用，办理船舶卫生证以及与此相关的船员体检、打防疫针的费用等。船舶来自地是否属于疫区由卫检确定（如日本的O157，委托方常常对此持异议），因为油轮压舱水数量往往很大，压舱水少了又不符合港监和引水员的要求（至少要达到船舶载重吨位的四分之一），故压舱水消毒总费用有时会达到几万元。一旦因船上有鼠害或蟑螂过多卫检决定在船进行熏蒸的话，往往船员需要下地住宿，会产生相当大的开支，加上卫检要收取的熏蒸费，总费用将很高，而这种情况在船舶抵港前代理无法预先估计到，所以要特别小心并迅速应对处理。
3.浮吊或其他岸上设备租用费
船舶运载超重、超大件货物，有时需租用港口浮吊进行装卸作业，浮吊是根据实际作业时间加上驶离基地和返回基地的时间之和乘以浮吊的有效安全负荷吨位再乘以费率得出（基本费率为：50吨负荷以下浮吊9.30元，50-100吨：8.30元，100吨以上：6.30元，计费单位为浮吊负荷吨/小时），夜间和节假日作业还要收取附加费，拖带浮吊所用拖轮另按拖轮收费标准收取，因此租用浮吊的费用往往是很大的。为控制总额，代理在代表委托方联系租用浮吊时，一般要尽量联系租用合适负荷吨位的浮吊，还应尽量以包干费的方式来与出租方进行谈判。船方有时还必须租用港方相关设备（如起重机、吸扬机、岸梯、岸电、防雨设备、靠垫等）来进行装卸作业和满足其需要，港方另根据设备租用费率标准收取相关设备租赁费。
4.码头工人工时费和杂作业费
装卸作业过程中港方派遣的装卸指导员是按人/工时收取费用的，船方有时
需要雇佣码头工人进行扫舱、拆/装货物绑扎加固材料、铺垫货舱、搭/拆隔舱板或防动板、平舱、拆包和倒包、灌包和缝包、分票、挑票等工作，除杂项作业费率表上列出的以外，按人/工时收费标准来收取工时费。
5.各种检验、计量、公估费
本项包括对船舶的适航、损坏范围程度、设备安全等进行的各种定期和临时检验（检验单位是船检），对船舱适装情况、货物状态和残损（包括范围和程度）进行的检验和进行货物丈量和计量（包括公估）、查验货舱内货物是否已经卸尽（油轮的验干舱）、封舱、取样、化验等各项工作（查验单位是质量检验检疫局CIQ或其他合法检验机构），收费标准各不相同。船舶装运某些出口货物前，验舱是强制的。对已经不适航和部分重要设备故障受损的船舶，修理后的船舶/设备的适航/安全性检验和按照国际公约规定进行的定期检验也是不可避免的。港务监督根据国际公约对进港船舶进行港口国安全检查（PSC）时，发现缺陷（DEFICIENCY）责令限期纠正（TO BE RECTIFIED）的，常常需要在当地安排修理和修理后检验。
6.供油、供水费
船舶在港口安排添加燃料油（柴油、燃油）、机油（润滑油）和淡水是经常需要的。一般有两种方式，一种是船东通过协议户安排，代理负责联系沟通并适时安排；另外一种方式就是船东通过代理询价、确认，委托代理在当地采购供应，代理再与船东结算。由于油价经常变动，加油款金额一般都很大，代理对加油款的安全回收必须给予充分的重视。加油数量和质量产生争议的情况
也时有发生，需要代理协调处理。在船舶加油前，一些港口的港监要求船方/代理/加油商事前向其申请，获得批准后方可安排加油作业。加油作业前应提前提醒船方按照防污染公约和港规规定，提前采取防护措施，防止出现冒油污染海域的事故。一旦发生冒油事故要及时报告港监。
7.伙食、物料供应费
船方在港口经常需要补充食品、烟酒和其他物料，供应数量大的话，涉及金额也会很高，代理对这类费用的安全回收也必须给予高度重视。代理对供应商的资信必须进行了解和跟踪（分包方评议），要使用经过评审的合法供应商，防止员工私自介绍非法供应商为船方提供各类供应服务。（历史上发生过的朝鲜船供应结算问题） 8.船员费用
