7）pre-BCR 前B细胞受体（pre-BCR）由μ链和轻链替代物结合而成，包括λ5 & V pre B。λ5 & V pre B表达关闭后，轻链重排，最终使B细胞受体形成。
8）Class switch Ig类别转换，是指一个B细胞克隆在分化过程中，V基因不变，而CH基因片段发生重排，重排后基因编码的产物V区相同，而C区不同，即识别抗原的特异性相同，而Ig的类型或亚类发生了改变。
9）Class I or class II MHC I型&II型主要组织相容性抗原，代表个体特异性的同种异型抗原为组织相容性抗原，其中能引起较强而迅速排斥反应的抗原为主要组织相容性抗原。I类、II类分子都是膜糖蛋白，属于Ig超家族成员，由两条不同的多肽链借助非共价键组成的异二聚体。MHCⅠ类分子可以与T细胞表面的CD8分子结合，Ⅱ类分子可以与T细胞的CD4分子结合。
10）CD4 &CD8 CD4主要表达于辅助T（Th）细胞，是Th细胞TCR识别抗原的供受体，与MHCⅡ类分子的非多肽区结合，参与Th细胞TCR识别抗原的信号转导，同时也是HIV的受体；CD8是杀伤细胞，可与靶细胞作用使之裂解。同时，它又是TCR的共受体，可以跟MHC I特异性结合。
11）T-cell receptor (TCR) complex T细胞受体复合物，即TCR/CD3复合物，在TCR成功重排并表达后出现于细胞表面，可以介导抗原刺激信号的传递。 2. 什么是抗体的异质性（heterogeneity）？
同一抗原具有不同的抗原决定簇，这样可以跟不同的抗体结合，即不同的抗体可以跟同一抗原结合，此为抗体的异质性。 3. 决定人的抗体多样性的因素有哪些？
1）生殖系基因片段的多重性； 2）V-(D)-J连接体的组合；
3）结合的多样性：结合的柔性，P/N加入； 4）体细胞的超突变； 5）轻链和重链的组合。
4. Ig的light （或heavy）chain如何发生somatic recombination？
以Ig的heavy chain为例。
1）D及J片段在生殖系中的构型由D-J重组随机选择，通常两条同源染色体都要经过D-J重组；
2）V-DJ重组中的V片段的选择具有很大的随机性：①如果一条染色体上的重组是有效的，有功能的μ重链得以表达，并且B细胞的发育继续进行。同源染色体上不会发生重组；②如果V-DJ的重组是无效的，那么重组发生在第二条染色体上；③如果第二次V-DJ的重组有效，那么有功能的μ重链得以表达，并且B细胞的发育继续进行；④如果第二次V-DJ重组无效，那么会产生无功能的重链，并且发育的B细胞死亡。 5. 简述Ig light （或heavy）chain的基因表达过程。
H链的V区由VDJ三种基因片段重组后形成。D基因片段仅存在于H链，不存在与L链，J片段连接V和C。
H链V区发生移位时，首先D与J基因片段连接形成D-J，然后V基因片段与D-J基因片段连接。H链V区基因的移位和连接通过RSS和重组酶完成。
H链C区的基因会发生类别转化（class switch），使得Ig的类或者亚类发生了变化。 6. 简述B-cell的激活过程。
多抗原表位抗原→Ig M 的寡聚化→Lyn介导ITMA中Tyr的磷酸化→P-ITAM募集Syk，带两个SH2的STK，磷酸化和NF-κB，PLC→激活基因并刺激B细胞生长。 7. 为什么说TCR和BCR的激活过程相似？
配体与受体结合激活Src激酶→将ITAM磷酸化→磷酸化的ITAM通过H2结构域募集非Src激酶，这些激酶由Lck，Fyn，Lyn活化→活化的非Src激酶募集并使复合接头蛋白磷酸化→信号通路被激活→基因活化，刺激TCR/BCR细胞生长
Chapter 8 DNA & RNA
DNA
1. 名词解释
1）Ribonucleoside & deoxyribonucleoside 核糖核苷&脱氧核糖核苷，即碱基通过与核糖或脱氧核糖1’位碳原子上的羟基结合脱去一分子水形成糖苷键因而与核糖或脱氧核糖结合，形成核糖核苷或脱氧核糖核苷。
