学校不宜多加干涉。但是对于那些即使富有学术声誉，但私生活糜烂，甚至诱引学生与之堕落的教师，也坚决解聘。 贯彻“思想自由，兼容并包”的办学原则
“思想自由，兼容并包”也体现在教师的聘任上，蔡元培以“学诣为主”，罗致各类学术人才，使北大教师队伍一时出现流派纷呈的局面。如在文科教师队伍中，既集中了许多新文化运动的著名代表人物，如陈独秀、李大钊、鲁迅、胡适、钱玄同、刘半农、沈尹默等，也有政治上保守而旧学深沉的学者，如黄侃、刘师培、黄节、辜鸿铭、崔适、陈汉章等。在政治倾向上，有的激进，有的保守，有的主张改良。在新派人物中，有马克思主义、三民主义、无政府主义、国家主义的不同代表。当时的北大，《新潮》与《国故》对垒，白话与文言相争，百家争鸣，盛极一时。 教授治校，民主管理
1912年由蔡元培主持制定的《大学令》中，即已确立了教授治校、民主管理的大学校务管理原则，规定大学设立评议会，各科设立教授会，但在北大没有得到很好施行。蔡元培初到北大时，仍然“是一切校务，都由校长与学监主任庶务主任少数人办理，并学长也没有与闻的”。蔡元培任校长后，当年即组织了评议会，从全校每5名教授中选举评议员1人，校长为当然的评议长。评议会为全校最高的立法机构和权力机构，凡学校重大事务都必须经过评议会审核通过，如制定和审核学校各种章程、条令，决定学科的废立，审核教师学衔，提出学校经费的预决算等。接着组织各门教授会，由各门的教授公举教授会主任，任期两年，其职责是：分管各学门的教务，规划本学门的教学工作。
管理体制的改革，体现了蔡元培教授治校、民主管理的思想，目的是把推动学校发展的责任交给教授，让真正懂得学术的人来管理学校。新的管理体制的建立，改变了京师大学堂遗留下来的封建衙门作风，提高了工作效率，从而促进了学校的蓬勃发展。 学科与教学体制改革
扩充文理，改变“轻学而重术”的思想
蔡元培认为，没有基础学科的发展，应用学科的发展决不会有后劲，鉴于当时存在“重术而轻学”的现象，蔡元培认为大学要偏重于纯粹学理研究的文、理两科。在这一思想指导下，他将北京大学工科停办，商科改为商业学，并入法科，同时扩充文、理两科的专业门类，加强两科的建设。北大遂由原来的五科改为文、理、法三科大学。突出文理两科，强调基础理论的地位，也是蔡元培“大学为纯粹研究学问之机关”观点的延伸。 沟通文理，废科设系
蔡元培认为传统文、理分科的做法已不适应近代科学相互联系，相互渗透的发展趋势。文科里面包含着理科，理科里面包含着文科，不能截然分开。如教育学、心理学、美学原属文科范畴，现已采用实验等理科的研究方法，地理学中有人文、地质、地文，分别偏于文科和理科，很难辨其学科性质，
“文科的哲学，必植根于自然科学，而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。”为了避免文理科学生相互隔绝，互不沟通，“专己守残”，“局守一门”，蔡元培采取的一个重要改革措施就是清除人为的科际障碍，废科设系。北大于1919年废除科，改原隶属于科的学门为系，设立14个系，废学长，设系主任。原来的文、理、法三科分别改称第一、二、三院，仅作为各系所在地区的标志(因原来三科分布在不同地区)，不代表一级机构。 改年级制为选科制(学分制)
1917年10月，教育部召开北京各高等学校代表会议，讨论修改大学规程，北京大学文科提出废年级制，采用选科制的议案，会议议决通过，决定在北大试行。北大选科制规定每周一课时，学完一年为一个单位，本科应修满80个单位，一半必修，一半选修(理科酌量减少)，修满即可毕业，不拘年限；预科应修满40个单位，必修占四分之三，选修占四分之一。选修科目可以跨系。1919年暑假后，选科制在北大各系陆续施行。
选科制是当时美国大学中通行的方法，蔡元培极力主张仿效，他认为同在一年级或一专业的学生，其能力和兴趣不可能没有差别，年级制“使锐者无可见长”，而选科制“比现行年级制、划一制可以发展个性”。改年级制为选科制体现了蔡元培“尚自然”、“展个性”的教育思想，同时也是落实他“沟通文理”思想的一个具体措施，为文、理科学生相互选修课程提供了方便。1922年以后，全国其他高校中也纷纷采用选科制。
蔡元培担任北京大学校长的委任状
