VASP-POTCAR(4)

2019-04-14 10:01

NUPDOWN default不考虑电子自旋态改变的可能

EMIN, EMAX energy-range for DOSCAR file

>ISMEAR part. occupancies: -5 tet with Blochl -4-tet -1-fermi 0-gaus >0 MP

采用所谓部分占有波函数,用一个函数来平滑积分,尤其是对于金属体系可减少k点 Default ISMEAR = 1 如果在KPOINTS里使用了tetrahedra方法 推荐ISMEAR=5

SIGMA determines the width of the smearing in eV Default SIGMA = 0.2

>ALGO algorithm: Normal (Davidson) | Fast (mixed)| Very_Fast (RMM-DIIS) >IALGO algorithm: use only 48 (RMM-DIIS) or 38(Davidson) or 8(CG) Default IALGO = 38 for VASP4.5

算法是最重要的参数之一。一般VASP推荐使用的是以上三种算法,一般来说8/38是初期 比较快收敛,在接近平衡时采用48较快,在初期或MD时使用48可能会遇到不收敛的情况

。也可以使用ALGO参数来替代IALGO,设置Fast,VASP会先用38,再自动切换到48。 各种算法只要收敛,结果应该一致。

另一个可能有用的选项是-1。不进行实际的计算,只对重要的步骤做计算测试,并将测 试得到的各部分耗时输出在OUTPUT里。

VOSKOWN use VWN interpolation 算法,default 0 不用,如果使用了PW91或者需要计 算磁性质,不妨设为1 用

mixing tag & MAXMIX

IMIX = type of mixing

AMIX = linear mixing parameter AMIN = minimal mixing parameter

BMIX = cutoff wave vector for Kerker mixing scheme AMIX_MAG = linear mixing parameter for magnetization

BMIX_MAG = cutoff wave vector for Kerker mixing scheme for mag. WC = weight factor for each step in Broyden mixing scheme INIMIX = type of initial mixing in Broyden mixing scheme MIXPRE = type of preconditioning in Broyden mixing scheme MAXMIX = maximum number steps stored in Broyden mixer Default

for US-PP non-magnetic

IMIX = 4 AMIX = 0.8 BMIX = 1.0 WC = 1000. INIMIX = 1

MIXPRE = 1 MAXMIX = -45

值得注意的是,在MD或者Relax的时候,设置MAXMIX(>0,一般约3倍的电子SC步数),可能

会大大减少核运动步数。 但是同时会增加对内存的要求。

LWAVE,LCHARG and LVTOT create WAVECAR/CHGCAR/LOCPOT LELF create ELFCAR LORBIT create PROOUT 输出文件的选项

NPAR 并行计算band的节点数,每一个节点计算一个band当然可以提高并行效率,减少通

讯量,不过貌似现在硬件的主要限制还是内存,而这个选项的使用可能会大幅增加内存 的需求

>NBANDS 总能带数。

之所以把它放在最后,是因为它对于解决内存需求的重要性。计算需要大量的 能带(空带),至少要1个空带(否则VASP会给出警告)。一般NBANDS=NELECT/2+NIONS/2 以上可得到较精确的结果,如果内存不够就只好减少NBANDS,在牺牲精度和体系大小之 间平衡了。

最后提示一下大多数参数的首字母代表了参数的性质 I 初始化 L 逻辑开关 E 能量 N 数目 T 温度 便于记忆

初学VASP(七) VASP程序的编译

下面以编译VASP4.4.5版本为例,编译更新的版本VASP4.5.5、VASP4.6和VASP5.0(即将发布)的步骤与此相同。

1、 所需文件和程序

VASP源代码:vasp.4.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz 数学库:LAPACK和BLAS (http://www.netlib.org/ , 或mkl(配合intel的fotran编译器用),

或ATLAS (http://math-atlas.sourceforge.net/

或Lib GOTO (http://www.cs.utexas.edu/users/flame/goto/

Fortran编译器:PGI fortran 至少4.0以上版本(http://www.pgroup.com/ , 或Intel的 ifc (8.0以上版本是ifort,

http://www.intel.com/software/products/compilers/flin/ ,前者可以从网站上下载到15天的试用版本,后者可以从网站下载到免费的版本。

2、下面采用PGI fortan编译器pgf90、ATLAS数学库对VASP4.4.5进行编译

这里假定已经安装好了fortran编译器,所有文件都放在/home/xxxx/VASP_SRC目录下,机器的操作系统是Linux: Redhat9.0。

a) 从http://math-atlas.sourceforge.net/下载atlas3.6.0_Linux_P4SSE2.tar.gz,并 用如下命令解压:tar xzvf atlas3.6.0_Linux_P4SSE2.tar.gz

