为贯彻落实全国农村环保工作电视电话会议精神，按照《国务院办公厅转发环境保护部等部门关于实行“以奖促治”加快解决突出的农村环境问题实施方案的通知》（国办发[2009]11号）要求，制定《中央农村环保专项资金环境综合整治项目申报指南（试行）》（以下简称《指南》），以指导各地加快解决突出的农村环境问题，推进社会主义新农村建设。
一、支持原则
（一）中央引导、地方推动。中央农村环保专项资金（以下简称“专项资金”）环境综合整治项目投入以地方政府为主，中央财政资金重在引导，吸引社会资金参与，鼓励农民投工投劳。
（二）统筹规划、突出重点。各地应在农村环境综合整治规划范围内，按照轻重缓急，统筹安排项目，逐年申请，分阶段实施。专项资金优先支持位于水污染防治重点流域、区域，以及国家扶贫开发工作重点县范围内，群众反映强烈、环境问题突出的村庄。
（三）因地制宜、分类指导。各地应结合实际，按照自然生态环境条件和经济发展水平，选取农村环保适用技术，保障农村环境综合整治取得预期成果。
为体现规模效应和示范效应,充分发挥专项资金的引导作用，农村环境综合整治项目鼓励存在同一类环境污染问题的连片村庄进行综合治理，鼓励建设多个村庄同时受益的集中环境污染治理设施，鼓励借助城市、城镇公共环保设施提高环境综合整治效果。
二、支持内容
农村环境综合整治项目主要支持内容：