GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件
Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件
QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件
PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件
13.数据处理
CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件
Cliekh Graph：实验数据作图软件
Statistica：专业统计软件
GraphPad PRISM：著名的数据处理软件
NoSA：中文非典型数据统计分析系统
CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件
SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版
SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版
SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版
PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件
TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件
TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件
SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版
Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件
DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件
数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件
14.检索与阅读
PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件
Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件
ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件
PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序
PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件
NetRoseBrowser：PDG格式浏览器
Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件
EndNote：专业参考文献查询软件
Reference Manager：专业参考文献查询软件
Procite：参考资料检索管理软件
Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件
MiniViewer：数图阅览器
Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件
Refs：参考文献管理软件
Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件
paperworks：免费的参考文献管理软件
KD：知识仓库建库管理系统
15.基因芯片
AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件
ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件
Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件
TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件
AMAD：微数组数据库
ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档
J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件