1、承担行政职能的事业单位改革。这类事业单位的改革方向原则上是逐步将其承担的行政职能划归相关行政机构。对有法律、法规授权并按规定程序批准设立的，剥离其经营、服务性职能，划归其他机构或社会组织后，暂予保留；对无法律、法规授权，但按规定履行行政委托(含党委部门委托)手续后承担了公共事务管理职能的，暂维持现状；对既无法律、法规授权，又未依法履行行政委托(含党委部门委托)手续而承担公共事务管理职能的，其职能收归行政机构或党委部门，机构予以合并或撤销。此类事业单位承担的非强制性技术检验、检测及鉴定、仲裁、评估、认证等职能，逐步剥离划归其他相关机构或社会中介组织。已认定为承担行政职能、但尚未调整到位的事业单位，人事、财务、社会保险等依照国家现行政策规定实施管理。今后，除法律、法规明确规定外，不再批准设立新的承担行政职能的事业单位和从事生产经营活动的事业单位。
2、从事生产经营活动的事业单位改革。这类事业单位的改革方向原则上是逐步转为企业，成为自主经营、自负盈亏、自我约束、自谋发展的企业法人实体和市场竞争主体。完全从事生产经营活动，可由市场配置资源，条件成熟的，直接转制为企业，注销事业法人资格，核销事业编制，并依法进行企业登记注册。为平稳推进转制工作，可给予过渡期，一般不超过5年，在过渡期内，对转制单位给予适当保留原有税收等优惠政策，原有正常事业费继续拨付。转企改制可参照国有企业改制的办法，打破所有制和地域、行业、隶属关系界限，采取股份制、股份合作制、合伙制、兼并或转让国有产权等方式进行。鼓励非国有单位、个人参与从事生产经营活动的事业单位改企转制。转制为国有企业的，纳入国有资产监管体系进行管理。
3、从事公益服务的事业单位改革。这类事业单位的改革方向是强化公益属性，适应经
济社会发展的需要，调整布局结构，优化资源配置，统筹机构设置，进一步理顺体制、完善机制、健全制度，真正激发事业单位生机与活力，不断提高公益服务水平和效率，切实为人民群众提供更加优质高效公平的公益服务。
——公益一类事业单位的机构编制要严格控制，其宗旨、主要任务和业务范围由事业登记管理部门确定并严格监管；所需经费由同级财政予以保证；履行责任依法取得的政府非税收入，实行“收支两条线”管理，上缴国库或财政专户，由国库集中支付；募集的基金应规范管理，并严禁从事营利性经营活动。
——公益二类事业单位要根据其工作任务科学设置机构，合理核定人员编制；这类单位所需经费由政府按照法律、法规、政策、单位业务特点和财务收支状况，给予不同程度的投入；其公益服务项目和收费标准由政府规定，其他业务活动项目与收费标准接受政府指导；其服务质量执行相关标准；在确保实现公益目标的前提下，可依法开展相关的经营活动；提供公益服务依法取得的行政事业性收费，按规定实行“收支两条线”管理；依法取得的经营性收入主要用于公益事业发展，纳入单位预算。