全球互动合作。整体设计表明研究院致力于世界同行认可的具有国际水准的创新型财会研究和全球范围的交流与合作，力争成为国内领先、国际知名的研究机构。
院徽中心以显微镜代表科学技术，以DNA双螺旋代表生命密码，以圆弧体现两者的结合。蓝、绿、红三色分别代表了专业权威、饱含希望和蓬勃兴盛。综合表达研究院运用现代科学的精尖技术和手段，进行分子水平的前沿研究，深入探索人体机理奥秘，解析关乎人类健康的重大课题，体现研究院
沟通生物学与医学学科，致力于高水平学术研究与成果转化，造福人类的目标。
院徽中心以能源的英文首字母“E”为设计元素，化为一只展翅高飞的鹏鸟，体现能源助力腾飞的内涵；同时又似一只大手托起“能源”之球，体现开发新能源及能源高效利用的主题；整体还构成一个人，体现研究院整合人才与资源，呈现
出腾飞的精神风采。
院徽中心是以厦门为中心的世界地图，体现了研究院立足厦门、放眼世界努力成为服务于地方、国家乃至世界海洋与海岸带可持续发展的科技支撑机构和国际人才培训机构。图案主体以蓝色为主色调，象征海洋科学和海洋知识，表明研究院致力于海洋与海岸带地区发展前沿领域的科学研究。院徽 总体体现了研究院追求环境健康与可持续发展的宗旨。 徽标中心以立足微观世界，放眼宏观宇宙为设计理念，用旋转的线条在四维空间伸展，构成行星轨道的形态，又像眼睛的形象，在观察宇宙、认识世界。院徽以“亦玄”名之，与中心大楼“亦玄馆”名相吻合，体现中心研究的微纳科技玄妙深奥，至微至大，与浩瀚的宇宙相同，从宏观世界入微观
世界；另一角度也说明微纳技术常常应用于航天航空中，可探索了解宇宙奥秘。
院徽中心采用秦汉瓦当图形和小篆字体，旨在突出国学学科悠久的学术传承和深厚的文化积淀。院徽下方的“国学”英文翻译，采用目前较为通用的专用名词以汉语拼音直译的方式，以避免“汉学”等词义不准确的翻译方式。