2.3 PCR引物设计
根据GeneBank上公布的土曲霉和红曲霉洛伐他汀生物合成基因簇(登录号为AF141925和DQ176595)中lovE和mkH基因设计如下引物扩该基因。lovEF: ATGGCTGCAGATCAAGGTATAT;lovER: TCATGGAGGAATATTGTTGAGG;预期lovE产物大小为1 512 bp。mkHF: TTAGGAGGCCAGGTTGTGTTGG;mkHR: ATGGCCCTATCGCCAGTCCAGG;预期mkH产物大小为1 464 bp。
2.4 PCR反应
反应体系:10×buffer 2 μL,25 mmol/L MgCl2 1. 2 μL,10 μmol/L dNTPs 0.4 μL,20 μmol/L 引物组各0.4 μL,ddH2O 14.5 μL,DNA 1 μL,Taq酶 0.1 μL。总体系20 μL。
热循环条件:94 ℃预变性5 min后,以94 ℃30 s,50 ℃20 s,72 ℃1 min 40 s程序循环40次,延伸72 ℃20 min。
2.5 目的片段的克隆与测序
1%的琼脂糖凝胶电泳分离PCR产物,再按胶回收试剂盒操作回收纯化PCR产物。按pMD?19T simple载体1 μL,回收DNA4 μL,solutionⅠ(含T4连接酶和连接酶缓冲液)5 μL的比例轻轻打匀于16 ℃水浴连接2 d。大肠杆菌DH5α感受态制备及转化均按分子克隆指南方法操作。克隆片段交由英俊生物技术有限公司双脱氧法双向测定并拼接。
2.6 转化子验证
蓝白斑筛选挑取白斑单克隆菌落PCR验证。
反应体系:10×buffer 1 μL,25 mmol/L MgCl2 1. 2 μL,10 μmol/L dNTPs 0.2 μL,20 μmol/L 引物组各0.2 μL,ddH2O 7.15 μL,DNA 无菌枪头蘸取,Taq酶 0.1 μL。总体系10 μL。
热循环条件:94℃预变性5 min后,以94 ℃30 s,50 ℃20 s,72 ℃1 min40 s程序循环30次,延伸72 ℃ 5 min。
2.7 序列分析比对
采用DNAMAN软件将测序结果与GeneBank已知序列进行比对,并通过NCBI等网络资源分析基因序列及其对应蛋白的理化性质、高级结构和功能。
3 结果与分析
3.1 PCR扩增结果
见图1,表明对lovE和mkH扩增得到与预期大小一致的产物,约为1 500 bp。
M为DNA Marker DL2000(从上至下分别是2 000 bp,1 000 bp,750 bp,500 bp,250 bp,100 bp);0为阴性对照即没加模
图1 PCR扩增结果(A为lovE,B为mkH)(略)
Figure 1 Electrophoresis of PCR products on 1% agarose gel(A for lovE and B for mkH)
3.2 菌落PCR验证结果
见图2,对lovE和mkH扩增得到了与预期大小一致的产物,约为1 500 bp。
A图中M为DNA marker 100 bp ladder(从上至下分别是1 500 bp,1 000 bp,900 bp,800 bp,700 bp,600 bp,500 bp,400 bp,300 bp,200 bp,100 bp);B图中M为DNA Marker DL2000(从上至下分别是2 000 bp,1 000 bp,750 bp,500 bp,250 bp,100 bp);0为阴性对照即没加模板DNA;A图中1-9是lovE的菌落PCR扩增结果;B图中1-6是mkH的菌落PCR扩增结果
图2 菌落PCR结果(A为lovE,B为mkH)(略)
Figure 2 Electrophoresis of colony PCR products on 1% agarose gel(A for lovE and B for mkH)