vasp 中的赝势分为几种,包扩标准赝势(没有下标的)、还有硬(harder)赝势(_h)、软(softer)赝势(_s), vasp 说明书里面说,
An extension h implies that the potential is harder than the standard potential and hence requires a larger energy cuto?. The extension s means that the potential is softer than the standard version.
我不理解harder 和softer是啥意思?侯老师的说明书里说,X_h 表示该赝势比较硬。这个硬怎么理解啊?硬和软是相对什么来说的啊?
赝势,顾名思义,就是用一个假想的势能来替代真实的势能。VASP开发不同的赝势都做了测试的。所谓的硬(难以赝化),就是指该元素原子的截断动能比较大,假想的势能与实际比较接近,计算得到的结果准确,但比较耗时,难以收敛。软(容易赝化),表示该元素原子的截断动能比较小,赝势模型比较粗糙,但相对简单,可以使计算很快收敛(比如VASP开发的超软赝势)。因为模拟计算中不可能做到即模型简单又计算不耗时,所以用户可以根据自己的计算条件来选择不同的赝势。
其实我已经回答了,硬的赝势精度高,但计算耗时。软的精度低,容易收敛,但节省计算时间。提供不同的赝是让用户有选择余地嘛
实例8
VASP使用时的氢原子PAW赝势问题
在用VASP计算时需要使用氢原子的PAW赝势,可是这个赝势有四五种之多,请教各位站友,这几种赝势有什么区别呢?
看看R.马丁的《电子结构》吧,这个问题太笼统。一般来说,文献上面会说出选择赝势的
问题是一般文献并不给具体的哪个赝势,它只会告诉你用的是PAW-GGA等信息,至于在具体的就没人说阿,是不是具体的选择靠的是个人经验,还是每个都试一下,我想不到万不得已应该不会用这个办法的吧。工作量很大的。
实例9
关于VASP计算用不同赝势产生的能量差异!
为啥同一个结构,用不同的赝势文件POTCAR,如PAW_PBE赝势和用US赝势来计算,为啥能量不一样?连初始第一步的能量的差别就很大啊?本人理论知识很浅,各位大侠能说说其中原理吗?
实例10
Tb原子赝势(vasp的PAW_PBE)
本人想用vasp做掺Tb的化合物,需要考虑lda+u,需要Tb的赝势(其中必须是把f电子作为价电子的赝势)。他们提供的Tb_3我有,但是不把f电子作为价电子的。
这个还真不太清楚,VASP的赝势可以自己做么?
实例11
VASP装在集群计算机上(linux系统),是不是将KPIONT,POSCAR,POTCAR,INCAR放到我的计算目录下,然后挨个输入什么命令就可以计算了啊?
MS在个人电脑及集群计算机上都需要按装。那VASP在集群计算机上按装后,还需要在个人电脑上安装吗?
先看简单的入门说明手册吧。创建工作目录,四个关键的输入文件是自己创建的,touch命令可完成。
只要在集群上安装即可,个人电脑上用SSH控制即可。
已经看过入门手册了,但感觉都是这四个文件的内容,不知道该怎么创建这四个文件。能详细一点介绍么,或者给一份介绍怎么创建这四个文件的手册?
cd切换到工作目录;
touch INCAR KPOINTS POSCAR
vi对应文件,编辑成相应内容,:wq保存; POTCAR用cat命令重定向写入。
说的够明白了吧?建议好好补一补linux的文件操作命令,这个运行程序VASP没关,但对运行任务很有帮助。
还想问版主几个问题:)
算完之后需要将那些输出文件拷到本机上处理数据呢,还是直接在集群计算机上处理数据呢?比如画能带结构图
那些处理数据的软件是需要按装在集群计算机上,还是可以装在个人电脑上。
如果处理数据的软件可以装在个人电脑上,那那些个输入输出文件不是linux文件吗,这些linux文件在windows下能打开吗?
