(一) 统一思想，提高认识，以生态系统学的观点解决生态环境问题
要充分认识生态环境保护与建设的紧迫性、长期性、艰巨性，增强生态环境的忧患意识与危机感，认真贯彻落实江总书记在中央人口资源环境工作座谈会上的讲话精神、国务院《全国生态环境保护纲要》以及市委市政府《关于加强生态环境保护与建设的决定》，站在全局与长远发展的战略高度，把生态环境保护与建设列为重庆市必须着重解决的重大战略性问题，妥善处理好经济建设与生态环境保护的关系。
生态环境质量继续恶化是重工程建设（包括生态建设）、忽视生态保护的结果。因此，要从思想上纠正边建设边破坏与克服重建设轻保护的倾向，认真贯彻执行国务院关于\生态建设与生态保护并举\与\保护优先，预防为主，防治结合\的方针政策，控制生态破坏程度与范围不再扩大，是遏制生态破坏趋势的关键。生态保护主要运用生态系统学的观点，以维护生态系统结构合理、功能齐全为宗旨，而不能只依靠工程建设，不能单纯追求植被覆盖率。
（二） 加强领导，落实责任，建立环境与发展的综合决策机制 在市政府的统一领导下，实行分工负责，建立部门对生态保护与建设的目标责任制，逐步形成由多部门的分散管理协调到统一监督管理的轨道。各区县（自治县、市）政府要加强生态保护工作，提高管理人员素质，形成由市级环保、计委、农业、林业、水利、国土等部门以及区县（自治县、市）政府齐抓共管的局面。 建立环境保护党政\一把手\负责制。党政\一把手\要对本辖区内生态环境质量负责，将生态环境质量作为对党政领导干部实绩考核的重要内容，进行考核奖惩。 实行重大决策环境影响评价制度，自然资源开发及生态建设等非污染性项目，必须进行生态环境影响评价。对于可能造成生态环境破坏与不利影响的项目，必须做到生态环境保护与恢复措施与资源开发与建设项目的同步设计，同步检查验收。对可能造成生态环境严重破坏的项目，应严格评审，坚决禁止。 （三）加强法制建设，加大执法力度，强化生态环境监督管理
加强立法，尽快制定《重庆市农村面源污染控制管理办法》、《重庆市自然保护区管理条例》、《重庆市重要生态功能区生态环境保护管理条例》等法规，健全生态保护的法律体系。制定相应的生态环境质量评价标准，以弥补现有自然资源法中生态保护的不足。
从严执法，加大对重点地区、重点行业的重大生态破坏案件的查处力度，尤其要加大严重影响城市、风景名胜区环境质量的开山取石行为的查处力度，严格控制重庆市大中型水库的肥水养鱼，遏制水产养殖造成水体富营养化迅速扩展的趋势。根据国家有关法律法规，在重庆市范围内严禁收购、出售、运输国家级濒危动植物与市级重点保护的野生动植物，严厉打击盗猎、倒卖野生珍稀动植物的违法行为。
（四）统筹规划，突出重点，加强生态保护与建设 尽快作好重庆市生态环境功能区划，统一编制重庆市生态环境保护与建设规划及其配套的专项规划。根据重要生态功能区、重点资源开发区与生态环境良好地区三种不同类型区域的生态特点与保护要求，实行分类指导、分区推进，指导自然资源开发与产业合理布局，推动社会经济与生态环境保护协调、健康发展。 按照预防为主，保护优先的原则，在生态脆弱的矿区、林区及重要生态功能区分期分批划定一批禁采区、禁伐区，限制不合理的开发活动。加强旅游资源开发
的环境管理，严禁开展破坏生态环境、破坏生物多样性与污染环境的旅游，强化对自然保护区、风景名胜区、森林公园环境监督，在重点风景名胜区推进创建ISO14000国家示范区的活动。按照开发与保护并重的原则，矿产资源开发对耕地、草地、林地、水土保持造成的破坏，采矿单位与个人应采取回填、复垦、植树种草等措施进行恢复。强化公路、铁路等基础设施建设引起生态破坏的环境监督。
