大楼建设采用三维立体分区的方法，将不同的功能立体叠加起来，根据各功能不同的使用性质、空间需求和相互之间的流线关系，分别 将其安排在不同的竖向空间体块中。
大楼的平面布置也同样体现了内部功能于周边自然的“对话”。建科大楼的平面不用于传统的方形——集中的“口”字形设计，而是采用了朝东“挖”掉一块的“凹”字形的布局。设计者的初衷是希望探
寻一种在深圳气候条件下，最能够实现自然采光、自然通风的平面形
式。
相比较“口”字形的传统矩形平面，“凹”字形的平面能提供更
多的直接接触室外的外墙，也就能让更多的人有机会坐到临近窗口的位置，享受自然的光线和通风。“凹”字形的凹口旋转朝向东南向，迎着深圳地区的常年主导风——东南风，并且前后两个空间微微错开，进一步加强了室内形成“穿堂风”的效果。
大楼为降低城市的热岛效应作出了贡献。
1 采用高透水性与高保水性、低日照反射率的路面铺装材料；确
保地面铺装被建筑或高大乔木的阴影覆盖，覆盖率超过50%。 2 设置露天水体，在大楼首层东侧设置喷泉水池，在架空层及南
侧布置人工湿地，并连同架空层有效降低小区域温度，创造乘凉场所。
3 采用非常规能源以减少排热，如以太阳能、风能替代常规能源。 4 屋顶构架采用日照反射率高的材料，如光电板和浅色的涂料。玻璃采用对热能反射性能高的Low-E玻璃。 5 建筑布局充分考虑室外场地自然通风。 6 利用雨水、中水对建筑物暴露的地面进行洒水。
7 建筑外立面立体绿化，结合西向遮阳设计爬藤类植物，各层设置花坛绿化。
首层的迎宾大厅采用架空的方法将空间与城市联通。
大楼的低层区域安排对采光和通风要求不高的展厅和实验室；高层区域采光通风良好、景观视野开阔的部分安排人员众多的办公和设计功能；交流会议和多功能厅布置在大楼的中间，成为空中的绿化花
园和交流平台，有效地服务上下两个部分。顶部布置文娱活动、住宿休息和餐厅等配套功能。屋顶为花园、菜地和安置各种设备的场所。