根据本办法规定，资质认定的监管部门主要分为三个层级：国家认监委、省级资质认定部门和地（市）、县级质量技术监督部门。三级监管部门依据各自职责分工实施检验检测机构监督管理工作。具体规定如下：
一、国家认监委的监督管理
国家认监委负责制定有关资质认定监督管理的政策制度，组织对所有获得资质认定的检验检测机构实施监督检查（既包括国家认监委直接发证的国家级资质认定检验检测机构，也包括省级资质认定部门发证的检验检测机构）；同时，国家认监委还负责对省级资质认定部门实施的资质认定工作进行监督和指导。
国家认监委对取得资质认定的检验检测机构的监督管理方式主要包括：
（1）委托行业资质认定（计量认证）评审组组织实施相关行业领域国家级资质认定检验检测机构的日常监管。各个行业资质认定（计量认证）评审组根据国家认监委的统一安排，实施相关行业领域取得资质认定的检验检测机构日常监管工作（包括按照国家认监委要求组织自查，抽取部分检验检测机构开展现场检查等），行业资质认定（计量认证）评审组所挂靠的单位同时还依法履行其他有关监管职责的，可以结合相关职责一并实施监督管理（包括另行组织现场检查、能力验证、评比或者培训等）。国家认监委对各个行业资质认定（计量认证）评审组的资质认定日常监管工作进行定期督导，确保有关监管工作有序进行。
（2）委托直属出入境检验检疫局组织实施检验检疫系统检验检测机构的日常监管。各直属检验检疫局根据国家认监委的统一安排，结合国家质检总局及各直属检验检疫局对检验检疫系统技术机构的管理要求，一并实施检验检疫系统检验检测机构的日常监管工作。国家认监委通过国家质检总局制定的直属检验检疫局年度绩效考核指标，督促检验检疫局组织实施好相关监督管理工作。
（3）会同相关部门共同实施对相关领域检验检测机构的监督检查。对于尚无行业资质认定（计量认证）评审组的其他一些行业部门，例如司法、公安、食药等系统，国家认监委可以会同相关部门共同实施对相关领域检验检测机构的监督检查工作。
（4）国家认监委直接组织检查组进行监督检查。国家认监委也可以直接组织检查组，对国家质检总局直属的检验检测机构（如中国计量院、中国检科院、中国特检院等）直接组织实施监督检查。
二、省级资质认定部门的监督管理
省级资质认定部门（包括30个省级质量技术监督局、天津市市场和质量监督管理委员会）负责所辖区域检验检测机构的监督管理。原则上，省级资质认定部门负责辖区内所颁发省级资质认定证书检验检测机构的监督管理。需要时，根据国家认监委的统一安排，也可以对辖区内取得国家级资质认定的检验检测机构进行监督检查。
省级资质认定部门应当贯彻落实国家认监委有关监督管理的工作制度和年度监督管理计划，并组织实施。省级资质认定部门也可以结合本行政区域的监管实际，制定适应本区域情况的细化监管制度或者监管方案，但不应与国家认监委的总体制度要求相矛盾，也不应形成不必要的重复监管。有关细化的地方监管制度和方案应当及时向国家认监委报告，监管制度应当在发布实施前征求国家认监委意见，发布实施后报国家认监委备案；年度监管方案应当在实施之前报国家认监委备案。
省级资质认定部门可以直接组织实施监督管理，也可以组织地（市）、县级质量技术监督部门共同实施对辖区内检验检测机构的监督检查工作。省级资质认定部门应当科学合理地安排监督检查，避免无故或者人为增加监管频次，增加机构负担。
省级资质认定部门当定期向国家认监委报送年度资质认定工作情况、监督检查结果、统计数据等相关信息。通常来说，每年1月底之前报送上一年度资质认定工作总结（包含各种业务统计数据），每年10月底之前上报当年资质认定监督检查情况报告，每年4月底组织辖区内省级资质认定获证检验检测机构上报“检验检测服务业统计数据”。
三、地（市）、县级质量技术监督部门的监督管理
地（市）、县级质量技术监督部门根据省级资质认定部门的安排，或者结合本行政区域的实际监管需要，可以组织对所辖区域内的检验检测机构进行监督检查，依法查处违法行为，并将查处结果上报省级资质认定部门。
涉及国家认监委或者其他省级资质认定部门的，地（市）、县级质量技术监督部门应当及时上报省级资质认定部门，由其省级资质认定部门负责向国家认监委报告或者向其他省级资质认定部门通报。