船员费用包括船方借支（有时是船东需支付船员工资），船员遣返用的机票、住宿、伙食、交通（有时包括船东代表来港口出差所发生的食宿、交通、机票和借支）等开支，船员更换、就医、登陆所产生的各项费用等。代理在接到船东代表或船方提出的相关要求后，必须尽快与委托方取得联系并获得其确认，还要及时估算并追加索要相关费用。委托方有时不是船舶的船东，委托方对船东费用并不一定负责, 需要另外向船东索要相关费用的备用金，对此决不能大意。由于国家对外汇管理逐步严格化，如船方借支外汇时，从银行提取外汇现钞需要经过外汇管理局审批，批准的前提条件一般是有船东汇款凭证和银行进帐凭证。所以，船东汇款没有入帐以前往往无法从银行提取外汇现钞，此点必须事前向委托方讲清楚，以免延误将借支送船。借支送船后必须要由船长
签收，收据作为结算凭证。此外，对船长和船员、船东代表、委托方代表等来港办事人员发生费用需要通过船舶使费帐结算的，必须事前取得委托方确认并核实备用金余额是否足够支付，避免出现欠帐和坏帐。这方面各代理公司也是有过一些经验教训的。（PTA票叙利亚人欠遣返费4万追索案）
9.污油回收、污水排岸处理费和围油栏使用费
根据有关国际公约，货轮机舱污油和含油污水必须由主管当局指定的接受单位回收和处理，油轮在货舱内的压舱水必须排到指定的污水处理池进行处理，为防止跑冒滴漏和溢油而污染当地海域，油轮靠泊后还必须在其周围敷设围油栏。处理单位和设备提供并敷设的单位要根据相应收费标准收取费用。污油回收的费用要根据实际情况面议，港方设施接受污水的处理费是每吨2.20元，围油栏使用费是1,000净吨以下船舶每船次收3,000元，1,000 - 3,000 净吨的船舶每船次收3,500元，3,000净吨以上的船舶每船次收4,000元。
10.临时修理费或船用另备件转运费
船舶临时发生故障或机械损坏影响开航时，需要在当地港口进行临时修理，修理的费用可能会比较高。有的船东会通过直接与修理厂家联系、协商价格并通过其他渠道直接结算费用。船东临时将船用备件空运来港让代理报关、提货并转送上船的情况也时常发生，及时转递备件上船也是一项十分重要的工作，代理有时需要委托有报关权的分承包人来完成，要注意及时索要相关费用的备用金（这类费用有时与委托方无关）。
11.船舶运输收入税
根据财政部财税字(1996)087号文的规定, 外国公司以船舶从中国港口运载旅客、货物或者邮件出境，取得运输收入的承运人为纳税人，船舶代理人为代扣/代收/代缴义务人。税率是运输收入总额的4.65%，其中3%为营业税，1.65%为企业所得税。与我国缔结有协定规定减税或者免税的按照协议规定执行。协定是指所得（和财产）避免双重征税和防止偷漏税协定，互免海运企业运输业务收入税收协定，海运协定以及其他有关协定或换文。目前有75个海运国家与我国签订有免税的相关协定。
12.交通费
包括代理和相关查验部门及船员使用交通工具（车、船）所发生的费用，一般情况下都是凭船长签字确认的发票实报实销，也有通过签订协议实行交通费包干的（主要是班轮和有长期代理协议关系的委托方或船东）。一些单位在报销车、船费用的时候有水分或猫腻，问题相对较多，委托方颇有微词。代理人要维护委托方利益，尽管相对来说很难，但仍必须严格审核和把关。有的船东感觉到费用太大且无法控制，提出让代理实行包干的办法来收取交通费。中远船首先实行了交通费包干制，现已逐步扩大了范围。
13.通讯费
通讯费包括代理与船方联系所使用的卫星通讯和VHF费用，与委托方以及装卸港代理联系所用的电话、传真、E MAIL等费用，与口岸查验部门联网进行申报、传送相关单证的网络通讯费用，船长使用代理电话或租用代理手机与国
内外进行联系的国际国内长途电话费用。代理一般都采用实报实销的办法（每次通讯都填写计费单当作收费凭证），由于有的船东嫌麻烦或感到无法审核且收费过高，提出采用包干的办法。
14.其他可能会发生的费用
除以上所列各项费用以外，还可能会有一些特殊需要的费用和临时发生的费用，如海事处理，抢潮，港监派船巡逻开道和对装有危险品的船实行监护船监护，非监管区监管费用，边检上船监护，速遣，违章违规的罚款和委托方临时委托办理的特殊事项所发生的相关费用等，代理应随时根据情况及时追加索要备用金。