1996年美国开始把口腔手术显微镜应用于根管治疗，1998年1月美国牙医学会规定所有的ADA认可的牙髓学课程必须有口腔显微镜在牙髓治疗方面的内容。
口腔显微镜的实用价值在国际口腔领域中开始得到承认。医生们逐渐认识到在根管治疗的各环节都应该用显微镜。
根管治疗是治疗牙髓病和根尖周病首先的方法。由于牙根埋在牙槽骨内，肉眼无法看见，且根管系统很复杂，有的根管细如发丝，治疗前需要拍X光片确定根管的位置和大概走向。
即便如此，牙科医生在进行根管治疗时仍需要相当的经验，凭借有限的肉眼能力和手感去探查根管。当遇到复杂根管，如钙化、细小的根管或根管内有充填物不能扩通，器械折断在根管内等情况时，医生们往往束手无策，这样的牙齿或姑且保留或拔除。
现在借助显微镜打破了光凭手感的局限，可以直视到很多以前看不到的，可以看清根管内的细微结构，增加疑难牙齿治疗的成功率。对于钙化不通根管，用显微镜可以分清钙化物和牙本质，用超声一点一点去除钙化物，根据镜下组织颜色变化和X光片确定根管走向，大多数情况下可以扩通根管，完成治疗。
对于常规治疗很难处理的根管侧穿，在显微镜下可以找到准确穿孔位置，结合MTA等材料，进行修复。器械折断是根管治疗医生最怕出现而又很常见的情况；常规治疗很难把折断的器械取出，常常导致治疗无法完成，甚至只能拔除患牙；应用显微镜，结合超声或取断针