1957年6月5日胡侗清成立远东航空公司(Far Eastern Air Transport)，初期经营空中运报业务，尚不定期岛内外包机及以贝尔212型直升机进行农喷、航测等业务，并接受军方、民航局、省政府委托维护其飞机、直升机，同时承办岛外航空公司飞机及发动机维修业务，因此累积丰富完整的经验。远航自1962年起陆续开辟岛内航线的航班，并在观光事业蓬勃发展的1970年代顺势成为岛内航线的龙头老大。
一批来自空军第八大队的退役军官，以资本额新台币40万元、员工26人及PBY型水陆两用机2架，于1959年12月16日成立中华航空公司(China Airlines)，从事至寮国、越南代行战地运补工作，1962年起开始以道格拉斯(Douglas)DC-3经营岛内航线，1966年再以DC-4与唯一一架洛克希德(Lockheed)L-1409H超级星座式（Super Constellation）客机开辟台湾第一条台北至西贡（在越战后更名为胡志明市）的航线、1970年开辟中美越洋航线，华航为台湾的民航发展立下崭新的里程碑。1982年华航又增辟台北至卢森堡欧洲航线，1984年完成环球航线，跻身国际的大型航空公司，为代表台湾的国家航空公司（National flag carrier）。
除此之外在1966年大华航空公司(Great China Air)、台湾航空公司(Taiwan Airways)、永兴航空公司(formosa Airlines)纷纷成立。大华航空初期以两架史考斯基(Sikorsky)S-62直升机起家，承办农喷、运补及包机业务为。台湾航空公司以诺曼(Norman)BN-2岛民式(Islander)系列小客机经营兰屿、绿岛等离岛航线为主。而永兴航空公司除了以BN-2机经营离岛航线外，尚以贝尔212型直升机从事农喷业务，永兴航空在公司营运后期改名为国华航空。
1987年因中山高速公路壅塞，铁路营运绩效不佳，政府于是颁布“民航运输业申请设立、增辟航线、购机执行要点”放宽岛内航空运输新业者加入，并允许业者增辟航线的管制，此即一般所谓的“开放天空政策”。在航空客运量大幅增加的状况下，于是进入高竞争环境的空运市场。在岛内航线市场利润固定，且竞争激烈的生存危机下，天空开放后的航空公司均纷纷改组，添购新机，扩大岛内线的经营规模及拓展国际及区域航线。
1989年长荣航空公司(Eva Air)获准筹设，经营国际航线。1991年华航子公司华信航空公司(Mandarin Airlines)成立，飞航华航无法飞行的其它国际航线。至1999年底为止，共计有七家航空公司经营民用航空运输业，分别为中华、长荣、华信、复兴、远东、立荣(Uni Air)、瑞联（瑞联航空则因财务不佳及飞安纪录不良，被民航局无限期停飞中）。另外亚太(APA)、大鹏、中兴、凌天、金鹰则经营普通航空业。
开放天空后的岛内航线虽飞航班次增加，但因供过于求，导致相对的承载率下降，与航空公司家数成反比，在具商业优势的国际航权拓展不易、海峡两岸的直航市场又不明的状况下，岛内航空公司朝集团化、联盟化发展，遂成为市场生存法则下的必然趋势，如同美国开放天空后航空市场的质变经验，台湾的航空公司初期以维持市场占有率为竞争策略，在经营一段时日后有必要改变，因此开始并购小型航空公司或将航空公司彼此间的藩篱给集团化、联盟化。
远东航空公司持有复兴航空公司股票愈见明显，且两家公司也采取航线与票价联盟。1996年3月长荣集团收购了马公航空(Makung Airlines)并更名为立荣航空，并于1998年7月1日并购大华航空及台湾航空成为岛内线市场中最大的航空公司，机队迅速壮大，由原来的12架机队扩增为32架，立荣航空的飞行版图也从本岛扩及偏远离岛航线。此外华航亦在考虑飞航质量与专心经营国际线下，接收华信航空的国际航线，而华信航空于1998年11月起接手飞航岛内线，1999年3月华信与国华合并，并接手原国华航空的离岛航线。
除国籍航空公司外，目前飞航台湾营运的外籍航空公司有日本亚细亚（日本航空子公司）、日空（日本全日空子公司）、国泰（香港）、菲律宾、东亚（菲律宾）、印度尼西亚、森巴迪（印度尼西亚）、马来西亚、新加坡、文莱、越南、太平洋（越南）、澳亚航（澳洲航空公司子公司）、澳洲安捷、纽西兰、沙乌地、南非、英亚航、法亚航、德国、荷兰皇家、马丁（荷兰）、卢森堡、瑞亚航、加拿大国际、美国西北、联合、达美、联邦快递、优比速等，从事客货运定期或包机业务。
主题再回到国民党政府迁至台湾后的航空工业发展方面，隶属于空军的航空技术局在1969年3月改组为航空工业发展中心(AIDC, Aero Industry Development Center)，首款生产机种为PL-1B初级教练机，命名为“介寿”并供空军官校使用。1970年开始获得美国贝尔直升机(Bell Helicopter)授权生产UH-1H通用直升机，此款直升机目前仍在陆军航空队操作中。1973年与诺斯洛普(Northrop)合作生产F-5E/F战机，命名为“中正”，数量达308架。同一时期，发展自T-28D教练机的涡轮发动机版T-CH-1“中兴”于1971年出厂，并加入空军行列。1978年自力研发的XC-2中型运输机出厂。1980年航发中心首款喷射机作品，AT-3“自强”高级教练机首飞成功，自制军机于是迈进喷射推进阶段。在1970年代，因当时国际局势不利台湾对外采购新式战机，以汰换使用三十余年且飞安事故频传的F-104，于是在1981年政府决自行研发战机，在1983年航发中心改隶国防部中山科学研究院(CSIST)。1988年12月航发中心倾全力研发的自制防御战机(IDF, Indigenous Defense Fighter)计划中的首架单座原型机出
厂，并于1992年开始量产递交空军操作，制式编号为F-CK-1，包含四架原型机在内量产数为131架。
1996年7月起配合航天工业政策，航发中心改制为经济部的“国营企业”，并更名为汉翔航空工业股份有限公司(AIDC, Aerospace Industrial
Development Corporation)，主要着眼在增加经营弹性并提升竞争力。目前汉翔公司朝企业化、民营化、国际化发展，经营策略也由以军用为主转型为军民通用，并以多元化经营为发展目标。台湾的航天工业实力根植于政府，民间的航天技术发展有待政府的支持与推动，因航天工业是龙头产业，以藉航天工业带动技术与产业升级。