坚持生态保护与生态建设并重的原则，加强天然林保护及坡耕地退耕还林（草）。充分利用我市水热资源条件丰富、生物初级生产力大的优势，着重加强生态环境严重破坏区域以及重要交通干线、库岸、水土流失重点监控区、重大项目建设区域进行重点植树造林。同时，通过加强生态保护，限制不合理的人为活动，充分利用生态系统的自我更新能力恢复植被，减轻水土流失，以有限的生态建设资金尽快恢复生态功能，避免生态建设项目可能带来的负面影响。
推动生态农业建设，合理施用农药与化肥，开发与推广生物防治技术；加强农膜的回收与再利用，积极推广可降解地膜；加强水产养殖、畜禽养殖的监督管理，严格控制肥水养鱼，规范养殖场的污染物排放行为；大力推广农村沼气、小水电等能源工程，减少生活对新炭林的采伐，逐步减轻农村环境压力。 在生态环境恶化的区域，将单纯的经济扶贫模式转向生态移民与扶贫脱困的有机结合，加大生态移民的力度，积极引导农民进入城镇，改善其生活、生产条件，减轻人类的生产、生活活动对生态环境的破坏。
（五）多渠道筹集资金，建立健全长期、稳定的投入保障机制
按照投资多元化，运用市场机制，多渠道、多层次筹集保护与建设资金，切实增加生态环境保护与建设投入，尤其要解决生态保护的投入问题。逐步提高其占同期国内生产总值的比重，并建立相应的考核检查制度。把生态环境保护与建设投资列入预算，建立生态环境保护与建设专项资金。除了重点加强天然林保护工程外，还应当重点加强自然保护区、重要生态功能保护区、生态示范区与生态监测的投入。
坚持\谁污染、谁治理\、\谁受益、谁补偿\的原则，建立生态环境补偿机制，实行自然资源的有偿使用，逐步征收土地、水体、物种等自然资源开发利用活动中的资源开发补偿费与生态补偿费，对受到破坏的生态系统恢复进行合理补偿；对从事采集、采矿者实行许可证制度，并征收资源开发税，运用价值规律的调节作用限制资源开发的无序活动。
（六）加强宣传教育，提高全社会的生态环境保护意识 广泛开展生态保护的宣传教育，重视新闻舆论的监督作用，加强生态环境警示教育，努力提高重庆市人民的生态保护意识，真正把生态环境保护措施变为广大群众的自觉行动。充分依靠各级人大、政协的监督作用，增强各级领导的使命感，围绕生态保护的重点，有针对性地作好各项保护工作。深入开展环境国情、国策教育，加强生态环境保护知识培训。 （七）加强国际合作与交流 积极参与国际交流与合作，及时编制生态保护与建设项目建议书，充分利用国外的资金、技术、信息、人才及管理优势，推进重庆市的生态环境保护与建设，特别是加强自然保护区、重要生态功能保护区、生态灾害防治等方面的合作。 （八）需要重点研究解决的生态环境问题
1.加强库区生态环境问题的研究。鉴于2003年三峡工程蓄水后，库区淹没区的生物资源、地理环境等将发生重大变化，搜集淹没区的生态环境基础数据的机会将永远消失，必须尽快展开全面调查、监测及抢救工作，建立库区综合的生态环境现状基础数据库，同时加强成库后水环境容量及库区江段污染物允许排放量、水体富营养化、水库对重庆主城区大气环境的影响、水库对人群健康的影响等问题进行重点攻关研究。建议国家重点支持三峡库区尽快建立生态环境监测体系以及研究库区生态环境的演变趋势。
2.加强库区生态经济补偿政策的研究。重点研究因三峡工程建设，重庆库区所付出的经济代价及生态损失。建议市政府将库区生态经济补偿政策的研究作为重大研究课题，由市科委、市社科院、市环保局、市移民局等共同完成。根据\污染者付费、开发者补偿、破坏者恢复\的原则，建议国家出台三峡工程受益地区以及三峡工程发电收益对重庆生态环境保护的经济补偿政策。
3. 目前，重庆市生态环境脆弱性研究、生态破坏造成的经济损失等方面的研究不够深入，生态环境现状、存在问题以及对策研究还需要进一步深入开展，有待于市级有关部门落实资金，给予支持。