在实施监督检查时，地（市）、县级质量技术监督部门发现检验检测机构违反本办法规定的，可按照行政处罚程序对违规机构实施财产罚。相关违法事实涉及需执行资质认定资格罚的，由省级资质认定部门进行资格罚。为确保财产罚与资格罚的协调一致，地（市）、县级质量技术监督部门在执行财产处罚前，事先应当报告省级资质认定部门。涉及国家认监委实施资质认定的机构，还应通过省级资质认定部门向国家认监委报告。
由于对检验检测机构的监管分为三个层级，为确保不出现不必要的重复监管，三级监管部门应当逐步建立监管信息共享和沟通机制，监管信息将逐步纳入全国检验检测机构诚信档案。
第三十四条 资质认定部门根据检验检测专业领域风险程度、检验检测机构自我声明、认可机构认可以及监督检查、举报投诉等情况，建立检验检测机构诚信档案，实施分类监管。
【释义】本条是关于诚信档案和分类监管的规定。
本条规定了资质认定部门开展监督管理（尤其是基于诚信档案，实施分类监管）的主要手段，包括：
1、分析不同专业领域风险程度，对高风险领域加强监管，对低风险领域减少监管，以合理利用监管资源，提升监管效果。
资质认定部门应对从事以下风险程度较高领域检验检测的机构进行重点监管：（1）涉及安全的领域。例如食品安全、生物安全、信息安全、环境安全、特种设备安全、建筑安全等，这些领域的检验检测机构如果出现违法违规问题，可能会导致比较严重的后果；（2）涉及司法鉴定、质量仲裁的领域。这类检验检测活动的结果往往会伴随着申投诉或者司法诉讼，检验检测结果的规范性和准确性，往往会成为利益相关方关注的焦点；（3）涉及民生、公益和消费者利益的领域。如装饰装修材料检验、机动车安检等，这些领域出现检验检测质量问题，易激发社会对质量问题的关注和担忧，或者引发消费者的投诉举报等。
检验检测专业领域的风险程度是相对而言的，不同区域、领域或者时期，人们对风险程度的认识会有不同。资质认定部门应当从实际出发，识别获证检验检测机构的业务特点和风险点，逐步形成与实际情况相适应的风险管理机制。
2、引入自律机制和社会监督机制，鼓励检验检测机构对遵守法律法规和诚信经营的情况进行自我声明，并对社会公布，引导社会监督，减轻行政监管负担。
“自我声明”是检验检测机构就遵守法律法规和资质认定要求、诚信开展检验检测、履行社会责任等事项而对社会公开进行承诺的形式，本办法第三十七条也规定了检验检测机构自我声明的内容。在资质认定的监督管理中，将逐步推行检验检测机构“自我声明”制度，鼓励检验检测机构通过自我声明，对其遵守法律法规、独立公正从业、履行社会责任的情况，以及机构质量体系有效运行、技术能力增加和变更、分支机构设立和运行等情况进行自我承诺。资质认定部门可以先期信任此类承诺，对检验检测机构的复查换证、变更、扩项或者设立分支机构等诉求采信其自我声明，减少或者不进行现场评审，强化检验检测机构自身对责任的认识。与“自我声明”相对应的，是自我声明事项必须真实客观。如果检验检测机构提供虚假、夸大或者错误的自我声明，一经发现或者曝光，将会对其诚信造成恶劣甚至致命的影响。资质认定部门应当对检验检测机构自我声明 的事项进行事后核查或者根据举报进行调查，严厉打击虚假自我声明的行为。
3、利用认可机构等社会第三方评价和监管的结果，降低行政监管成本。
检验检测机构取得中国合格评定国家委员会认可（CNAS认可）或者其他国际知名组织（包括境外认可机构）认可的，根据认可及其监管的情况，资质认定部门可以简化或增加对有关检验检测机构的监督检查内容。中国合格评定国家认可中心应及时将有关检验检测机构获认可信息（包括监督检查信息）及时通报相关资质认定部门，确保认可的处罚与资质认定部门的处罚协调进行。
4、对举报、申投诉案件进行专项查处，重点打击恶性违反违规现象等。
根据本办法第四十条的规定，对检验检测机构、专业技术评价机构或者资质认定部门及相关人员的违法违规行为，任何单位和个人有权举报。相关部门应当依据各自职责及时处理，并为举报人保密。对于检验检测机构违法违规的举报，资质认定部门经调查核实的，除按照行政处理、处罚程序进行
相应处置外，资质认定部门还应当将涉事检验检测机构的违规情况记录入其诚信档案，加强对其跟踪和检查。
5、除了上述监管方式外，资质认定部门还可以通过年度报告、监督检查、能力验证或者比对、统计制度或者其他监督管理手段，共同组成有效的监督管理制度。
通过上述监管手段产生的信息，逐步建立检验检测机构的诚信档案，积累并建立检验检测机构诚信档案数据库，进而形成科学有效的分类监管体制。综合来说，资质认定部门监管的核心理念是“行业自律、社会共治、分类监管”。
