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测方法，通常是可以获得专利保护的。事实上，计算机程序是否应纳入专利保护范围的问题，在本质上反映了程序开发者、其他所有者的利益与用户及其他相关主体利益的冲突与协调。例如，欧洲议会2005 年7月6日以648票对14票的优势否决了名为《计算机实施发明的专利性指令》的软件专利法案。这个草案引起很大关注的一个重要原因是，信息产业中两个群体对于软件专利的保护条文的看法分歧巨大，以致于引发了以开源社区和广大中小软件企业为代表的“自由派”和以诺基亚、西门子等公司为代表的“保护派”的针锋相对的论战，甚至于涉及到重新修改与知识产权相关的系列法律。[④] 从近些年来对软件专利保护的讨论看，主要集中在两个方面：一是软件可专利性的讨论，亦即软件是否属于应当授予专利权的发明创造;二是软件专利权保护与软件自由开发创新之间平衡。
就我国来说，虽然计算机程序(软件)被明确地纳入《著作权法》的保护范围，《专利法》却没有明确否认对计算机程序的专利保护。在实践中，我国采用国际上通用的标准审查含有计算机程序的专利申请。这种发明专利申请如果具有技术效果，无论是涉及到自动化处理工艺过程的计算机程序还是涉及计算机系统新运行方法的计算机程序，均可授予专利权。就现有的软件专利保护状况看，对软件可专利性讨论更多的是与软件专利保护和软件自由创新相关性问题：软件专利权保护与软件自由开发创新之间平衡常常成为软件可专利性讨论
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的出发点与归宿。软件纳入专利保护需要从几方面加以综合权衡：其一，基于鼓励知识创新政策选择。在软件专利保护的讨论中，是否能够刺激软件乃至于相关产业的科技发展是其保护的正当性的基石，也是当前关于软件专利保护争议最多的焦点。在软件是否应受专利保护的问题上，我们更应该探讨的是软件的专利保护对于中国的软件及相关科学技术的发展是利大于弊还是弊大于利。其二，基于社会发展政策选择考虑。专利其实质就是一种财富私有化的方式，软件的专利就是授予一定期限内的专利权人的私有权，以鼓励其创新。但是这种鼓励应该只是一种政策考虑，因为，软件程序的知识创新如同其他受知识产权保护的创新一样，是站在人类文明成果之上的发展，不能不考虑对人类的反哺。因此，软件程序的专利保护必须考虑我国公共事业的承受度。其三，基于市场竞争政策选择。专利制度是维护市场竞争中的某种垄断的合法性。软件的专利保护就是通过授予软件程序的市场垄断权以刺激投资者和研发者的积极性，但是我们也需要考虑市场的需求和消费能力对软件业发展的作用。[⑤] (2)基因技术与基因信息
将生物技术纳入专利权保护范围有一个过程，而这与美国有关判例的推动有很大关系。起初，人们对基因技术等生物技术纳入专利保护范围存在较多疑虑。如Funk Brothers Seed Co.v. Kalo Inoculant Co.涉及到一个氮固化的案件，在该案中法院否认了专利的有效性，
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理由是这些细菌的品质像太阳的发光一样是所有人类知识存储的一部分，它们是自然法则的产物，对任何人来说都没有专有权。但是，自1980年美国最高法院在Diamond v. Chakrabarty案中第一次对发明来自于人为单细胞生物基因的细菌本身的权利要求给予专利保护后，生物技术领域专利保护范围被扩张了。在该案中，首席大法官瓦乃恩 ? 伯格指出，基因改变的生物组织可以当成是“物的制造”或者是“物的组成而具有可专利性，因为人类组织开发新的基因技术有效地把这种组织从自然的类别中移除了。发明者发明的不是自然手工的，而是他自己的，因而是可专利的标的。在决定是否有专利性时，通过集中于人的干预作为本质的因素，法院重新强调了将世界的原材料和重新组织的原创发明者的作用，从而为这一结果的专利权提供了正当性。
随着生物技术的急速发展，人们对基因研究的范围也在不断地扩大，人类基因组计划对人类基因构图的研究即是典型例子。基因技术的发展和遗传工程的开发，使得遗传学家有更多的工具来检测人类基因的结构。人类基因组计划涉及到一个包括我国在内的跨国性质的组织，其重要目的是编制一个人类基因中所有的密码化信息的结构和序列的描述图，以提高人类对自身基因的认识能力，增强对疾病的预防和控制能力。在人类基因研究方面，美国走在前面。美国有国家健康研究所(NIH)、能源部(DOE)、Howard 医学研究所(HHMI)，以及国家
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科学基金(NSF)等主要的人类基因组工作机构。一些私人的公司也开始从事这种研究工作。这些机构还建立了数据库，可以通过因特网来获得基因研究资源。人类基因图通过将基因连结来组合信息，提供了很有价值的基因信息，它能够产生以双数为基础的整个人类基因完整的基因序列。人类基因研究产生了生物物质和相关的数据，如NIH、DOE、HHMI等建立了存储库以便让研究人员来获得生物材料。 无疑，人类基因计划的实施需要有关国家研究人员投入可观的研究资金、大量的创造性劳动。从科学研究的基本原理和伦理出发，人类对这些被揭示的基因可以自由使用与掌握，以服务于人类的福祉。正如有学者指出的一样，应将基因研究看成是国际性的努力，将其特征界定为信息的自由交流。有些学者看到了对发现的激励与由于基因信息商业化引起的社会成本之间的特定联系而主张基因信息的非商业化。如乔治 ? 凯海沃指出：如果基因数据信息具有价值仅仅是在其基因序列游离于公共信息之外，我没有看到研究者怎么获利，除非他坐在它的上面，而这违背了科学慈善事业的所有传统。[⑥] 但是，人类基因研究已不是一种纯粹的自然科学探索，疾病诊断的需要以及来自于基因研究潜在巨大利润的诱惑，使得基因研究者强烈地对其基因研究成果主张财产权，特别是专利权。例如，在1992年美国国家健康研究所对基因片段提出了专利申请。再有，人类基因信息研究作为一种创造性劳动，本身需要投入劳动、时间和资源。为了鼓励从事
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这方面的研究工作，需要建立一定的激励机制。通过赋予对基因信息的财产权显然是一种重要的激励机制。关于人类基因信息的科学上、道德上和经济上的讨论则对赋予人类基因信息的财产权提出了挑战，其中重要的理由是主张人类基因中的信息理所当然地是全人类共享的资源和财富，而不应视为基因研究人员专有的个人财富。 虽然人们对基因技术的专利保护存在争议，基因技术的专利保护却在向前发展。美国在基因技术等生物技术领域的专利保护始终走在前面，这当然与美国专利法对可专利主题的开放性态度有关，因为美国《专利法》重申了“包括阳光下人造的任何东西都属于可专利主题”。司法中的观念也认为自然发生的产品没有专利，但这种产品的发现者可以在改变了该种自然产品的形式后就其单独主张专利。至于在实践中，专利权报偿的动力常常使得一些涉及到基因的基础研究的“私人”实验室对于基因图和相关的序列产生的数据牢牢地控制，以维护自己市场方面的优势。这些公司在申请专利前不会将有关基因数据公开。应当说，基因技术研究者在研究和开发过程中对于基因信息的公开缺乏热情，在很大程度上来源于取得专利权后潜在垄断利润的巨大诱惑。
鉴于人类基因信息的重要意义，在赋予其专利权时需要重视信息平等和信息正义问题。这方面的专利问题是一个不需要借助于专利法的结构性原则作出解释的政策性问题。在对待基因信息的财产化和非