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论著
基因芯片技术在呼吸道病毒检测中的应用
黄岩山,陈 峰,周林福
(浙江大学医学院附属第一医院传染病研究所,浙江杭州 310003)
[摘 要] 目的 建立一种直接检测呼吸道病毒及其相关亚型的方法。方法 通过合成一系列呼吸道病毒相关
序列的寡核苷酸序列,构建检测芯片。对待检样品进行随机逆转录和扩增,荧光标记,杂交,扫描分析。结果 广谱地鉴定出流感病毒的相关亚型。结论 此方法可以正确检测到细胞培养所获得的甲1型和乙型流感病毒。
[关 键 词] 基因芯片;呼吸道病毒;实验室技术和方法
[中图分类号] R446.5 [文献标识码] A [文章编号] 1671-9638(2005)04-0298-04
TheapplicationofDNAmicroarrayindetectingrespiratoryvirus
HUANGYan2shan,CHENFeng,ZHOULin2fu(TheFirstAffiliatedHospital,ZhejiangSchoolofMedicine,Hangzhou310003,China)
[Abstract] Objective Todevelopamethodtodetectresdirectly.Methods AseriesofrespiratoryvirusassociatedtheDNAmicroarray.Influenzavirussampleinculturedcellswastreatedamplification,fluorescentdyelabelling,hybridizationandscanning.Rvirusdetectedcorrectly.Conclusion InfluenzaA1andBinthecellculturecanbemicroarray.
[Keywords]virus;laboratorytechniqueandmethod
[ChinJInfectControl,2005,4(4):298-300,304]
急性呼吸道感染是世界范围的常见病、多发病,
其主要原因是由流感和其他各种呼吸道病毒引起,常见的是流感病毒(甲、乙、丙各型)、鼻病毒、腺病毒、冠状病毒、合胞病毒等。其临床表现相似,如鼻炎,流涕,鼻塞,咳嗽,轻度咽炎,全身发热等症状。由于可能的病原种类很多,而病毒的分离培养不仅周期长,技术上也比较困难,用免疫学检测方法也很难快速确定病原体,因此其病原检测一直存在困难。
近十几年来,分子生物学方法,特别是基于聚合酶链反应(PCR)技术的检测方法在病毒检测领域得到迅猛发展,成为病毒检测的一项革命性技术。PCR技术检测方法不仅速度快,灵敏度高,而且有
相比,基因芯片技术最大的特色在于其高通量检测,这是目前所有病毒检测技术都未曾解决的。利用基因芯片技术,完全有可能通过一次检测获得所有病毒信息,甚至包括以前未曾发现的新病毒或新变异株[3]。加州大学的研究者们已在这方面做了成功尝试[3]。我们采用相似的方法,构建了一个包含呼吸道病毒相关序列的芯片,并对其在流感病毒检测应用方面进行了初步尝试,现报道如下。1 材料与方法
1.1 探针序列设计和合成 根据文献[3]合成序列
时可以同时检测数种病毒[1]。然而,这些技术都还
存在一些无法弥补的缺陷。近几年来,基因芯片技术用于临床研究日趋增多,特别是用于诊断一些微生物病原体的感染[2]。与传统的分子生物学技术
[收稿日期] 2005-08-20[基金项目] 浙江省科委基金资助项目(991110010)[作者简介] 黄岩山(1971-),男(汉族),浙江省杭州市人,博
士,主要从事分子生物学研究。
并作适当优化,长度均为60mer,见表1。合成时对3’端进行C6臂氨基修饰(上海生物工程公司)。1.2 芯片构建 寡核苷酸探针用3×SSC溶解到50μmol/L,用PixSys5500PAWorkstation(Carte2sian)点样仪点到醛基化玻片(上海百傲生产)上,直径为50μm,排列见表2(最左边及最上一排为荧光定位点)。制备完毕后用0.1%SDS洗,水洗,晾干待用。