ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件
Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件
SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合
Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件
Staden：综合序列分析工具软件包
Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包
INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序
ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台
DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件
Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件
PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件
10.进化树分析
phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树
TreeView：进化树处理软件
GeneTree：比较基因与种系进化树的程序
NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序
TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序
Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件
Phyltools：计算与处理进化树数据的软件
tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化
树构建工具
ATV：JAVA语言编写的显示\Hampshire\与NHX格式的进化树文件软件
TREECON：构建和绘制进化树的软件包
ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件
11.质粒绘图
Plasmid Processor：绘制质粒图软件
Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者
WinPlas：质粒绘图软件商业版
DMUP：环状质粒绘图软件测试版
Plasmid Toolkit：质粒绘制软件
pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图
Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版
SimVector：质粒图绘制软件
12.图像处理
Image Tool：科学用途的处理图像软件
Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件
Cross Checker：基因指纹图分析软件
ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件
Band Leader：凝胶图像处理软件
Scion lmage：图像处理与分析工具
OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件
Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器
Smart Draw：流程图绘制软件演示版
GIMPWin：图像处理自由软件
ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件
bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件
SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版
SigmaGel：凝胶图像分析软件
TotalLab：图像分析软件
Lablmage：凝胶图像分析软件