DNA结构 原核 真核 1.双链,双螺旋(H键,碱基堆积力) 2.碱基互补配对,含T 3.碱基可以外翻进入E的催化部位 4.多为右手螺旋,表面形成大小沟。大沟是Pro结合为点,有丰富化学信息,小沟无此作用 5.加热,极端pH,有机溶剂处理可以变性,只留有一级结构,发生增色效应(吸收峰为260nm,1/2Max处温度为Tm),适当条件下复性。 1.肺炎双球杆菌转化实验:将灭火加热的S型菌与R菌共培养,注射入小鼠体内,小鼠死亡,并在其体内分离出有活性的S型菌,后又有实验证明S菌提取物亦有致病性,猜测菌中有转化子可以引起转化。Avery使用专一性E类分别降解DNA,pro,RNA,糖等,发现仅DNA被特异性处理的实验组无转化力 2.T2噬菌体标记实验:Hershey分别用32P和35S标记秦代噬菌体的pro和核酸。感染E.coil并经历1-2个周期后,取大肠杆菌培养液高速离心,检测放射性发现:大部分的35S,32P分别位于上清液和底部沉淀。且子代噬菌体中检测出305P而不足12S。 3.烟草TMV重建:TMV1与TMV2的RNA互换,感染烟草叶,发现病斑类型与RNA有关,与蛋白壳无关,说明RNA也是遗传物质 (自设计实验:实验组--含抗卡那霉素的F因子转导入感态E.coil中,对照组加入不含致育因子的F因子,将对照组与实验组一起置于含卡那霉素的培养基中培养。结果实验组形成菌落,对照组则没有) 连环数=扭转数+缠绕数 拓扑异构E(I,II) 1.含U,单链 2.易折叠成局部双螺旋,形成发夹,茎环,可G:U配对,不适合结合pro 3.可形成复杂的三级结构 4.可以使E类 1.在某些病毒中,RNA为遗传物质 2.mRNA为基因到pro的媒介 3.rRNA作为核糖体的一部分是pro合成场所 4.tRNA是密码子与Aa间的适配器 5.snRNA(小核RNA)是剪接体的一部分,介导mRNA的剪接 6.sRNA(反义RNA)包括siRNA和miRNA,通过与mRNA序列互补参与基因沉默 7.有些有E的作用,如RNaseP,介导tRNA剪接 8.guideRNA:RNA编辑时指导U的插入与删除 9.tmRNA:回收核糖体,除去由此产生的不完全pro 10.scRNA(胞质容纳):如信号颗粒中7sRNA 11.snoRNA(核仁小RNA):rRNA的甲基化修饰 12.端粒RNA:真核端粒复制的模板 环状 线状 核小体引进负超螺旋 DNA为遗传物质实验 DNA拓扑结构 RNA结构 RNA功能 染色体形状 染色体特征 1.结构稳定2.能自我复制3.指导pro合成4.可遗传 染色体构成 无核小体等结构 可能有超螺旋 DNA 组pro 核小体 pro 非组pro HMG DNA结合pro H1+11bpDNA 核小体 核心 2H3+2H4+2(H2AH2B) 1.8圈146bpDNA 染色体压缩 染色体调控 核小体—念珠状—染色质丝—突环—玫瑰花结—螺线圈—染色单体 核小体重塑(DNA滑动,从一个
核小体 DNA完整转移到另一个上) 修饰 增加肽链末端基团(组pro密码) 核小体定位(被特殊的DNA结合pro或序列限定) 甲基化:抑制或增强基因表达 乙酰化:提高表达水平 磷酸化:募集蛋白复合体到染色质 (1和3共同增加DNA活性) 1.结构简练(仅有一个) 2.转录产物多为多顺反子mRNA 3.有重叠基因 4.不与大量pro结合 1.基因组庞大(有多个染色体) 2.存在大量重复序列 3.大部分为非编码序列,含断裂基因,有内含子 4.与大量组pro,非组pro结合 5.转录产物多为单顺反子mRNA 6.存在大量顺式作用元件 7.