在蔡元培的领导下，北京大学的改革是全方位的，除上述之外，还有不少开风气之先的改革。如1920年2月，允许王兰、奚浈、查晓园3位女生入北大文科旁听，当年秋季起即正式招收女生，开我国公立大学招收女生之先例。北大实行旁听生制度，让教学和学术活动向社会公开。北大还开办了不少平民学校和夜校等，努力服务于社会。这些都有力地促进了我国大学的开放性和平民化程度。
北京大学的改革不仅使自身改变了面貌，也是我国高等教育近代化发展中的一个里程碑。这场改革的灵魂是“思想自由、兼容并包”。“兼容并包”不仅包容不同的学术和学说流派，不同的人物和主张，也在男生之外包容女生，在正式生之外包容旁听生。“兼容并包”也并非不偏不倚，而是有所抑扬，封建专制思想文化本已根深蒂固，所包容的主要是资产阶级乃至于无产阶级的新思想、新文化、新人物，北大也因此成为新文化运动和马克思主义的传播中心、五四运动的策源地，其影响已远远超出了教育领域。 编辑本段五育并举的思想
蔡元培是第一位提出“军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育皆近日之教育所不可偏废”的教育思想家，主张五育并举，这是蔡元培教育思想的一个显著特点。
北京大学蔡元培铜像
提出背景
辛亥革命胜利不久，南京临时政府刚刚成立时提出来的。当时，中国的教育正处于一个重要的历史转折关头，随着辛亥革命的胜利，在中国实行了几千年的封建统治被推翻了，但是教育领域中封建教育的改革，然而，改革刚刚起步，只是颁布了一些具体的暂行规定，还缺乏明确的教育指导思想，缺乏新的教育宗旨。
要使资产阶级对封建教育的改革能够深入、健康地开展，迫切需要在统一的教育思想指导下，尽快地确定一个反映资产阶级要求的教育宗旨，来规定资产阶级对于人才培养的目标和要求，只是在这样的形势下，1912年2月间蔡元培发表了著名的教育论文《对于新教育之意见》比较系统地提出了五育并举的思想。 军国民教育
清末由国外传出，蔡元培认为，他并不是一种理想社会的教育，然而在中国，却是“今日所不能不采者”，主要原因：
（一）从国外环境看来，我国处于“邻强交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。”
（二）就国内情况而言，要打破军人成为“全国中特别之阶级”的局面，就“非行举国皆兵之制，否则无以平均其势力”。可见，蔡元培主张军国民教育，是为了对外实行自卫，对内反对军人的强权统治，这在当时是进步的。 实利主义教育
实利主义教育被蔡元培认为是富国的手段，他认为世界的竞争不仅仅是在武力，尤其是在财力。因此加强科学技术教育，提高生产力，发展国民经济，国家 富强才能够在世界竞争中生存下来。 公民道德教育
蔡元培认为军国民教育，实利主义教育固然重要，但是仅有军国民教育和实利主义教育还不够，必须“教之以公民道德”。“何谓公民道德？曰法兰西之革命也，所标榜者，曰自由、平等、博爱。道德之要旨，尽于是矣。” 由此可见，蔡元培所提倡的是西方资产阶级的道德观念，主张用自由、平等、博爱的资产阶级道德，作为进行道德教育的内容。
蔡元培在提倡西方资产阶级道德观念时，并没有全盘否定中国传统的道德思想，他把西方近代资产阶级“自由、平等、博爱”的道德观念，分别比做中国古代儒家所提倡的“义、恕、仁”。毋庸讳言，这种比附是牵强的，然而，他这样做，又是有其深刻用意的。他主张广泛吸收国外文化，同时，他又强调，吸收国外文化时“必择其可以消化者而吸收之”，并且“必须以“我”食而化之，而毋为彼此所同化”，他批评有些志行薄弱者，一到国外留学，“即弃捐其“我”而同化于外人”。 世界观的教育
世界观的教育为蔡元培在中国近代教育史上所首创的，受到康德哲学的影响，它认为世界分为现象世界和实体世界两部分，进行世界观教育就在于培养人对现象世界持超然态度，对实体世界则抱积极进取态度，蔡元培的世界观教育，是建立在把世界划分为现象世界和实体世界这个唯心主义世界观的基础下，然而，他要求人们遵循思想自由，言论自由的原则，不要被束缚于某一学说的思想，在当时具有打破几千年思想专制统治的解放作用。 美育教育