还想问一下版主,我们自己有一个集群计算机,还在超算中心建了一个账号,也就是我们要是有任务既可以在实验室的集群计算机上算,也可以在超算中心算。那如果我在实验室的集群计算机上建INCAR,KOPINTS,POTCAR等文件,然后可以拷贝到超算中心算吗?如果两个计算机上的VASP版本不一样,那将上面三个文件从一个计算机上移到另一个计算机上可以算吗?
非常感谢您的解答!
[ Last edited by Gina88 on 2011-2-7 at 10:33]
可以,一般软件都是自下而上兼容的。。这个不用担心。要是windows系统下建立的文件,到linux上最好先用dos2unix命令弄一下,不然极大可能出错。
还想问一下版主,我建好了INCAR,KPOINTS,POSCAR后,
那POTCAR应该到哪里去复制过来呢?
POTCAR要自己根据原子赝势生成的。建议看下侯博士的教程。
按照你在POSCAR里面的原子顺序去赝势库逐个cat到工作目录的POTCAR里面。
看过了,但是没有找到赝势库在哪里,在我们实验室的集群计算机上没有找到
实例12
vasp中的赝势
请问各位虫友,vasp中Cu的赝势中电子组态是d10 p1,但是Cu的基态是d10 s1,请问这是什么原因呢?而且Fe,Zn也和基态不一样。我计算Cu的态密度时发现,s,p又都有,还请大家指点?
顶,同关注,以前还没注意过这个问题,不知道这样的话Cu的s,p电子的态密度是如何计算出来的。
产生赝势过程中,原子组态可以根据所计算固体情况进行适当的改变,从而使所得到的赝势更加符合实际环境。这只是得到赝势而已,真正固体计算时,当然还得按照变分原理来求所谓的最小值。
这是一个很重要的问题,具体参考可以在Martin <
在―Part III Important preliminaries on atoms‖ 的Chapter 11 ―Pseudopotentials‖ 里面所列的一些参考,或看其中select further reading里面的参考也行。
实例13在线答疑:Wien2k&VASP的问题
一不小心,斑竹给俺发了几个金币,非常感激,为支持此版,所以特发此贴,如果有Wien2k&VASP的问题,就发上来,虽然不一定能解答,但是一定尽自己的力量,当然也希望各位计算的大虾给予指点.
计算中的问题,可以接在后面. 请教下,如果用vasp来算非周期体系,怎么得到它的准确homo-lumo gap?我没用过wien2k,楼主使用了上面两种软件,就你个人看法,请比较下这两个软件的优缺点?另外请教下,这两个软件是否有什么优缺互补的地方,能否有机的结合起来进行使用。 不知道可以不可以问一下VASP在那里可以下载到?
求教VASP多少钱?并行版是不是按节点卖的?比如10个节点多少钱?20个多少钱之类的还是统一的价格,随便扩充节点
回复csfn:你的第一个问题,要得到非周期性的准确带隙,关键在于你的结构的合理性. 第二个问题:VASP是基于赝势的方法,即用一个平缓的势代替内部电子和原子的核的势. 而Wien2k是全电子势的方法,划分电子势的方法,即采用MT球的方法,球内采用球斜函数展开,间隙用平面波.
比较起来,Wien2k耗时,但是更精确,因此预测电子结构,化学键比较准确,当然做其他性质的计算也是很精确的.VASP相对来说,计算省时,适合大体系的计算.在有足够的资源支持下,而且体系不大,选Wien2k,反之,选Vasp.
下载好象紫霞上有提供,但是VASP是商业软件,需要购买的
我想用MKL作为LAPACK 和IFORT编译VASP MKL用的时候 是否只用将其中的LAPACK的MAKEFILE MAKE 出来 就可以 其它的如MKL的环境变量是否用设置呢 谢谢 vegalew
VASP价格在4000欧元左右,好象不是按节点购买,不同于MS. 具体你可以询问国内的宏建公司.
