坚持以孔孟之道去禁锢人民的头脑。当时的北京大学官僚积习很深，校政及其腐败。为改变这种局面，蔡元培号召学生们要去研究高深学问，才用思想自由原则，让新文化、新思想得以在北大充分发展。
②蔡元培改革北大主要体现在四个方面:a.抱定宗旨，改变校风;b.贯彻“思想自由、兼容并包”的原则;C.教授治校，民主管理;d.学科与教学体制改革。
③影响:北京大学的改革不仅改变了面貌，也是我国高等教育近代化发展中的一个里程碑。这场改革的灵魂是“思想自由、兼容并包”。兼容并包不仅包容不同的学术和学说流派、不同的人物和主张，也在男生之外，包容女生，在正式生外，包容旁听生。也并非不偏不倚，而是有所抑扬。封建思想文化本己根深蒂固，所包容的主要是资产阶级乃至无产阶级的新思想、新文化、新人物，北大也因此成为新文化运动和马克思主义的传播中心、五四运动的策源地，其影响远远超越教育领域。
（3）二者的比较。
①大学的性质
新大学的办学理念中，洪堡强调，新大学的本质是客观的学问与主观的修养相结合。蔡元培认为大学应当成为研究高深学问的学府，强调大学的性质在十研究高深的学问。
②大学的职能
洪堡强调，在新型大学中必须将教学和学科研究相结合统一，认为大学的根本职能在于追求真理。蔡元培也认为大学的职能不能只是从事教学，还必须开展科学研究。与洪堡主张相似，蔡元培也主张大学必须有各种科学的研究所。
③办学理念
洪堡认为大学应该保持孤独和自由的原则，脱离世俗和功利主义，而且国家不应该指望大学同政府的眼前利益直接联系起来。蔡元培则提出了学术自由，兼容并包的办学原则。他认为大学应该广泛吸收各种人才，包含不同学派。同时，他提出了教育独立思想，指出教育应该脱离政党、宗教而独立出来。
④学科设置
洪堡希望通过哲学这门包罗万象的古老学科来统摄一切学问。1809年创建的柏林大学由哲学、法学、医学和神学四个学部组成，各学部的地位平等。蔡元培的大学学科设置思想，有一个变化发展过程。经历了从偏重文理到沟通文理，再到废科设系的过程。
⑤教学制度
洪堡强调的学术自由使得柏林大学的学生、老师都有选择课程和方法的自由，有探索真理的自由。蔡元培主张的选科制，有利于打破学生狭隘的专业视角，从而扩大学生的知识面。
⑥行政管理
在洪堡的指导下，柏林大学实行教授治校，给教师以充分的自由，体现在行政管理上，即是采用教授会制。同时，教授治校也是蔡元培关于大学的行政管理的基本思想。他主张教授治校，是为了防止校长主观专断、任意办事，以建立民主的管理体制。