蔡元培是我国近代史上提倡美育的“唯一的中坚任务”。他认为美育教育是进行世界观教育最重要的途径，使人们从现象世界通向实体世界所必经的桥梁。美育教育的重要性源于其特点，从他看来，人从现象世界通向实体世界存在的障碍不外两种意识，一是人我之差别、二是幸福之营求。“有人我，则于现象中有种种之界画，而与实体违。有营求则当其未遂，为无己之痛苦。及其既隧，为过量之要索，循于现象之中，而与实体隔。”因此，仕人我之见，泯营求之念便是从现象世界走向实体世界的关键，而美感教育的特性恰恰就在于此，他说在现象世界，人人都有爱恶、惊惧、喜怒、悲乐之情，不过这种情感随着人的离合、生死、祸福，利害等现象而改变，但美感教育，使人“自美感以外，一无杂念”，人进入这种境界则“已接触于实体世界观念矣”，后来在《以美育代替宗教说》一文中，他把美感教育这种特性说得更加明确：“纯粹之美育，所以陶养吾人之感情，使有高尚纯洁之习惯，而使人之我见，利己损人之私念，以渐消沮者也。”正因为美育具有陶冶人的感情，使人的道德品质高尚纯洁的特性。因此蔡元培认为：“故教育家欲由现象世界而引以到达于实体世界之观念，不可不用美感之教育”。 蔡元培的美感教育思想的哲学基础是唯心主义的，受到康德美学思想的影响较深，他反复宣传美感的普遍性和超越性，也显然是超阶级的、超现实的，过分夸大了美感教育的作用，主张在教育人对美感教育“应特别注重”，这些都是正确的。
以上的五种教育，蔡元培认为尽管各自的作用不同，然而均是“养成共和国民健全之人格”所必需的，是统一的整体所缺一不可的，同时他又指出，
这五种教育并不是平分秋色，没有重点的，而必须以公民道德教育为根本，“五者以公民道德为中坚，盖世界观及美育皆所以完成道德，而军国民教育及实利主义，则必以道德为根本”。
蔡元培五育并举的思想，是以公民道德教育为中心的，德智体美诸者和谐发展的思想，这在中国近代教育史上是首创的。但是，他也有它的局限性，首先，把世界分为现象世界和实体世界两部分，又把教育分为隶属于政治于超轶于政治两类，认为军国民教育、公民道德教育、实利主义教于隶属于政治，而其他的超轶于政治，这种划分不科学。其次，认为教育的最终目的并不是为了现世的幸福，而是为了达到那个“不可名言”，如果“不得不强为之名”则“或谓之道，或谓之太极，或谓之黑暗之意识，或谓之无识之意志”的实体世界。此外，他在阐述公民道德教育，世界观教育、美感教育等问题时，也存在超阶级、超现实、牵强附会等弊病。 编辑本段大学教育思想
在蔡元培整个教育体系中，大学教育思想占有非常突出的地位，这同他重视高等教育密切相关，他认为要发展中国的教育事业，办好高等教育是关键。因此，他说“自己的兴趣偏于高等教育，在高等教育方面多参加点意见”，因此，他又较长时间主持北京大学，有丰富的大学教育实践经验。因而形成了颇有创建的比较系统的大学教育思想。 关于大学性质的探讨
蔡元培认为大学应当成为研究高深学问的学府，这是蔡元培办学的指导思想，也是他大学教育思想的出发点。早在1912年5月16日，他以教育总长身份出席北京大学开学典礼，在演说中就提出“大学为研究高尚学问之地。”在担任北京大学校长后。他更是反复申述这一思想。1917年1月9日，他在就任校长的演说中，明确的向学生说明：“诸君来此求学，必有一宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。今人肆业专门学校，学成任事，此固势所必然。而在大学则不然，大学者，研究高深学问者也”。
蔡元培如此强调大学性质在于研究高深学问，在当时是为了扭转学生上大学为做官的陈腐观念。当时学生入学“仍抱科举时代思想，以大学为取得官吏资格之机关，而对于学问则没有什么兴趣。蔡元培指出，这是北大“著名腐败的总因”。因此，他认为要改革旧北大，“第一要改革的，是学生的观念。”
由于大学的性质在于研究高深的学问，他还提出，大学不能只是从事教学，还必须开展科学研究。他要求大学教员不是灌输固定知识，而是对学问有浓厚的研究兴趣，并能引起学生的研究兴趣；大学生也不是死记硬背教员的讲义，而是在教员的指导下自动的研究学问。为了使大学能承担起教学，科研双重任务，他极力主张“凡大学必有各种科学的研究所”。他在《论大学应设各科研究所之理由》的文章，详列了三点理由：
一是“大学无研究院，则教员易陷入抄发讲义不求进步之陋习。” 二是设立研究所，为大学毕业生深造创造条件。
三是使大学高年级学生得以在导师指导下，有从事科学研究的机会。