值来洗柱，然后用至少5倍柱床体积的starting buffer平衡柱子，或直到柱子流出液的电导率和pH值稳定时。
清洁
在位清洁主要是去除再生后残留在柱子中的污染物，包括脂质、沉淀物或变性蛋白。这些污染物可能在分离未预先处理的样品时残留。定期清洁不但可以防止这些污染物的固定，还可以保持介质的载量、流速及一般性能。
每次清洁应根据不同的污染物制定清洁措施，清洁的频率主要由分离样品的性质和条件所决定，建议分离1-5次后清洁一次。
标准的清洁流程
因离子交换而吸附的蛋白质，可以用0.5胶床体积的2M NaCl溶液反方向洗柱10-15分钟。
沉淀、疏水性蛋白和脂蛋白时，可用1M NaOH溶液以40cm/h的线性流速反方向洗柱1-2小时。
去除吸附性强的疏水性蛋白和脂质时，用2-4倍柱床体积的0.5%无离子的去污剂（如1M醋酸）反向洗柱1-2h。同样可以用2-4倍柱床体积的高达70％的乙醇或30％异丙醇反方向洗柱1-2h。
（*特别说明：当使用70%乙醇时，需要在防爆的区域或设备。）
净化
为了降低柱床中微生物污染，用0.5-1M NaOH反向洗柱1h。 上述的清洁步骤同样可以净化柱子。
灭菌
只能采用高压灭菌处理。用pH7，0.5M NaCl平衡柱子，倒出介质，120℃高压灭菌介质30min。参考层析柱使用手册对柱子的灭菌处理，然后再重新安装、填柱并检测。
保存
未用过的介质可以贮存于4-30℃，确保容器盖子拧紧。填充柱用working buffer平衡后贮存于20%乙醇中，以防微生物生长。
5．疑难解答
高背压
1. 检查泵与收集管间所有的阀门是否都是完全打开的。 2. 检查所有的阀门是否干净的，且没有堵塞。 3. 通过清洁，去除吸附性强的杂质。
4. 按照层析柱使用指南，检查柱子各个部分如滤器、滤网等。
未预料的层析结果
1. 检查记录速度/信号。 2. 检查流速。 3. 检查缓冲液。
4. 检查转接器与柱床之间没有间隙。 5. 检查填充柱的性能，见14页。 6. 检查预处理样品产生的变化情况。
表5. 离子交换层析的实验条件是如何影响分离步骤中的主要参数。优化后的关键参数可以帮助达到理想的分离结果，并且有助于制定一套经济有效的分离方案。
条件 分离目标
选择性 柱效 载量 （理论塔板）
产量 结合能力 (g/hg/L介质) 吸附时pH 影响极大 影响 影响极大 解析时pH 影响极大 吸附时传导率（ms-1） 大幅度增加 ----- 影响 影响 影响
增加流速（cm/h） 减低 大幅度增加 减低 增加柱高（cm） 增加 增加 减少 增加柱子直径（cm） 大幅度增加
降低颗粒直径（cm） 大幅度增加 增加
微生物侵染
1. 检查接口和预滤器。
2. 检查上样成分如缓冲液、样品组分等。 3. 检查柱子是否得到恰当的清洁。
气泡
1. 检查缓冲液与柱子温度是否一致。 2. 检查接口是否松懈，阀门是否漏液。
如果空气进入柱子，需重新装柱。如果少量空气进入柱床顶部，或者在转接器网与接口处，用流动相反向冲洗即可，然后检查柱效（见14页），并与检查前结果相比较。