混淆了非法占地建设与违反规划建设的性质和国土与规划部门的职权。在最后审议和表决通过的正式法规文本上，该款规定已被正式删除。《宁波市土地执法共同责任若干规定》（甬政发[2011]52号）就涉及非法占地和违反规划的违建进行区分，明确了各单位的职责分工。厦门和南宁对非法占地和违法建筑进行了区分，但与上海不同，厦门和南宁将非法占地行为的处罚权移交给城管部门。
（三）、从非法占地和违法建设竞合的法理分析 1、实际执法过程中，对涉及非法占地的违建的查处容易出现职权交叉，在规划区内即未取得用地手续又未取得规划许可的情况下的违法建设究竟由土地还是规划部门查处尚存争议，此种情况下，土地管理部门和城管部门均有权查处。但按照一事不再罚的原则，不得基于同一违法行为给予当事人两次罚款，当一个部门对违建给予没收或拆除的处罚和强制执行时，由于执行标的已不存在，另一部门可仅处罚款或不再作出处罚。
2、非法占地和违法建设之间依据行为目的不同，不论是基于占地目的而进行建设还是基于建设目的而有占地行为，只实施了一个建设行为的，构成想象竞合关系。《规划师》2012年第三期刊载的颜强和陈建萍《违法建设的罪数分析及其对规划管理的启示》一文，从刑法理论角度对违法建设进行分析，其视角独具匠心，但其文将占地与违建的竞合
演绎为法条竞合犯，本文并不认同。想象竞合犯也称观念的竞合，是指基于一个罪过，实施一个犯罪行为，同时侵犯数个客体、触犯数个罪名的情况。想象竞合犯只是在形式上符合数个犯罪构成，由于行为人只实施了一个行为，与数行为触犯数罪名的数罪相比是不完整的，故根据对一行为不得进行重复评价的原则，想象竞合犯只是想象的数罪，是处断的一罪。想象竞合犯往往造成数结果侵害数法益，而法条竞合犯虽然触犯数法条，却没有造成数结果、侵害数法益的情况；并且在法条竞合的情况下，需有一法条能完全评价该违法行为；此外，非法占地和违法建设行为并不必然存在法条的交叉和包容关系。在非法占地和违法建设竞合时，非法占地的行为已经超出了违法建设行为的构成要件，单独一个罪名已经无法全面评价其违法行为；非法占地行为具有非法占有的目的，违法建设的故意内容是违反城市规划，两者在主观方面无法重合，必须用数个罪名对行为人的危害行为进行多重评价，因而出现的竞合现象是想象竞合犯，想象竞合犯应从一重罪处断。
3、先有违法占地行为、待占地事实成就之后进行违法建设行为的，占地与建设之间存在明确区分，两者之间是吸收犯，重罪吸收轻罪。若是因违法建设目的而先进行了占地行为的，则构成吸收犯中的牵连犯，牵连犯也是从一重处断。
4、既然想象竞合犯和牵连犯均适用从一重罪处断原则，
吸收犯是重罪吸收轻罪，那么重点就是明确非法占地行为和违法建设行为何为轻何为重的问题。张明楷教授认为，刑法第67条规定犯罪以后自首且“犯罪较轻”的可以免除处罚，暗示了可以从理论上将犯罪分为重罪与轻罪，区分重罪与轻罪应以法定刑为标准，而不宜以现实犯罪的轻重为标准。《土地管理法》第七十六和七十七条是非法占地行为的罚则，除了规定责令退还限期拆除、没收并处罚款之外，还可对直接责任人员给予行政处分，构成犯罪的追究刑事责任。《城乡规划法》第六十四和六十五条是对违法建设的罚则，除了责令停止建设并处罚款之外，还可拆除及没收违法建筑。由于刑法的法定刑和刑罚幅度比较明确，在行政法中则较为模糊，在此简单进行分析比较。第一，从法律本身来考虑，虽然土地管理法和城乡规划法都由全国人大常委会制定的，但其重要性不可同日而语。土地是生活和经济社会发展的基础，是最宝贵的资源，土地的特殊地位决定了土地管理法的特殊重要性。而城乡规划法只是为了保证科学合理的制定和实施城乡规划、统筹城乡建设和发展，本质上只是技术层面的管理方案。第二，从法律责任来考虑，人身罚重于行为罚，行为罚重于财产罚，处罚种类重于处罚幅度。土地管理法对违法占地行为有行政处罚、行政处分乃至刑事责任的规定，而城乡规划法只有行政处罚。狭义和广义的刑法均未规定对违法建设行为进行刑事追究，对违法占地行为则规定的有刑
事责任。前建设部城乡规划司司长唐凯再答记者问时曾承认城市规划法对违法行为的处罚规定较为原则，法律责任较轻，可操作性差。相对城市规划法，城乡规划法在对违建的处罚上并未增设新的处罚种类，只是明确了对违法建设给予罚款的范围和数额。第三，从社会危害性来考虑，非法占地的危害明显大于影响规划实施的危害，毋庸多言。
从以上分析可以得出结论，对非法占地行为的处罚明显重于违法建设，故不论是想象竞合犯还是吸收牵连犯，按从一重处断的原则，均需优先适用土地管理法进行处罚。而对于违反水法、防洪法等特别法的违法建筑，应按特别法优于一般法的原则进行处理。
三、违法建设和非法占地的追诉时效问题
《行政处罚法》第二十九条规定：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚??违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”本条是关于行政处罚时效的规定，由于对违法行为、连续或继续状态理论上有争议，实践中违建当事人往往以时效进行抗辩，力主超过两年时效而不得处罚，法院判决书中对此常支吾其词，难以自圆其说，颇多纠结。
非法占地从当事人着手实行到终止以前这段时间内，其占地行为和不法状态同时持续地侵犯同一客体，是典型的继续犯，追诉时效从其不法行为终了之日起算。
对违法建设行为，若严格按照行政处罚法二十九条的规定，从违法建设行为结束之日即建成之日时效起算，那么很大一部分违建因超过时效而不得处罚，会变相的鼓励进行违法建设，与现实严重脱节。《人民司法》2003年第5期的司法信箱栏目曾在答复中明确：违法建筑物即使没有被有关行政机关发现，但违法的状态在持续之中，应随时进行行政处理。行政处罚法中规定的两年内未被发现的，不再给予行政处罚的规定不适用于持续违法行为。但此答复并非规范性文件，并无法律约束力，亦未解决审判实践中的争议问题。2012年2月全国人大常委会法工委办公室下发《对关于违反规划许可、工程建设强制性标准建设、设计违法行为追诉时效有关问题的意见》（法工办发[2012]20号）文给住房和城乡建设部办公厅，明确违反规划许可、工程建设强制性标准建设、设计违法行为，因其带来的建设工程质量安全隐患和违反城乡规划的事实始终存在，应当认定其行为有继续状态，行政处罚时效应当自行为终了之日起计算，即在违法事实存续期间和纠正违法行为之日起二年内发现的，应当对违法行为进行处罚。 2012年6月在住房和城乡建设部下发的关于印发《关于规范城乡规划行政处罚裁量权的指导意见》的通知中，明确提出对违法建设行为进行行政处罚，应当在违反城乡规划事实存续期间和违法行为得到纠正之日起两年内实施。这几个文件一脉相承，对《行政诉讼法》的实效规定进