（二）项目牵头单位应当在基层组织单位的协调指导下，联合合作单位共同编制项目支出预算，在预算中分别列示各单位承担的主要任务、经费预算等，并申明现有组织实施条件和资源。
（三）专项经费的支出预算应当单独列示。
第十三条 基层组织单位在对项目实施方案进行可行性论证时，对项目预算进行审核。经可行性论证的项目实施方案和经审核的项目预算由基层组织单位按程序报送省级组织单位。
第十四条 省级组织单位对基层组织单位上报的项目实施方案进行评审论证的同时，应当对项目预算进行评议，按有关要求向科技部、财政部报送项目实施方案和项目预算，并抄送科技惠民计划相关的中央级业务主管部门。
第十五条 科技部商相关中央级业务主管部门委托相关机构对项目预算进行评估或评审，提出预算安排建议。
第十六条 科技部按照预算管理有关规定，将项目预算安排建议报财政部审核批复。财政部审核并向科技部批复项目总预算，并分别抄送省级财政部门、当地专员办和相关中央级业务主管部门，同时分年度下达项目预算。
项目牵头单位是中央单位的，将项目年度预算下达至科技部，并分别抄送省级财政部门、当地专员办和相关中央级业务主管部门。由科技部向项目牵头单位下达预算。 项目牵头单位是地方单位的，将项目年度预算下达至省级财政部门，并分别抄送科技部、相关中央级业务主管部门和当地专员办。省级财政部门根据中央财政下达的专项
资金，结合地方财政投入，统一下达到项目牵头单位同级财政部门。
第十七条 省级组织单位根据预算批复，组织基层组织单位和项目承担单位对本省申报的项目实施方案进行修改，完善项目预算，协调落实其他来源资金，并将修改后的项目实施方案上报科技部备案。项目实施方案和项目预算修改完善时，实施方案不得随意调整，地方财政投入等其他来源资金收入预算一般不得调减。有关预算安排是预算执行和监督检查的重要依据。
第十八条 后补助项目预算的申报和审核按上述规定程序进行，待项目通过验收后一次性支付经费，由项目承担单位统筹安排使用。对于风险程度高、经费投入多的项目，根据情况可先行支付一定比例的启动经费，其余经费待项目验收后予以支付，启动经费应当按照本办法规定的专项经费开支范围使用。国家对经费用途另有规定的按照有关规定执行。
第四章 预算执行
第十九条 专项经费实行项目承担单位法人管理责任制。项目承担单位应当严格按照本办法的规定,制定内部管理办法,建立健全内部控制制度,加强货币资金和实物资产管理，明确专项经费支出的审批权限和流程。
第二十条 项目牵头单位应当按照预算批复，结合修改后的项目实施方案和项目预算，在基层组织单位的协调下及时与合作单位签订任务协议，落实任务分工和预算分解方案。
第二十一条 项目牵头单位应当及时足额向合作单位转拨专项经费，并加强对合作单位的监督和管理。项目承担单位不得层层转拨、变相转拨经费。
第二十二条 项目承担单位应当严格按照国家有关财经制度的规定加强项目经费的财务管理，对不同来源的项目经费分别单独核算。
第二十三条 项目承担单位应当严格按照预算批复和项目实施方案执行预算。专项经费预算一般不予调整,确有必要调整时应当按程序报批:
（一）专项经费总预算调整，项目牵头单位应当按预算申报程序报财政部批准。 （二）专项经费总预算不变，项目承担单位之间以及增加或减少项目承担单位的预算调整，应当由项目牵头单位按预算申报程序报省级组织单位批准。省级组织单位将调整情况汇总报科技部备案。
（三）专项经费总预算不变，专项经费支出结构进行的调整，由项目牵头单位提出申请，报基层组织单位审核备案后执行，省级组织单位在财务检查或财务验收时予以确认。
第二十四条 省级、基层组织单位和项目承担单位及时协调并按进度落实承诺的其他来源资金和实施保障条件，确保项目顺利实施。
第二十五条 基层组织单位每年组织项目牵头单位按时编制项目年度预算执行情况报告，并及时报送省级组织单位。预算执行情况报告应当包括项目年度总体实施情况、预算来源及到位情况、预算支出情况、预算执行效果、影响预算执行的重大事项变更、
存在的问题和建议等。
专项经费下达之日起至年度终了不满三个月的,当年可不编报年度预算执行情况报告,其经费使用情况在下一年度的年度预算执行情况报告中编制反映。
省级组织单位每年向财政部、科技部报送项目年度预算执行情况汇总报告，并抄送相关中央级业务主管部门。
第二十六条 未完项目年度结存经费，按规定结转下一年度继续使用。项目因故终止,项目承担单位应当及时清理账目与资产,编制财务报告及资产清单,逐级审核后报送省级组织单位。省级组织单位组织进行清查，结余经费（含处理已购物资、材料及仪器设备的变价收入）收回原渠道,按照财政拨款结转和结余资金管理的有关规定执行，并将有关情况报财政部备案。
第二十七条 专项经费的支付，按照财政国库管理制度的有关规定执行。专项经费使用中涉及政府采购的，应当按照政府采购有关规定执行。
第二十八条 事业单位使用专项经费形成的固定资产属于国有资产，一般由项目承担单位进行使用和管理，国家有权进行调配。企业使用专项经费形成的固定资产，按照《企业财务通则》等相关规章制度执行。
第五章 财务验收与考核评价
第二十九条 省级和基层组织单位应当建立监督检查制度，加强项目经费的管理和
监督，保证项目经费使用的规范性、安全性和有效性。对于发现的重大问题应当及时上报财政部、科技部。
第三十条科技部、财政部会同相关中央级业务主管部门对项目预算执行情况进行监督检查，重点检查专项经费支出的合法性、合规性和合理性，以及地方财政投入等其他来源资金的落实情况等。
第三十一条 项目完成后，基层组织单位应当组织项目牵头单位在项目结束后一个月内向省级组织单位提出财务验收申请。财务验收是项目验收的前提。省级组织单位负责组织对项目进行财务审计与财务验收，财务审计是财务验收的重要依据。 第三十二条 存在下列行为之一的，不得通过财务验收： (一) 编报虚假预算，套取国家财政资金； (二) 未对项目经费分别进行单独核算； (三) 截留、挤占、挪用专项经费； (四) 违反规定转拨、转移专项经费； (五) 提供虚假财务会计资料； (六) 未按规定执行和调整预算； (七) 虚假承诺、其他来源资金不到位；