内部审计在企业中的地位不准确
市场经济条件下的企业内部审计没有超然独立的地位，况且即使具有超脱地位，内审部门在开展工作过程中，除涉及重大经济案件和某些个人的问题需直接报告主要负责人外，对企业管理中存在的处理技术和方法上的失误及错误，完全应该首先听取有关人员的意见，由有关人员自己纠正。若互不通气，直接报告主要领导，既不利于及时纠正错误，也不利于协调工作关系，更不利于提高整个企业的办事效率和运作水平。
（三）内部审计的独立性差
内部审计机构是单位内部设置机构，在本单位负责人的领导下开展工作，为本单位实现经营目标服务。 鉴于此，企业的内部审计很难站在客观、公允的立场上对企业的财务状况做出客观、公正、合理合法的评价。
（四）内部审计的方法模式滞后
由于我国内部审计主要仍以财务收支审计为主，主要审计目的是“查错防弊”，因而审计方法和技术也主要以手工查账为主。 很少运用统计抽样方法。在风险评估审计、内控制度评审、计算机审计、内部审计实务中此法运用得更少。审计方法和技术手段的落后，必然制约内部审计职能和作用的发挥。
（五）内部审计人员素质不高
随着市场经济的建立和发展，企业投资呈现多元化，在计划经济时期少有的企业购并、分设、企业间的债务重组、非货币性交易等行为