存在大量DNA多态性 8.有端粒结构 1.不重复序列 2.中度重复序列(rRNA,tRNA等的) 3.高度重复序列(卫星DNA) 复性动力学可以分类,Cot1/2与基因组复杂性呈正比。 C值:单倍体基因组DNA的总量 N值:单倍体基因组DNA的数目 C值反常:真核生物中C值一般随着生物进化而增加,但某些两栖类的C值比哺乳类还大 N值反常:真核生物中N值不与进化程度呈正比的现象 基因密度:复杂度高的生物基因密度低 基因组 DNA序列 复制 1.遗传方式相同:均为半保留,半不连续复制 比较 2.都需要多种pro和E的协同参与,都涉及到拓扑异构E,解璇E,单链结合pro,引物合成E,DNA聚合E,连接E等 3.都是从固定点开始以等速双向复制 4.均合成RNA引物 1.每条染色体仅一个起点 2.可连续开始新的复制,一个复制单元可有多复制叉 3.整个细胞周期均可进行 4.起始点为OriC(大肠杆菌) 5.叉速快 6.聚合酶少,以III为主 1.可有多个起点 2.一轮结束前不能开始另一轮,一个复制单元单复制叉 3.只在S期进行 4.起始点为自主复制序列ARS(酵母) 5.叉速慢 6.聚合酶多,有?-?的切换 线性DNA:双向,5-3,复制叉处成眼状 ''复制分类 复制调控 环状双链: 1.?型:大肠杆菌,双向 2.滚环形:噬菌体,单向 3.D-环型:线、叶中,单向 复制叉的多少 1.周期水平:G1-S期 2.染色体水平:决定染色体上复制起始顺序 3.复制子水平:决定复制与否 DNA pol Pol I—V I:生物活性低,有5-3外切E活性 III:主要复制E ''Pol ?—? ?参与复制引发 ?修复 ?线粒体复制 ?主要复制(?-?切换) ?修复 滑动夹:与pol结合,使其不与DNA分离,大大加深其延长能力 滑动夹装载器:催化滑动夹安置在DNA的引物-模板接头上 复制叉(拓扑异构E:解开缠绕的超螺旋) 相关pro 解璇E:结合单链 单链结合pro:SSB,协同结合,保护单链 引物合成E:合成RNA引物,需引发体护送 DNA聚合E 连接E:链接线段DNA片段间隙 (RNaseH:去除RNA引物) DNA复制过程 起始子pro识别复制器,募集DNA解旋E解链形成复制叉,同多种起始 pro和滑动夹及滑动夹装载器形成复制体,产生DNA单链区最为模板 周期中起始多次。复制调节集中在 周期中只起始一次。复制调节集中DnaA起始pro对DNA的识别上 在解旋E对DNA的识别上 延伸:解旋E沿5-3方向移动,分为前导链与后滞链,前导链连续合成,后''滞链有冈崎片段的合成 终止 需拓扑异构E解链 端粒问题:端粒E以RNA为模板,不需要引物,逆转录合成端粒DNA,能防止染色体的重组与末端降解E作用,维持染色体稳定 复制 校正 1.力学校正:DNA E监视下引入的核苷酸形成正确配对的能力,只有经正确碱基配对的核苷酸的3?端在pol催化下才能形成二酯键 2.5?核酸外切E校正:当pol引入错误核酸到DNA3?端时,pol催化速率下降,与pol活性中心亲和力下降,与3??5?核酸外切E活性中心亲和力增强,3?端进入外切E活性中心,错误NTP被切除,正确配对的DNA又进入pol活性中心继续延长 3.错配修复系统(复制完成后):MutS包围着含有扭结的错配DNA。MutS募集MutL和MutH,并由MutS的ATP E活性催化ATP水解,MutH是一种核酸内切E,能在DNA上错配位置上产生一个切口。紧接着,一个外切核酸E消化切口链,向着错配方向移动。最后,产生的单链缺口由DNA聚合E填补从而改正错配。 