单击任何氨基酸(或者codon位臵),该密码子就会变成绿色,而且旁
边出现一个箭头,它就被设定为起始密码子了。如要去除,只需单击它即可。如不保存,则单击取消;如要保存,单击保存为。
序列的反向互补及反向转换
下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。 ? 选定序列。
? 从GOODIES MENU菜单,选反向互补序列(Reverse Complement),
或者把序列颠倒过来(Reverse Sequence)命令,则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。
BLAST检索
下面我们将在NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比较。注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网,跳过这部分,继续下一部分。 选定序,或者从EDIT菜单中选择Select All。 从网络检索菜单(NET SEARCH
MENU),选择BLAST查找。BLAST对话框就会出现。
程序默认为blastn,数据库默认是nr,参数转换请参照帮助。 单击OK开始查找。 寻找结果显示为两部分
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(如下)。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字,下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列(上边序列)比较的具体结果。有关“score”和“expectation”的详细的信息在NCBI’s网点——http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.——可以找到。一般来说,更主要的score和更低的expectation提示较好的相似性。
BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开,或者保存检索到的序列,或者
让你了解更多的有关信息。
下面我们从用“Create Document”钮来打开评分最高的5序列开始: ? 单击Create Document。一个小
的对话框出现。
? 在左上角有一个下拉菜单显示
默认(default)。单击下拉菜单,选顶端(Top)。并在右面的文本框中写入5。
? 单击OK,EditSeq自动查对多余序列。如果EditSeq提示至少2序
列是同一个,请点击OK。EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列,并分别打开一个单独的EditSeq窗口。
下面我们用“Batch Save”钮将3-10序列保存为EditSeq文件: ? 选定从顶端起第3个序列。单击Batch Save。小的灰色的对话框出
现。
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? 单击下拉菜单,选Next。并在右面的文本框中写入8。 ? 点击Set Location,显示文件夹对话框。
? 选定你要保存序列的位臵。单击OK回到灰色的对话框。
? 单击OK保存序列,文件扩展为“.seq”。在下载过程期间,EditSeq
自动查对重复的序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一个,请点击OK。
? 除非你收到错误信息,否则可以认为你的序列已经成功下载。
最后我们可以使用“Launch Browser”钮查看序列的详细信息 ? 选定序列。 ? 选
择
Launch
Browser。 ? 你的网络浏览器
将打开右面的窗口。
序列信息查看
现在我们要使用EditSeq菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信息。
选定序列的一部分。如果你倒是希
望全选序列,从EDIT MENU菜单,选择Select All。
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从GOODIES MENU菜单,选DNA Statistics。就会出现右面的窗口,显
示序列信息。
序列校读
在我们学习保存和输出序列之前,下熟悉一下EditSeq的校读功能 这功能能帮助你校正测序胶中的错读。 ? 选定序列。
? 单击校对发音图标(序列窗口底部张开的嘴),或者从SPEECH MENU,
选Proof-Read Sequence。
? 电子的音声就会开始朗读所选的序列。(注:如果你听不见任何声
音,检查你的计算机的喇叭是否已经打开。)
? 要改变音声read-back的速度,从SPEECH MENU菜单,选择Faster or
Slower。
? 要停止校读,点击图标(手),或者从SPEECH MENU菜单,选择
Proof-Read Sequence。
序列的保存与输出
首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单,选New中的New DNA,或者New Protein。
? 将序列写入出现的窗口。
? 如果你输入非法字符,计算机会发出警告。 然后,我们将序列保存为EditSeq文件:
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? 从文件菜单,选Save。 ? 选定保存位臵。 ? 给序列命名。 ? 单击保存则可。
以GenBank或GCG格式保存序列: ? 从文件菜单,选Export。 ? 选定保存位臵。 ? 为sequence(s)选格式。 ? 给sequence(s)命名。 ? 单击保存则可。 以FASTA格式保存序列:
? 从文件菜单,选Export(1个序列),或者Export All As One(多
个序列)。当使用Export All As One的时候,如果DNA和蛋白质文件同时存在,激活窗口的序列类型与你保存的类型是一致的。EditSeq仅仅将写入的序列保存为FASTA格式。 ? 选定保存位臵。 ? 选FASTA格式。 ? 给sequence(s)命名。 ? 单击保存则可。
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