船舶靠离码头或移泊引领作业所使用的拖轮马力大小和数量一般都由引水员根据气象、水面航道情况决定并直接联系安排，委托方和船东常常会要求引水员尽量为其节省拖轮费用（有时采取一些特殊手段）。大连港目前对船舶在大窑湾与大连湾泊位之间的移泊要分别以引航计收两次费用，船东往往以国家公布资料中它们同属一个港口而要求以移泊收费，代理需要在估算备用金时注意并告知提醒委托方。
拖轮费以拖轮马力和使用时间计算。使用时间按照实际作业时间加上辅助作业时间得出。实际作业时间为拖轮抵达作业地点开始到作业完毕为止的时间，由船方签字确认后按实计算（应提醒船方在签署引水代交的拖轮作业票时认真按实填写或核对，不要只签字不填或不核对时间，以免日后产生争议）。附助作业时间为拖轮驶离基地至作业地点和驶离作业地点返回基地所需时间，实行包干制，由各港根据各作业地点的距离远近测算确定包干时间后报交通部备案。拖轮费的费率是每马力小时0.48元。使用时间不足1小时的，按1小时计算。超过1小时的尾数，不足半小时的按半小时计算，超过半小时的按1小时计算。拖轮费在船舶港口使费中往往占相当大的比重，夜间作业和节假日作业都要加收50%的附加费，节假日夜间要加收100%的附加费。由于使用拖轮的数量、马力大小和拖轮作业的日期时间不能事先确定，作业次数、作业场所的远近、所用时间长短都很难预料和控制，加上尾数进整，常常出现拖轮费用大大超出估计的情况。官方单位自行决定使用拖轮上船并让船方签字确认费用或因其他特殊情况船方临时使用拖轮的情况也经常出现。以前曾有过一条几百吨的小船，有关单位派了4,800马力的大拖轮，作业时间又多填了几分钟而得以进整，加上辅助作业时间，又赶上节假日夜间，使用一次拖轮的总费用达到数万元（当
时的计算办法还是尾数进整数，节假日加收100%，夜间再加收50%），船东大为不满而拒绝追加支付费用。根据目前的计算办法，正常情况下，停靠稍远一点泊位的船，如果在节假日夜间作业，拖轮费往往可能会达数万元。比如赶的机遇不好，在节假日夜间靠泊，使用4,800马力和4,200马力的拖轮各一条（大船有时甚至要使用3条），计算结果为：4,800+4,200=9,000马力乘0.48元再乘3.5小时作业时间（1.55小时作业时间加1.5小时辅助作业时间等于3.05小时, 进整为3.5小时）再乘以2（节假日夜间加收100%），共计要30,240元，出港还要使用拖轮并再收取一次，如有移泊还要使用拖轮并再收取一次引领费，总费用可达到相当惊人的数额。目前大连港又增加了5,400马力的拖轮，小的拖轮很少，拖轮所属和使用单位也往往优先安排大马力拖轮。对有侧推器的船舶，代理应提前通知引水，以争取减少使用拖轮数。
2.系、解缆费
由港口工人进行船舶系、解缆，每系缆一次或解缆一次，各收取一次系解缆费。船舶在港口停泊期间，每加系一次缆绳，计收一次系缆费。费率如下：2000净吨及2000净吨以下船舶码头系解缆，107元/次，浮筒系解缆，159元/次；2000净吨以上船舶码头系解缆，213元/次，浮筒系解缆，318元/次。
3.停泊费
停泊在港口码头、浮筒的船舶，由码头、浮筒的所属部门按规定费率征收停泊费，停泊在锚地的船舶，由港务管理部门按规定费率征收锚地停泊费，停泊以24小时为1日，不满24小时的按1日计算。停泊在港口码头的下列船舶，
由码头的所属部门按非作业停泊费率征收停泊费：装卸或上、下旅客完毕4小时后，因船方原因继续留泊的船舶；非港方原因造成的等修、检修的船舶（等装、等卸和装卸过程中的等修、检修除外）；加油加水完毕继续留泊的船舶；非港口工人装卸的船舶；国际旅游船舶。由于港方原因造成船舶在港内留泊的免征停泊费。系靠停泊在港口码头、浮筒的船舶上的船舶，视同停泊码头、浮筒的船舶征收停泊费。船舶在同一航次内，多次挂靠我国港口，停泊费在第一港按实征收，以后的挂靠港给予30%的优惠。具体停泊费的费率如下： 码头停泊费 锚地停泊费 码头非作业停泊费 净吨（马力）/日 净吨（马力）/日 净吨（马力）/小时 0.23元 按日计收 0.05元 按日计收 0.15元 按小时计收 码头非作业停泊的费率不是按天而是以小时计费的，停泊时间长会产生很高的费用，应注意尽量避免。