2）ribonucleotide & deoxyribonucleotide 核糖核苷酸&脱氧核糖核苷酸，即碱基通过糖苷键与糖相连，而糖又通过磷酸酯键与磷酸相连，这样就形成了核苷酸。
3）Base tautomers 碱基互变异构体，即在嘌呤和嘧啶杂环中，交替出现的双键具有高度的共轭性，使其在不同pH溶液中存在两种或两种以上的互变异构体。常见的互变异构体发生于酮式/烯醇式（G、U、T）或氨式亚氨式（A、C）之间。
4）Palindromic sequence 回文序列，即在双螺旋DNA分子中，一条链的碱基序列（5’→3’）和另一条链沿同一方向的序列相同，即反向重复序列，具有二重对称性。
5）H-DNA 高嘌呤-高嘧啶序列和对映重复序列通过特殊的碱基配对形成DNA三股螺旋，DNA双螺旋在此处“打结”，呈铰链状。在该结构中，DNA双链在高嘌呤-高嘧啶序列处打开，一条嘧啶链经过回折插入原来的DNA双螺旋大沟，借助Waston-Crick氢键及Hoogsteen键配对。
6）quadruplex DNA 四螺旋DNA，富含G的序列形成的一种结构，有两种主要的类型，第一种涉及重复鸟嘌呤序列的回折形成反向平行链，另一种类型由独立的平行链彼此相连而成。
7）DNA supercoil DNA超螺旋，即DNA双螺旋的两条链缠绕不足或过多，致使在双螺旋中产生新的张力，这种张力由于DNA分子为环形或者两端被固定而无法释放，从而造成DNA分子发生扭曲，形成的三级结构。
2. “DNA”和“RNA”是缩写，其英文全称是什么？
Deoxyribonucleic acid & ribonucleic acid
3. 核酸分子具有方向性和强极性骨架的原因是什么？
在核酸分子中，由于每个核苷酸单位的3’羟基和相邻核苷酸的5’磷酸基团以酯键相连接，因此必定有一个末端核苷酸残基的5’碳原子携带游离的磷酸基团（5’端），另一端核苷酸残基的3’碳原子上仍保留羟基（3’端）。
核苷酸是核酸的结构单位，它们通过3’，5’-磷酸二酯键相互连接，形成无分支的线性核酸大分子。多核苷酸骨架由核糖核磷酸集团组成，故核酸具有较强的极性。 4. 简述DNA双螺旋结构模型的建立过程。
1）1950年，美国化学家Chargaff发现DNA中嘌呤和嘧啶的含量相等；
2）1951年，英国物理学家M. Wilkins等对DNA钠盐纤维进行X衍射发现，DNA分子由两条链形成螺旋结构；
3）结晶学提供的数据表明，A-T配对及C-G配对非常合理，从其氢键形成的键长和键角来看，也是合理的；
4）在此基础上，Waston和Crick提出了DNA双螺旋结构模型。 5. 简述肺炎双球菌转化实验的过程及意义。 过程： A. Griffith的实验
1）将活的R型菌注入小鼠体内，小鼠存活；2）将活的S型菌注入小鼠体内，小鼠死亡；3）将死的S型菌注入小鼠体内，小鼠存活； 4）将活的R型菌和死的S型菌同时注入小鼠体内，小鼠死亡。 B. O. Averry的实验
1）将R型菌与S菌的DNA共同培养，得到活的R型菌和活的S型菌，注入小鼠体内，小鼠死亡；2）将R型菌与S型菌的多糖或蛋白质培养，只能得到活的R型菌，注入小鼠体内，小鼠存活；3）将R型菌与S型菌的DNA和DNA水解酶共同培养，也只得到活的R型菌，注入小鼠体内，小鼠存活。
结论：完整的S型菌只有DNA才能使R型菌转化为S型菌。 意义：第一次证明了DNA是遗传物质。 6. 简述DNA双螺旋的主要特征。
1）DNA分子由两条反向平行的多聚脱氧核糖核苷酸链组成，它们围绕一个中心形成右手双螺旋，其直径约为2.0 nm，螺距为3.4 nm，两个相邻碱基对之间的轴向距离为0.34 nm，反向差36°，每周含大约10个碱基对；
