行协调的战略与制度，对发展绿色经济缺少激励约束机制的整体制度安排。已有的绿色制度设计粗糙，主要是一些指导性意见或概括性要求，缺乏程序性规定和可操作性，如我国2009年推行的“循环经济促进法”，由于缺乏配套性专项法案而难以见效。有效的激励约束机制尚未建立，如既有的节能减排，对目标达成与否缺少有效的激励约束机制和严明的奖惩措施。此外，目前的绿色制度主要体现在生产领域，而涉及流通、分配及消费领域的制度基本缺失。
已有的绿色制度存在着种种缺陷与不足。首先是“政出多门”带来制度之间缺乏协调和配合，存在重叠、交叉、矛盾甚至冲突，导致制度性内耗，不仅影响了制度的权威性，还大大提高了交易成本，削弱了制度的整体效能。其次是绿色制度的设计还停留在计划经济的思维模式中，以命令控制为主，强制性、限制性的制度较多，从经济手段、自愿性手段来设计的制度较少，使得制度缺少激励作用。其三，制度的约束力不足。由于资源低价与环境无价导致“守法成本高，违法成本低”。过低的排污费、资源使用费以及补偿费征收制度不仅在某种程度上助推了掠夺型经济的发展，而且不利于绿色经济的发展。
制度运行障碍问题突出。GDP至上的政绩考核体系造就了地方政府短视行为，为追求即时的经济利益不惜以资源环境为代价，并严重干扰了环境执法，“有法不依，执法不严”问题较为突出。此外，是对制度加以异化，变相执行，使得制度执行和实施效果与预设存在着较大距离，甚至背离制度设计的初衷。如节能减排大限将至之时，不少地方政府为了迅速降低单位GDP能耗与污染物排放量，通过拉电限电等手段，强制企业停产，而不把精力用于促进产业升级换代、经济绿色化及发展绿色经济之上。
三、中国绿色经济的制度创新
制度先行建设是推进绿色经济发展的通行做法，我们面临的制度困境，唯有通过制度创新来加以解决。可持续发展的目标和全球环境与发展中各种挑战的相关性仍建立在狭隘认识基础上、各自关心局部问题的国家和国际机构带来了变革的需要。这些挑战既相互依赖又相互关联，需要综合的方法和公众的参与（WCED，1987）。目前，转变传统管理模式的权力配置与权力运用，从统治向治理转变；转变传统的管理模式，实行环境与发展综合决策与公众参与；完善治理工具，建立与绿色经济相适应的制度体系，已成为各国促进绿色经济发展的重要手段。借鉴国外的经验，从我们的实际出发，应从以下三个方面大力推进绿色经济的制度创新。
1．管理体制创新
理顺政府管理体制，在对各项职能加以梳理的基础上，对政府各主管部门进行明确的职责分工，尽可能地避免职能的交叉重叠，并用法律的形式把各部门的责任与义务加以规范；对同一管理对象的行政权加以整合，由专门的管理部门来行使管理职责，减少部改革创新部门间的利益冲突与政策性内耗；打破现有的部门条块分割、彼此独立的封闭式管理格局，建立跨部门协调委员会，推进各部门的分工合作，并从法律上对相关部门的行政协助①行为加以规定；规范中央政府和地方政府的关系，明确中央政府与地方政府各自的职责，确定职责的合理边界以及权限的合理比例，统一政策执行者的人事财权限，建立强有力的监督与问责机制，避免政府间的利益博弈。
2．管理模式创新
通过管理模式创新克服传统管理模式所具有的权力配置单极化、权力运用的单向性以及实行等级管理所存在的政府和市场失灵的弊端。打破部门壁垒，建立部门分工与合作机制、跨部门协调机制，促进部门分割的封闭式管理模式向部门综合协调治理模式的转变；完善环境与发展的综合决策，制定详细的操作程序与方法，建立相应的保障措施，大力推进在政策制定、发展规划以及管理等方面的环境与发展问题的综合决策；打破政府部门绝对主导、单向推动的管理模式，在政府、企业和社会公众以及NGO之间建立起一种互动合作、相互监督、相互制约的绿色经济执行网络，充分调动绿色经济各建设主体的积极性，建立多渠道的公众参与途径与交流平台，采取自愿协议的方式引导企业的自律行为。
3．治理工具创新
梳理并完善与绿色经济相关的法律政策体系。对已有政策与法律法规进行系统评估与清理，消除其矛盾和冲突，提高互补性与协调性；对与绿色经济发展不相适应的政策与法律法规加以修订，对原则性规定加以细化与补充，增强可操作性；制定必要的绿色制度，如绿色GDP核算制度、绿色产权制度、绿色财政制度等；尽快出台流通与消费领域绿色制度，如政府绿色采购制度，绿色消费制度等，引导绿色消费。
建立起有效的绿色经济激励约束机制。围绕促进绿色经济发展的各个方面，制定出一整套激励约束机制与奖惩办法，强化经济手段的激励作用，以纠正市场失灵；除了运用财政、税收、融资等传统的政策工具而外，积极探索和运用工商管理技术、市场化、社会化等新型公共政策工具。改革现有领导干部考核制度，改变GDP至上的做法，制定更加科学、合理、可操作性强的干部考核评价体系，并将绿色经济、资源环境作为重要的评价指标。
强化部门协作与公众参与在立法和政策制定中的作用。弱化部门在立法与政策制定中的作用，切实改变部门主要政策法规主要由部门自行设计与决定的做法，在政策法规制定过程中应由多个相关部门以及社会公众共同参与。
加大执法、监察力度，彻底扭转“有法不依，执法不严”的局面，充分发挥法律法规的作用，对以各种手段阻挠、妨碍执法的地方政府及相关人员追究相应的法律责任，对不作为的执法机构追究渎职罪；加强政策执行过程的监控，及时纠正政策执行的偏移。