第三十五条 检验检测机构应当按照资质认定部门的要求，参加其组织开展的能力验证或者比对，以保证持续符合资质认定条件和要求。
鼓励检验检测机构参加有关政府部门、国际组织、专业技术评价机构组织开展的检验检测机构能力验证或者比对。
【释义】本条是关于能力验证或者比对的规定。
一、按照资质认定部门的要求，参加其组织开展的能力验证或者比对，是取得资质认定的检验检测机构义务，也是其保证持续符合资质认定条件和要求的重要保证措施。
能力验证或者比对是有效核实、确认和保持检验检测机构技术能力的科学手段。检验检测机构应当自觉、主动地利用能力验证或者比对来进行质量控制，确保持续符合资质认定条件和要求。资质认定部门也应当组织开展相关能力验证或者比对，促进获证检验检测机构能力水平的维持和提升。
二、鼓励检验检测机构参加有关政府部门、国际组织、专业技术评价机构组织开展的检验检测机构能力验证或者比对。
现阶段，即使资质认定部门积极组织能力验证或者比对，由于行政资源有限，相关项目数量或者范围是很难满足检验检测机构需求的。因此，本条款还鼓励检验检测机构参加其他政府部门、国际组织、专业技术评价机构（例如PTP）组织开展的检验检测机构能力验证或者比对，来促进自身质量管理和技术水平的提升。资质认定部门应当在分类监管中积极采信相关能力验证或者比对的结果。
能力验证或者比对活动的策划、组织及最后结果的处理是需要成本的，资质认定部门组织开展能力验证或者比对活动，应当主要通过国家财政提供补贴，减少或者不向检验检测机构收取费用。资质认定部门应当严格控制自身组织的能力验证项目数量，确保质量，避免依据本条的规定随意设置能力验证项目，增加检验检测机构负担。国家认监委应当进一步完善全国能力验证管理制度，修订发布《能力验证管理办法》的规定，对能力验证相关要求进行规定和完善，鼓励能力验证和比对资源共享，减少能力验证项目不必要的重复开展，充分利用能力验证及比对的结果。
第三十六条 资质认定部门应当在其官方网站上公布取得资质认定的检验检测机构信息，并注明资质认定证书状态。
国家认监委应当建立全国检验检测机构资质认定信息查询平台，以便社会查询和监督。
【释义】本条是关于信息公开的规定。
信息公开是现代民主政治的内在要求。《行政许可法》确立了行政许可制度中以信息公开为原则，不公开为例外的基本原则。《政府信息公开条例》中则要求行政机关在信息公开上承担主动公开义务。检验检测机构资质认定，作为一项政府部门实施的行政许可事项，应当遵守《行政许可法》、《政府信息公开条例》的规定。根据本条规定，检验检测机构资质认定信息公开，主要包括以下两方面的内容：
一、资质认定部门（包括国家认监委、省级资质认定部门）在其官方网站公布取得资质认定的检验检测机构信息，并注明资质认定证书处于有效、注销、暂停或者撤销等状态。具备条件的，资质认定部门应当在官方网站上将检验检测机构获得资质认定的能力范围一并公开，便于社会公众查询。
二、国家认监委建立全国检验检测机构资质认定信息查询平台，不仅包括国家级资质认定的检验检测机构，还包括省级资质认定的检验检测机构（相关信息可以与省级资质认定部门的信息系统联通共享），以便于社会公众查询和监督。
第三十七条 检验检测机构应当定期向资质认定部门上报包括持续符合资质认定条件和要求、遵守从业规范、开展检验检测活动等内容的年度报告，以及统计数据等相关信息。
检验检测机构应当在其官方网站或者以其他公开方式，公布其遵守法律法规、独立公正从业、履行社会责任等情况的自我声明，并对声明的真实性负责。
【释义】本条是关于信息上报和自我声明的规定。
一、检验检测机构定期向资质认定部门上报信息。
本条规定了检验检测机构应当定期向其取得资质认定的部门（国家认监委或者省级资质认定部门）上报年度工作报告、统计数据等信息的义务，并列举了年度工作报告应当涉及的主要内容。定期，指以一个自然年度为时长单位，对机构全年的运行情况进行书面汇报，具体日期由国家认监委另行规定。年度报告上报内容包括持续符合资质认定条件和要求、遵守从业规范、开展检验检测活动等。统计数据按照国家统计部门批准的《检验检测服务业报表制度》规定的内容进行填报，并按照国家认监委的要求按时通过网上直报系统上报汇总上一年度统计数据。
二、检验检测机构自我声明。