2）在DNA分子中，磷酸-核糖通过3’，5’-磷酸二酯键相连形成亲水性骨架位于双螺旋外侧，疏水性碱基位于双链内侧；上下相邻的碱基平面互相平行，与中心轴垂直，核糖平面与轴平行；
3）DNA分子的两条链通过嘌呤-嘧啶配对的方式相结合，A与T形成2个氢键，C与G形成3个氢键。DNA双螺旋结构进限定碱基配对的方式，并没有限制碱基的排列顺序；
4）碱基配对的方向性及排列的不对称性，使DNA双螺旋表面形成一大一小两条螺线凹沟。
7. 简述Z-DNA的主要特征和功能。
主要特征：Z-DNA为左手螺旋，结构更细长。螺旋每周含12个碱基对，直径仅1.8 nm，螺距长达4.56 nm。在嘌呤和嘧啶交替排列的情况下出现Z-DNA。
功能：（推测）Z-DNA是转录必须的；E3L可以稳定Z-DNA，促进抗凋亡基因的表达；干扰E3L与Z-DNA的结合，可以抑制某些基因的活性。 8. 稳定DNA双螺旋结构的作用力有哪些？
稳定DNA双螺旋结构的作用力主要为氢键（横向力）和碱基堆积力，包括范德华力和疏水性相互作用（纵向力）。
9. 比较DNA topoisomers （松弛型cccDNA，线性，高度超螺旋）的电泳行为。 电泳速率：松弛型cccDNA<线性<高度超螺旋。 10. 简述topoisomerases的类型、功能及作用机制。
DNA拓扑异构酶可以分两类：叫拓扑异构酶I和叫拓扑异构酶II。
拓扑异构酶I催化DNA链的断裂和重新连接，每次只作用于一条链，即催化瞬时的单链的断裂和连接，它们不需要能量辅因子如ATP或NAD。
拓扑异构酶II能同时断裂并连接双链DNA。它们通常需要能量辅因子ATP。在拓扑异构酶II中又可以分为两个亚类：一个亚类是DNA旋转酶，其主要功能为引入负超螺旋（迄今为止，只有在原核生物中才发现DNA旋转酶）；另一个亚类是转变超螺旋DNA（包括正超螺旋和负超螺旋）成为没有超螺旋的松弛形式。这一类酶在原核生物和真核生物中都有发现。
RNA
1. 名词解释
1）non-Waston-crick base pair 非Waston-Crick碱基配对，即不满足Waston-Crick的A-T、G-C配对方式，如RNA中的G-U配对，它可以增强RNA自身的互补能力。
2）Hammerhead ribozyme 锤头状核酶，它是一种序列特异性的核糖核酸酶，从一种RNA病毒中得到，其依赖自我剪切得以复制。病毒复制时，连续的RNA链上产生多个拷贝，单个类病毒由剪切产生，这种剪切由结合处周围的RNA序列催化。这样的自我剪切序列由于其二级结构类似锤头而被称为锤头结构，每个锤头结构又三个配对的柄组成，包围着起催化作用的不互补的核苷酸中心，其三级结构接近于Y字型。
3）Nonsense suppression 无义校正，即通过抑制tRNA识别无义突变位点，将某种氨基酸插入该位点，似的多肽链继续延伸而不中途停止，称为无义校正。
4）Cistron 顺反子，即编码一条多肽链的核苷酸序列，对应于一条多肽链的DNA片段加上起始信号、终止信号称也称顺反子，既可以是DNA，也可以用于mRNA。
5）SD sequence SD序列，即在原核mRNA起始密码AUG上游存在的一段富含嘌呤的序列，它可以跟16 S rRNA 3’端序列互补，是核糖体的结合位点，帮助从起始AUG处开始翻译。 6）Kozak sequence真核生物mRNA上功能类似SD序列的保守区段称为Kozak sequence。它位于起始密码子AUG（通常后面又是一个G）上游3个碱基的位置，与起始密码子一起形成(gcc)gccRccAUGG的一段保守序列（R是嘌呤，A或者G）。
7）RNAi RNA干扰，是指一种分子生物学上由双链RNA诱发的基因沉默现象，其机制是通过阻碍特定基因的翻译或转录来抑制基因表达。当细胞中导入与内源性mRNA编码区同源的双链RNA时，该mRNA发生降解而导致基因表达沉默。 2. 简述tRNA分子的一、二、三级结构的主要特征。
