以上设置过程如图：
图 显示模式的设定 更改完毕后, 旋转调整一下视角，可以看到固定原子和SMD原子已经分别以小球的形式显示出来，并分别着色为红色和蓝色。
3、单击一下VMD图形显示窗口，确保该窗口是当前活动窗口。按一下主键盘区的数字键“2”，鼠标指针会变成十字状。下面用十字分别单击选择已经显示为球形的固定原子和SMD原子，可以看到一条白色虚线连接了两个原子（图）。
图 标记两个原子之间的距离 4、选择Graphics→Lables菜单项，在Lables窗口左上角首先选择“Bonds”一项，然后点选Graph选项卡，单击显示出的“MET1:CA GLY76:CA”，再单击按钮Graph，可以得到两个原子间距离对时间的作图。当然读者也可以单击Save按钮，将数据保存成文件后使用Excel作图。
图 Labels显示设置方式 图 固定原子和SMD原子间距离对时间作图