（一）土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。
?国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知?（国税发“2006”187号）进一步规定土地增值税的清算单位以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
（二）纳税人提出清算申请时，主管税务机关应根据开发项目立项批复、土地使用出（转）让合同（协议）、土地使用权证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证、商品房销（预）售许可证、?土地增值税项目登记表?等有关资料，审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算。
（三）未经政府有关部门批准，企业自行分期开发的项目，或者与政府有关部门审批的开发项目不一致的，应进行实地审核察看，结合企业核算情况、有关部门批文和?土地增值税项目登记表?，本着“实质重于形式”的原则，可按建筑工程规划许可证或其他合理的方式确定清算单位。
（四）?土地增值税清算鉴证业务操作指南?
第七条 根据指导意见第五条的规定鉴证清算单位确认情况，应特殊关注：（二）清算单位的认定。在确认开发项目的清算单位时，应以有关部门颁发的许可证照为条件。凡应独立办理有关部门的许可证照的房地产开发项目，才是一个法定意义上的独立开发项目。鉴证时应考虑：
1.以法定意义上的独立开发项目，确认开发项目；
2. 按项目开发情况划分的，应作为单独鉴证对象的单项工程或单位工程；
3.根据实际开发情况，分别以单项开发项目、单位工程或单项工程，为清算单位；
4.对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。 十、清算审核
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1. 税务机关对企业清算资料的审核，不改变企业的依法申报责任。
2.企业采用伪造、变造有关资料证明等手段造成少缴土地增值税税款的，应当根据?中华人民共和国税收征收管理法?的有关规定进行处理
3.清算报告：
房地产开发企业委托税务师事务所等中介机构审核鉴证的清算项目，主管税务机关应当采取适当方法对有关鉴证报告的合法性、真实性进行审核。主管税务机关如果未采信或部分未采信鉴证报告的，应当向房地产开发企业告知其理由。 十一、补缴土地增值税
1、?关于土地增值税清算有关问题的通知?（国税函【2010】220号）?八、土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题：纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。?
?中华人民共和国税收征收管理法?第五十二条 因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。 2、退还多缴土地增值税
?中华人民税收征收管理法? 第五十一条 纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还
?税收征收管理法实施细则?第七十八条 税收征管法第五十一条规定的加算银行同期存款利息的多缴税款退税，不包括依法预缴税款形成的结算退税、出口退税和各种减免退税。
退税利息按照税务机关办理退税手续当天中国人民银行规定的活期存款利率计算。
3、补退土地增值税与企业所得税
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?关于房地产开发企业注销前有关企业所得税处理问题的公告?（总局公告2010年第29号）
假定各年企业所得税税率一致，并且持续经营，则： （1）补缴土地增值税的，直接在当年所得税前扣除； （2）退还土地增值税的，直接在当年所得税前调整。 假定企业申请公司注销：
无论以前年度所得税率是否一致，都应当按照各年销售收入（含预收收入）比例，重新计算以前年度各年应当扣除的土地增值税，进而计算以前年度各年应当补退的企业所得税。 注：不适用于实际毛利率的调整 十二、清算后再转让
2006国税发187号关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知八
在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积
注：要符合同一房产类型
2007云南关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题补充意见
房地产开发企业建造商品房，已自用或出租使用年限在2年以上(不含2年)再出售的，应按照转让旧房及建筑物的政策规定缴纳土地增值税，不再列入土地增值税清算的范围。
2007辽宁房地产开发企业土地增值税清算管理办法
第七条 房地产开发企业纳税人建造商品房，已自用或出租使用年限在一年以上再出售的，应按照转让旧房及建筑物的政策规定缴纳土地增值税，不再列入土地增值税清算的范围。 2008北京房地产开发企业土地增值税清算管理办法
房地产开发企业建造的商品房，已自用或出租使用年限在一年以
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上再出售的，应按照转让旧房及建筑物的政策规定缴纳土地增值税，不再列入土地增值税清算的范围。
第二部分 清算收入的审核
一、正常销售收入 二、外部视同销售收入 三、内部视同销售收入 四、转让永久使用权
五、地下停车场等的土地增值税和企业所得税处理 六、代收费用
一、正常销售收入
2009国税发91号土地增值税清算管理规程
第十八条 审核收入情况时，应结合销售发票、销售合同（含房管部门网上备案登记资料）、商品房销售（预售）许可证、房产销售分户明细表及其他有关资料，重点审核销售明细表、房地产销售面积与项目可售面积的数据关联性，以核实计税收入； 1、面积误差
2010国税函220号关于土地增值税清算有关问题的通知 土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。
销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整 对于测量面积的误差，依据2001年颁布的?商品房销售管理办法?的规定，面积误差比绝对值在正负3%以内（含3%），据实结算房价款；实测面积大于合同面积并且超过3%的部分，房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人；实测面积低于合同面积并且超过3%的部分，房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。
实际执行过程中，对于返还房价款冲减售房金额的，如果以前已
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经全额开具商品房销售发票，均需要收回并且重新开具；如果实测面积低于合同面积并且超过3%，多数省份要求重新办理销售合同备案。 2、违约金收入
2002北京关于对房地产公司收取客户的违约金征收营业税问题的批复
根据现行营业税政策规定，对北京京港物业发展有限公司向购房户收取的因延期支付房款而发生的违约金，应并入营业额随相关业务适用税目税率计算征收营业税。 注：部分违约/根本违约，收款方向 3、赠送家用电器
2006国税函1278号关于中国移动有限公司内地子公司业务销售附带赠送行为征收流转税问题的通知
2007国税函778号关于中国联通有限公司及所属分公司和中国联合通信有限公司贵州分公司业务销售附带赠送行为有关流转税问题的通知
2007国税函1322号关于中国网络通信集团公司及其分公司和中国网通（集团）有限公司及其分公司业务销售附带赠送行为征收流转税问题的通知
（1）销售前明确承诺赠送的
A 属于捆绑销售，不需要单独计算增值税，实质上是合并计算销售不动产营业税
B 如果赠送的家电、家居构成房屋的附属设备或设施，则属于开发成本，未来可以享受土地增值税的加计扣除，如可视对讲系统、壁挂锅炉、整体厨房、整体卫生间等，否则计入销售费用，如空调、电冰箱、家具等。
（2）如果采用有奖销售形式，由于是否赠送具有不确定性，或者明确赠送但金额不确定，不论是否人人有份，不论是否构成不动产的附属设施，均属于销售费用，同时扣缴个人所得税
2011财税50号关于企业促销展业赠送礼品有关个人所得税问题的通知
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