解压后得到一个目录Linux_P4SSE2,在此目录下有个lib子目录,该lib子目录中的文件为libatlas.a, libcblas.a, libf77blas.a, liblapack.a, 这些就是编译vasp时所需要 的数学库文件之一。

b) 用如下命令解压vasp.4.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz:

tar xzvf vasp.4.4.5.tar.gz tar xzvf vasp.4.lib.tar.gz

解压后分别得到目录vasp.4.4和vasp.4.lib,目录vasp.4.4中文件是vasp的主要源代码,vasp.4.lib是编译vasp时需要的一些特定的数学库程序,在这两个目录中都有编译时所用的makefile文件,针对机器和fortran编译器,选择相应的makefile。

c) 进入vasp.4.lib目录,选择makefile.linux_pg,并把它拷贝成makefile,然后键入make命令开始编译。整个命令如下:

cd vasp.4.lib

cp makefile.linux_pg makefile make

编译成功后,得到libdmy.a文件。

d) 退出vasp.4.lib目录,进入vasp.4.4目录,选择makefile.linux_pg,并把它拷贝成makefile,编辑makefile文件,通过修改LIB变量的赋值而采用基于ATLAS的数学库文件,修改的地方和方法是:

在第87和88行前加上#,把这两行注释掉,然后去掉第91,92和93行前的#。

修改前和后的内容为分别为:

LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \\

../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a #

# the following lines should allow you to link to atlas based blas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \\ # ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \\

# -L$(HOME)/archives/BLAS_OPT/ATLAS/lib/Linux_ATHLONTB/ -lf77blas –latlas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \\

# ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a

#

# the following lines should allow you to link to atlas based blas LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \\ ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \\ -L../Linux_P4SSE2/lib/ -lf77blas -latlas

修改后保存makefile文件,键入make命令开始编译vasp。整个命令为: cd ..

cd vasp.4.4

cp makefile.linux_pg makefile 编辑修改makefile文件

make

编译成功后,就可以得到VASP的可执行文件vasp。

e) 以root帐号登录机器,把成功编译VASP后得到的vasp放到/bin目录下,则任何一个普通用户都可以使用vasp。此时vasp可以当成于一个linux的命令来使用了,不再需要把vasp拷贝到当前的计算目录下。

实例6

vasp检验Ti的赝势kpoint如何设置

vasp中检验Ti的赝势,结果不合理。OUTCAR中有个很大的warning,提示我看了下是说k点有问题。之前看手册上说对于单个原子只用一个k点就可以,我测试过O、H等都没问题,可是对于Ti来说好像有问题,请教大家应该怎么办? 我的输入文件如下 INCAR: SYSTEM=Ti MELMDL=5 ISMEAR=0 SIGMA=0.1

POS:

Ti 15 1 0 0 0 1 0 0 0 1 1 Direct

0.00000 0.00000 0.00000 K:

Automatic mesh 0

Gamma 1 1 1 0 0 0

POT是用的vasp自带的PAW_PBE中的Ti

OUTCAR中的结果energy without entropy= -0.988815 ,不合理。

另外有个很大的警告:Your highest band is occupied at some k-points! Unless you are |

| performing a calculation for an insulator or semiconductor, without |

| unoccupied bands, you have included TOO FEW BANDS!! Please increase | | the parameter NBANDS in file 'INCAR' to ensure that the highest band | | is unoccupied at all k-points. It is always recommended that one | | include a few unoccupied bands to accellerate the convergence of | | molecular dynamics runs (even for insulators or semiconductors) | | Because the presence of unoccupied bands improves wavefunction | | prediction, and helps to suppress 'band-crossings.' | | Following all k-points will be listed (with the Fermi weights of | | the highest band given in paranthesis) ... : |

| | | 1 ( 0.14237) | | | | The total occupancy of band no. 9 is 0.28474 electrons ... |

| | 还有个小的警告:936: WARNING: grid for Broyden might be to small

这是vasp自带的赝势,怎么会有问题呢,如果真有问题,那接下来还怎么继续做下去啊。

VASP中不是自带Ti的赝势吗?

把问题具体化,也就是吧WARNING的内容给出来,还有你的输入文件,特别是KPOINTS

我也遇到类似的问题,我在站内搜,好像08年有过这么一个帖子也是问这个问题,就是不管用哪种赝势,energy without entropy 总在-1ev左右,明明是自带的赝势,怎么检验就不对呢?

你可以看看想在的NBANDS,然后提高一下试试。如果默认的NBANDS不能满足这个体系,那有可能会出问题。毕竟默认值不是一定对这种特殊的孤立原子会正确

VASP中不是自带Ti的赝势吗?

本文来自: 小木虫论坛 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=2502525

实例7

vasp 中的赝势文件()


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