专用发票、协查结果中允许抵扣的专用发票的份数、金额、税额。（3）第5栏填写税务机关告知的《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的本期稽核相符的海关进口增值税专用缴款书、协查结果中允许抵扣的海关进口增值税专用缴款书的份数、金额、税额。（4）第7栏“废旧物资发票”不再填写。（5）第8栏填写税务机关告知的《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的本期稽核相符的运输费用结算单据、协查结果中允许抵扣的运输费用结算单据的份数、金额、税额。（6）第23栏填写认证相符但未收到稽核比对结果的增值税专用发票月初余额数。（7）第24栏填写本月己认证相符但未收到稽核比对结果的专用发票数据。（8）第25栏填写已认证相符但未收到稽核比对结果的专用发票月末余额数。（9）第28栏填写本月未收到稽核比对结果的海关进口增值税专用缴款书。（10）第30栏“废旧物资发票”不再填写。（11）第31栏填写本月未收到稽核比对结果的运输费用结算单据数据。
主管税务机关在受理辅导期纳税人纳税申报时，按照以下要求进行“一窗式”票表比对。（1）审核《增值税纳税申报表》附表二第3栏份数、金额、税额是否等于或小于本期稽核系统比对相符的专用发票抵扣联数据。（2）审核《增值税纳税申报表》附表二第5栏份数、金额、税额是否等于或小于本期交叉稽核比对相符和协查后允许抵扣的海关进口增值税专用缴款书合计数。（3）审核《增值税纳税申报表》附表二中第8栏的份数、金额是否等于或小于本期交叉稽核比对相符和协查后允许抵扣的运输费用结算单据合计数。（4）申报表数据若大于稽核结果数据的，按现行“一窗式”票表比对异常情况处理。
（四）纳税辅导期结束
纳税辅导期内，主管税务机关未发现纳税人存在偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税或其他需要立案查处的税收违法行为的，从期满的次月起不再实行纳税辅导期管理，主管税务机关应制作、送达《税务事项通知书》，告知纳税人；主管税务机关发现辅导期纳税人存在偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税或其他需要立案查处的税收违法行为的，从期满的次月起按照本规定重新实行纳税辅导期管理，主管税务机关应制作、送达《税务事项通知书》，告知纳税人。 （五）相关文件废止
本办法自2010年3月20日起执行。《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的紧急通知》（国税发明电[2004]37号）、《国家税务总局关于辅导期一般纳税人实施“先比对、后扣税”有关管理问题的通知》（国税发明电[2004]51号）、《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的补充通知》（国税发明电[2004]62号）、《国家税务总局关于辅导期增值税一般纳税人增值税专用发票预缴增值税有关问题的通知》（国税函[2005]1097号）同时废止。
六、纳税筹划与注意事项
第一，纳税人应当根据具体情况选择成为一般纳税人还是小规模纳税人，注意运用分立企业的技术来保持小规模纳税人身份。 第二，符合一般纳税人申请条件的纳税人应当及时申请，以免遭受不利的税收待遇。 第三，对于实行纳税辅导的纳税人，应当严格遵守相关规定，保证按期结束纳税辅导。