宏建公司的好像是一万多吧,反正不是很贵,不按节点买,就是说你买了后可以随便你安装几个节点,因为lic在你手里。
想过把VASP的安装过程详细的整理出来,只是一直没有时间,明年再说吧。
问下?:VASP计算得到的DOS文件有很多,其中DOS0是总的DOS,其他则是单个原子的DOS,他的顺序是不是和POSCAR文件里的原子顺序一致?另外我算了四个原子的小分子发现DOS1——DOS4的s、p、d的电子相加后作图和DOS0不相同,这是怎么回事,有遇到过吗?
[DOSCAR的输出顺序是总的,然后按照POSCAR的顺序输出各单个原子的各个轨道的态密度,一般的顺序为,s,py,pz,px,xy,yz,z2,xz,x2..
由于单个原子的态密度跟你设置RWIGS大小相关,所以各原子之间存在一定的间隙,所以总的和要比总的态密度要小,但基本上是一致的,如果相差太大,那可能就有问题了
请问你的问题---利用proout做COOP解决了吗?我对这个比较感兴趣!
求助,,如何对VASP结构优化计算结果的有关电荷的文件进行分析? 最好能得出类似于CASTEP一样的每一个原子电荷数值? 谢谢
可以参考一下Bader的AIM理论,或者你自己做一个小程序,对RWIGS半径内的电荷密度做体积分.
如何利用VASP计算同位素,例如C12和C13,关键问题是不是建立赝势?
其他量化软件是否可以计算同位素?
据我目前所了解的,VASP好象并不能处理同位素,你的想法很好,我想如果能解决VASP的赝势的问题,就应该可以计算了.
请教:lev00的plot parameter怎样取,可以得到光滑漂亮的电荷密度图?
(作图用的origin)谢谢!!
使用lev00提取电荷密度后,会产生一个out_1.dat的文件,将其导入ORIGIN,然后将第三列数据转化成Z轴,然后再在edit里的convert to matrix,转化成矩阵,使用plot里的选择可以画出电荷密度.
其电贺密度的间距,你可以在ORIGIN里调节. 如果你不会,最好看看ORIGIN的参考书
. google \有现成的程序可以算bader电荷2。lev00就有计算某一半径内的电荷数值。
不同意,反映同位素差异只是质子,再怎么处理赝势也只是对电子而言;都是电子结构计算程序,当然不能很好处理同位素了;
非要考虑,那也只能进行些与原子振动相关的热力学计算(考虑了质量差异),部分反映同位素效应,有很多工作都是这么做的。回复hchfox:不知道你看过固体能带理论没有,当然我这里也是跟你探讨,
所谓的赝势是用一种假想的势去代替内部电子和原子核的作用势,而外部的电子势是用的是真实势.既然如此,你所说的由于同位素造成的质子数的不同,难道不包括在这里面?
那如果真能构造出这样一种赝势,包含了原子核和内层电子作用,而这个原子核的作用中包含了由于质子数带来的变化,为什么不能拿来计算呢.
回复marongcai:VASP的理论,你可以看一下谢希德写的<固体能带理论>
呵呵,可能本人太孤陋寡闻了。。。
但个人认为通过改进赝势来考虑同位素效应不是正道。。。
至于DFT能不能考虑同位素效应,不用改进,这样的文献都出一大把了,就是结果的可信度有多大罢了。自己再google一下吧。
Chemical Physics Letters
Volume 423, Issues 1-3, 20 May 2006, Pages 102-105 The H–D isotope effect in the stability of lithium alanate
如何建立所需文件夹来计算NaCl结构的弹性常数
你好!我是一名新手。但是我现在急需用vasp解决一个问题。我用castep计算得到的弹性常数和一篇引用文献中计算得到的结果正好相反(我计算为负值,则此结构在力学上是不稳定的;但文献中vasp计算得到的是正值,也就是此结构在力学上是稳定的。)。所以我想对NaCl结构进行几何优化,并且计算它的弹性常数, 来验证一下,并找出原因。我想请问一下在Linux系统下的计算步骤和命令。我们组刚买来vasp,可是我急需解决这个问题。所以恳请您的指导。
回复:tpp001