将要寻找GC区域的序列输入上面的对话框内,可得下图:
程序找到4个GC区域,分别排列在下方,它们的各项指标都在下面显示,起始位点和终止位点和长度等。
8.ScanWM-p寻找植物调控序列的权重矩阵模型
将要寻找模型的序列输入此处,点击显示结果,可得:
这样,在相应数据库中找到的模型就会排布在下方,
总共有5个模型被找到。
第二部分:SELTAG软件简介
seltag是用于分析基因表达数据的最完美的工具。它具有以下功能: 1.它可以分析所有或选定的基因组或组织;
2.在复杂选择标准的基础上,对组织特异性基因进行选择; 3.对数据进行可视化表达;
4.用来识别在一系列组织中表达相同(相关)的基因; 5.选择特定的基因,如与某些疾病有关的受体或分泌蛋白。 seltag允许用户:
① 通过基因的表达水平或其他在不同的实验中获得的参数来选择基因; ② 通过基因在不同实验中的表达水平来确定基因的排序 ; ③ 用先进的绘图工具将基因表达谱可视化; ④ 利用相似的表达谱寻找一个或多个基因 ; ⑤ 评估两个或多个基因的表达谱之间的相关性;
⑥ 通过基因表达水平相似的基因表达谱与实验相似的聚类基因表达数据进行基因或组织 层次聚类和显示结果相似的树图;
⑦ 分析使用主成分分析法的相关基因表达谱的协方差矩阵和可视化的结果; ⑧ 它还可以结合外部数据库分析检索的数据(例如UniGene数据库)
上图就是可视化基因表达水平的一个软件截图,对比的是人肿瘤细胞与人正常细胞某些共有基因的表达情况。可以清晰地反应出肿瘤细胞中哪些基因的表达量明显提高。