点击“Add New Target”，并按照第7步所述进行设置。根据需要添加所需基因，如SWH1、SWFluA1和RNP。
在“Define Samples”填写检测样本的名称，如果需要多个样本，通过“Add New Sample”添加多个样本。
鼠标点击“Assign Targets and Samples”切换设置界面。鼠标滑倒图中椭圆所处位置，变化为双向箭头，通过拖动鼠标，可以改变左右两侧窗口大小。
鼠标选择样品放置的位置，如B4，鼠标勾选样品名称及所要检测的基因。根据样品孔的数量，依次进行设置。
鼠标拖动椭圆位置，向下拖动。
在“Select the dye to use as the passive reference ”的下拉菜单处选择“None”
点击“Run Method”设置反应条件：
在“Reaction Volume Per Well”处输入反应体积，如20ul或者25ul。点击温度或者时间，通过输入数值可以更改温度的大小及时间的长短。在“Number of Cycles”可以输入循环数。
根据试剂盒的说明书，改变反应条件。
在软件上，Stage指温度阶段，有Holding Stage和 Cycling Stage两种类型。Holding Stage只有一个Step（温度步骤），Cycling Stage可以有几个Step（温度步骤），并且多次循环该温度参数。点击“Add Stage”可以选择添加Stage及类型。
在Cycling Stage可以添加Step（温度步骤）
选中某个温度步骤，如黄色区域所指的60℃位置。点击“Add Step”，选择
Before（之前）或者After（之后），即可添加温度步骤，根据需要更改温度或者时间。
选择采集荧光的温度步骤。选择采集温度的步骤：
点击“Data Collection”图标，使其处于激活状态，如72℃。同时，点击55℃下“Data Collection”图标采集图标，使其处于未激活状态。
点击“Save”保存实验，再点击“START RUN”开始运行实验。