1.开、关舱费
由港口工人开、关船舶舱口，不分层次和开、关次数，按规定相关标准，分别以卸船计收开、关舱费各一次，装船另外计收开、关舱费各一次。单独拆、装、移动舱口大梁，视同开、关舱作业，收取开、关舱费。大型舱口中间有纵、横梁的（不分固定或活动），按两个舱口计收开、关舱费。设在大舱口外的小舱口，按4折1计算，不足4个按1个大舱口计算。使用集装箱专用吊具进行全集装箱船开、关舱作业，不分开、关次数，按相关规定费率，分别以卸船计收开舱费一次，装船计收关舱费一次，只卸不装或只装不卸的，分别计收开、关舱费各一次。具体费率如下：
2000净吨及以下船舶 2000净吨以上船舶 全集装箱船使用专用吊 每个舱口 每个舱口 每块舱盖 264元 530元 75元 集装箱船使用专用吊具是指使用集装箱专用索具。
1.装卸费
装卸费的计算办法相对比较复杂，相关规定、说明、解释和细则的内容也很多，这里只做简单介绍：
根据货物的性质，费率表中将货物分成20个类别（计费级别），对于船舱至船边或者是船边至船舱条件的卸货/装货作业，在根据货物装卸作业过程中是使用港方起货机械还是船方起货机械、是一般货舱还是冷藏舱或非货舱，再分成为四个类别，各自设定了不同的费率。对船边至库、场、车、船或者库、场、车、船至船边条件的卸货/装货作业，另外按照20个货物类别设定了相应的费率，计费单位也根据货物种类规定了有的以重量（吨）为单位，有的以重量或体积（立方米）两者中取大的为单位。对超长货物根据长度另外要加收一定百分比的附加费，对一些特种货物另设有特别费率和计费单位折算办法等。因为费率表过于复杂且有很多相关说明和解释，就不在此列出和讲解了。代理在估算装卸费时必须与委托方落实清楚装卸条款，即是FOB条款还是LINER TERM条款，在装卸作业开始前以书面方式通知装卸公司，防止出现纠纷和费用回收不上来的情况。集装箱货物另订有相应费率，对非标准箱的装卸包干费需要面议，对汽车、火车、驳船的集装箱装卸及集装箱搬移、翻装另外有规定费率。船东也可以通过与装卸公司谈判达成协议，另行商订适用的装卸包干费费率。
1.理货费
目前我国对外贸进出口件杂货和集装箱货物仍然实行强制理货，由独家垄断该项业务的理货公司经营外轮理货业务（最近刚刚成立了另外一家由外代、外运、中海、外理四家合营的理货公司，名为中联理货有限公司）。收费标准是交通部公布的\航行国际航线船舶理货费率表\，计费项目包括基本理货费（又细分为件货理货费、集装箱理货费、集装箱拆/装箱理货费等十项费收）、计量费、交通费、附加费、超尺码理货费和其他等。一般普通未列名件杂货的基本理货费率是3.45元/吨，标准集装箱的基本理货费率是12元/箱，具体收费标准和费率相对比较复杂，就不在此一一列举了。总体来讲，理货费在港口总使费中占相当大的比例，加上夜间作业或节假日作业都要收取附加费，对代理来讲，做到事先正确预估理货费也很重要。在日常工作中还不时发生理货公司临时收取挑票费的情况，船方常常不能认同理货公司判断的混票和混票数量。
2.卫生检疫及卫生处理费
卫生检疫费用包括：检疫费，按船舶大小，收取100-300元不等，进出口分别收取，检疫用的交通费（过去实行联检时、各联检单位共同上船所用交通船是由港务监督安排的，费用从向船方收取的港务费中支出），对来自疫区船舶所载压舱水进行消毒的消毒费（每吨压舱水收0.71元并加所使用的消毒药剂的实际费用），对部分船舶进行灭鼠、灭虫或熏蒸以及与此相关的船员上岸后的食宿费用，船舶各类卫生、除鼠或免予除鼠等证书的新办、更新或延期的费