图1-8:正在下载安装BioPerl-network
图1-9:安装完成BioPerl-network
5
图1-10:同时安装BioPerl-Run和Bundle-BioPerl完成
图1-11:BioPerl-BioPerl-Core安装完成
6
图1-12:同时下载安装Bio-mGen和Bundle-BioPerl-XMLSimple1.0,
图1-13:完成所有的模块安装;
(5)、检测安装情况由图1-13和图1-14,可知安装成功;
7
图1-14:安装BioPerl所在的文件夹
二、心得与体会
第一次装得时候居然没有成功,结果原因是网速不够,再试了一次终于成功了。
第二题:结合图形和程序回答下面问题
2.1、编程实现一个DNA序列文件的酶切位点的分析(包括酶切位点统计、酶切位点的标记和计数,以及可视化输出等,不准用模式匹配知识)(10分)。
实现过程:
#!/usr/bin/perl
print\输入一段序列:\\n\open(FILE,\@a=
$string=join(\print\
print \我们将标记每一个酶切位点at:\\n\print\$foundAt = 0; $offset = 0; $label = 1; %positions;
while ( ( $foundAt = index( $string, 'at', $offset ) ) > -1 ) {
$positions{ $foundAt } = $label++; $offset = $foundAt + 1;
8
}
foreach ( 0 .. length( $string ) - 1 ) {
print $positions{ $_ } ? \ }
print \
foreach ( 0 .. length( $string ) - 1 ) {
print $positions{ $_ } ? $positions{ $_ } : \ }
测试的结果见图2-1;
图2-1
心得体会:
刚开始题目都没读懂,老师给了个模板,说是上一届做的,结果看都看不懂代码, 后来经过老师讲解了之后,慢慢开始理解那个学长(或是学姐)的代码是怎么回事了,但是还是不知道怎么用。因为老师足够的狡猾,把代码删的就剩下几行,还是完全不懂得。在同学的讲了又看看了又讲的情况下,终于把它写出来了,但是,结果还是不知道怎么来的。浑浑噩噩的就弄出来了。写出来了,运行出来了还是有很多问题。不知道为什么只能运行一行代码,两行怎么都运行不了。不知道怎么回事?
9