Softberry网站部分使用功能介绍
摘要
Softberry是专业的在线比对寻找生物启动子和启动子模型的网站，其中有很多功能都是我们在以后的生物信息学研究中将要使用到的，所以我们有必要了解其使用方法，本文主要介绍了它的功能的两个部分，启动子序列比对功能和SELTAG 软件的使用简介。
关键词：启动子预测 启动子模型 SELTAG软件
ABSTRACK
Softberry is a professional online program which looking for biological promoter and the model of promoter , there are a lot of features usage on this website will be helped in our bioinformatics research , so it is necessary to know its using method, this paper mainly introduces its function of two parts, the promoter sequence alignment function and the usage of SELTAG software profile. Keywords: promoter prediction promoter model SELTAG software
第一部分：Search for promoters/functional motifs
寻找启动子/功能性序列
1.NsiteM 保守调控基序的识别
将FASTA格式的序列输入上面的对话框内，点击显示结果按钮，输出结果：
结果输出后可以看到在已知序列库有2774个基序，所查基序的期望值，统计学显著水平，基序和已知序列同源性水平，基序与已知序列的差异水平等数据。 2.NsiteH 在一对保守的同源序列中寻找功能基序
在对话框内分别输入两条要比较的序列，然后点击下面的显示结果按钮，输出结果：
在结果内可以看到两条序列比对的结果，期望值，统计学显著水平，最小保守水平，同源水平，变异水平的数据。
3.POLYAH 识别3’末端多聚核苷酸尾区域
将FASTA格式的序列输入上面的对话框里，按输出结果按钮，可以得到以下数据：
输出结果表明所查序列中有两个ployA尾位点被预测到。 4.BPROM 细菌启动子的预测
将细菌的所查序列粘贴到此处，点击显示结果按钮，输出结果：
结果显示，我们所查序列的名称和总长度，以及预测出来的启动子所在位置和其对应的分值。 5.PromH(G) 在真核生物中利用同源序列进行启动子预测
首先，将一段序列与另一段同源序列分别输入以上两个对话框内，然后点击数据出结果按钮：可得如下结果：
PHa表示比对序列在局部搜索区域的同源性水平：PHs表示比对序列在TSS系列软件中的同源性水平；PHss表示比对序列直接在TSS软件中的同源性水平；PHt表示TATA-BOX在比对序列中的同源性水平；PHr代表调控因子在局部搜索区域的同源性水平。下面的就是各项的比对结果与其分值。
6.PromH(W) 在真核基因组使用同源序列预测启动子(仅供学术使用)
先将两条要比对的序列输入上边的两个对话框，点击输出结果按钮可得：
与PromH(G)不同，这里的输出结果多出两条：
Initial / Final Thresholds for TATA+ promoters - 0.10 / 2.50
+
TATA启动子的最初的/最终的阈值- 0.10/ 2.50
Initial / Final Thresholds for TATA-/enhancers - 0.70 / 3.70
-TATA/增强子的最初/最终阈值- 0.70/3.70
7.CgGFinder CpG寻找器，序列中GC区域的寻找