一是开始系统对思想政治教育心理学研究对象、任务、内容和方法进行探讨。在这个阶段，研究者们并不局限于心理学在思想政治教育实践中的应用，而是系统探讨思想政治教育心理学的内在知识结构。比如，有学者提出思想政治教育心理学的研究对象和领域应包括个体环境、社会环境、教育内容和教育者等四个方面；[6]还有学者对思想政治教育心理学的学科归属、研究对象、学科性质、学科体系等问题作了探讨。[7]这些都表明思想政治教育心理学作为一个独立的领域引人关注。
二是尝试用思想政治教育学科术语构建知识体系。如果说前一阶段思想政治教育心理学研究的重点主要放在思想政治教育学与心理学的结合，那么在本阶段，研究者尝试用思想政治教育学科的话语体系来对心理学进行改造，形成思想政治教育学科视域或话语体系的知识体系。如童彭庆主编的《思想政治教育心理学》从思想政治教育中的认识心理、情感心理、意志心理、个性心理、需要和动机心理、态度心理、群体心理、人际交往心理、挫折和逆反心理、嫉妒和攀比心理、表扬和批评心理、心理学原则及思想政治教育工作者的心理素质等角度，构建了较为完整的知识性与专题性相结合的思想政治教育心理学体系。在知识体系的构建中，虽然遵循着普通心理学的发展脉络，但已经经过了思想政治教育的学科转化。
三是开始尝试从思想政治教育本体论的角度进行学科定位。本阶段研究者们已经有了相对明确的自主意识，如有学者在教材中明确提出：“我们研究思想政治教育心理学，不是为了完善和发展心理学，而是为了完善和发展我们党的思想政治教育，为了深化思想政治教育学的研究。……立足于思想政治教育、以思想政治教育为本是思想政治教育心理学研究的一个原则，借鉴吸收心理学研究的成果来为思想政治教育心理学服务是思想政治教育心理学这门学科的特色。”[8]
四是思想政治教育心理学作为一门课程已经形成。在这个阶段，思想政治教育心理学明确成为思想政治教育专业的基础课程，开始编写相应教材，2000年前后，出版了一批以“思想政治教育心理学”为名称的专著或教材，作为思想政治教育专业的专业课程教材，其中有些著作还获得政府优秀研究成果奖。这些都表明思想政治教育心理学作为一门课程已经形成。
本阶段思想政治教育心理学研究的总体特点是立足思想政治教育学科建设，构建思想政治教育心理学知识体系，并从整体上对思想政治教育心理学的学科特点进行探讨，初步形成了一套较为系统的思想政治教育心理学体系。但是，这一体系也是初步的，很大程度上依然保留着借鉴吸收心理学成果与应用心理学理论和方法的痕迹。
3.学科研究领域细化深化期(2005年至今)
2005年国务院学位委员会颁发《关于调整增设马克思主义理论一级学科及所属二级学科的通知》，明确规定思想政治教育心理学是思想政治教育学科课程的重要组成部分。这标志着思想政治教育心理学的发展进入到一个新的历史阶段。
这一时期思想政治教育心理学研究的总体特点是领域细化深化，虽然这一阶段在思想政治教育心理学整体研究方面也出现了一些以“思想政治教育心理学”为题名的教材或专著，如胡凯所著《现代思想政治教育心理研究》(2009)、杨芷英所著《思想政治教育心理学》(2014)等，这些研究成果在整体上对思想政治教育心理现象进行了系统研究，如思想政治教育心理机制、思想政治教育心理功能、思想政治教育心理规律、思想政治教育心理品质等，使思想政治教育心理学研究更具理论性、系统性和规范性。但是，这些研究并没有在理论框架和知识体系上超越前一阶段的研究成果，表现出在原有基础上的深化和细化的特征。
值得注意的是，在思想政治教育心理学研究中也呈现出另一个鲜明的特点，即思想政治教育心理学研究领域的分化，也就是出现了许多值得关注的新的领域，这些领域从思想政治教育心理学本体论出发，开始自主探讨思想政治教育的心理活动，提出新的研究范式，如思想政治教育与心理健康教育相结合的思想政治教育心理咨询模式的问题。把心理咨询引入思想政治教育，运用心理咨询来拓展思想政治教育渠道，形成思想政治教育的第二渠道，这可以追溯到20世纪八九十年代。党的十六届六中全会提出构建社会主义和谐社会，特别是党的十七大提出“加强和改进思想政治工作，注重人文关怀和心理疏导”以后，基于思想政治教育的心理咨询模式方兴未艾，如有研究者连续发表《思想政治教育工作者何以可以从事心理咨询》、《思想政治教育工作者如何从事心理咨询》、《心理健康教育何以成为思想政治教育研究领域》、《探索基于思想政治教育的大学生心理健康教育模式》等系列论文和《心理咨询与心理健康教育》(2007)等著作，还有学者长期探讨思想政治教育与心理健康教育的结合，并形成了博士学位论文和国家社会科学基金研究成果，等等，都使得心理咨询和心理健康教育日益成为思想政治教育研究的重要领域。[9]
再比如，关于个体思想品德发展规律的研究、关于品德心理或德育心理的研究在教育学和心理学领域一直作为特定研究领域。20世纪80年代以李伯黍、顾海根、岑国桢等为代表的学者围绕个体品德发展，特别是中小学生思想品德发展进行了大量本土化研究和实验，使德育心理学成为一个独立的研究领域。新世纪以来，德育心理研究日益系统和深化，出版了一批重要成果，如陈会昌所著《德育发展心理学》(2004)、欧阳华珍所著《品德心理学》(2005)、朱仁宝所著《德育心理学》(2005)、杨韶刚所著《道德教育心理学》(2007)等。这些成果大多是由以心理学为学术背景的学者推出的，但由于领域的相近性，使得这些成果与思想政治教育心理学的相关度越来越高，很多思想政治教育研究者也把德育心理学研究成果纳入思想政治教育领域。
除此以外，思想政治教育心理学的研究在诸多领域也实现了深化，如关于人的思想行为的研究，关于传播心理和接受心理的研究，关于态度转变的研究，关于志愿服务心理机制的研究，关于网络心理的研究，等等，都取得了大量研究成果。这些成果为思想政治教育心理学的本土化、本体化研究提供了丰富的思想资源和理论素材。
二、思想政治教育心理学研究存在的主要问题