意义:保证DNA作为遗传物质所需的稳定性和极高的保真度。而RNA聚合E没有校正功能。 1.细胞内源性损伤: DNA复制错误; 自发损伤包括碱基互变异构,碱基脱氨基(C?U,A?I)和碱基丢失等;氧化代谢副产物如活性氧物质的攻击等; 2.环境中的损伤因素: 1)辐射(含紫外线,X射线)产生胸腺嘧啶二聚体; 2)化学致癌物(烷化剂,碱基类似物); 3)生物因素:RNA,DNA病毒插入基因引起突变 1.碱基置换突变 2.移码突变 3.缺失突变 4.插入突变 根据突变产生影响分类: 1.同义突变 2.错义突变 3.无义突变 4.终止密码子突变 1.DNA损伤的直接修复:光激活作用修复紫外线辐射引起的嘧啶二聚体 2.碱基切除修复:糖苷键断裂除去受损碱基,脱碱基戊糖从DNA骨架上去除。DNA聚合E和DNA连接酶修复受损链 3.核苷酸切除修复:在受损两侧切除DNA链,最后由DNA聚合E与DNA链接E修复受损链 4.重组修复:重组修复E通过从未受损的同源DNA链中找回序列信息来修复DNA断裂(真核) 5.非同源末端连接:DSB可以通过直接与断裂末端相连而修复 DNA 损伤 突变 类型 损伤 修复 6.与转录相偶联的DNA修复:当RNA聚合E转录时遇到受损DNA链时,转录E受阻并停止转录,招募核酸切除修复E修复受损位置 7.移损DNA合成:复制时遇到损伤如TT,DNA聚合EIII与其滑动夹一起从DNA链上脱离下来,并由移损聚合E取代,越过TT损伤继续合成,然后换回聚合EIII继续合成。 8.SOS修复:差错倾向性修复,准确性差,只在大规模受损时发生 分子水平上的同源重组(同源、大范围、对等) 发生地点:姐妹染色单体之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合 作用: 1.修复DSB 2.促进遗传物质交换3.保证染色体减分时正确配对(真) 三阶段: 前联会体阶段、联会体形成、holliday结构的拆分 关键步骤: 1.两个同源DNA分子的联会 2.引入DNA断裂 3.在两条重组DNA分子之间,形成碱基互补的段片段起始区(链入侵) 4.链入侵之后两个DNA分子相互交叉的DNA链连接在一起(重组中间体,分支移位) 5.Holliday联结体的断裂(拆分) Pro机器: RecBCD结合断裂且有chi位点的DNA,单链chi处停止,另条继续水解,形成单链DNA,RecA组装于形成单链促进链入侵(在recA蛋白丝里简历新的配对DNA,共三条DNA单链)RuvAB复合体特异性识别holiday联结体并促进分支移位,RuvC剪切位于holliday联结体的特定DNA链从而结束重组。 Eg.细菌的转化、接合、转导均为同源重组1)转化、接合为ssDNA与宿主双链间重组,形成异源双链区,是否成功看修复结果2)转导为dsDNA与双链间重组,偶次交换才成功 Pro机器: 原 真 引入链断裂 无 spo11 HO 产生入侵单链 RecBCD MRX 联会及链入侵 RecA Rad51,Dcm1 分支移位 RuvAB 未知 拆分holliday RuvC 未知 遗传结果:无论何种序列,只要有足够相似区域,就可以发生在任意两个DNA区间。可引起基因转变,修复。 位点特异性重组(CSSR) (同源、小范围、不对等) 异常重发生地点:两段特定序列之间,小范围同源序列的联会,但两个DNA分子间并不进行对等的交换,DNA不丢失不合成。 效应: 1.特定位点DNA片段的插入 2.DNA片段的缺失 3.DNA片段的倒位 Eg.噬菌体的溶源与激活 Eg.复制性转座,只需依赖转座区DNA复制和转座有关的E