一级结构：
1）分子较小，一般为70~90 nt；
2）分子中大约有20个核苷酸比较保守，其中10多个保守，余者为半保守；
3）成熟tRNA的5’端多为pG（或pC），3’端为-CCA，活化氨基酸连接于3’端A的3’-OH； 4）大部分修饰（或稀有）碱基存在于tRNA，在所有核酸分子中tRNA的修饰水平最高。
二级结构：三叶草结构
1）特征性三叶草结构有4个茎和4个环组成：①氨基酸接受茎，含3’-CCA；②D茎和D环（含2个双氢尿嘧啶）；③反密码子茎和反密码子环（其中3个碱基和mRNA的密码子互补）；④TΨC环，与核糖体5S rRNA某些保守碱基互补；⑤可变环；
2）几乎所有的保守和半保守的碱基都存在于环，尤其是D环，反密码环和TΨC环；
3）四个茎形成右手螺旋结构，参数类似于A-DNA，常有G-U配对。3’端的-CAA为单链区，成单链右手螺旋；
4）不同tRNA分子长度的差别，主要取决于D环河可变环的碱基数。 三级结构：倒“L”型
1）三维构象为倒L型，两个相互垂直的双螺旋区囊括了tRNA分子的大部分碱基； 2）倒L构象两端分别是tRNA的两个主要功能区，一端连接特异氨基酸的tRNA 3’端-CCA，另一端是与mRNA密码子互补的反密码子环，在空间间隔达到最大限度；
3）维持三级结构的作用力是三级氢键。
3. 简述aminoacyl-tRNA synthetase （ARS）的类型及其功能。
氨酰tRNA合成酶（ARS）功能：催化特定氨基酸或其前体与对应tRNA发生酯化反应而形成氨酰tRNA（连接反应的第一步是在合成酶作用下，ATP分子和对应的氨基酸（或其前体）结合形成氨酰-AMP（腺苷酸），并释放出无机焦磷酸（PPi）。然后，酶与氨酰-AMP复合物再与正确的tRNA分子结合，催化氨基酸从氨酰-AMP转移到tRNA的3'端-CCA的3'-羟基上。）
类型：根据序列和活性位点的结构的不同，氨酰tRNA合成酶可以被分为两大类。 类型I含有两个高度保守的序列基序，这类酶所催化的氨酰化发生在tRNA上A的2'-OH上，然后转移到3’-OH，并且酶分子通常的活性形式主要为单体。
类型II含有三个高度保守的序列基序，这类酶所催化的氨酰化发生在tRNA上同一个腺苷的3'-羟基上，并且酶分子通常的活性形式主要为二聚体。
4. 2009年Nobel Prize in Chemistry授予的三位科学家的主要贡献是什么？
“For studies of the structure and function of the ribosome”
5. 在Peptide bond formation的过程中，peptidyl-tRNA的2-OH of final “A”的作用是什么？ 起到质子穿梭（proton shuttle）的作用。 6. 如何确保Aminoacyl-tRNA的生成“very accurate”？
tRNA与氨基酸结合的特异性、tRNA反密码子与mRNA密码子结合的特异性及tRNA的校正功能。
7. 5S rRNA在核糖体中的作用是什么？
在核糖体中至少有9个功能中心，5S rRNA并不直接把P或者A位点与tRNA连接，也没有其它酶的作用，但它独特的空间位置把整个功能中心连接起来，来协调核糖体的作用中心。
8. 5.8S rRNA在进化中的来源是什么？
来源于原核生物的23 S rRNA。
Chapter 9 DNA biosynthesis & DNA
damage repair
1. 名词解释
1）Meselson-Stahl experiment Matthew Meselson 与Franklin Stahl 在1958年所做的实验，证明了DNA复制的半保留性质。（实验大体过程：首先将大肠杆菌在含有
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N的培养基中培