另需指出，在直接进入模式下，商业银行的投入成本较高，因此“退出壁垒”也很高。如果商业银行因经营不善而发生清算或呗并购，损失较为严重；而在间接进入模式下，商业银行的风险还取决于与其有合作关系的金融组织，如果对方的的经营管理水平很高那么商业银行面临的风险较小、反之则反是。
3、不同进入模式存在的弊端。
直接进入模式下，无论是新设投资公司、并购、全资子公司、发起设立并参股农村金融机构，商业银行都不可避免地参与到新组织的经营管理中，因此，这些新组织会在一定程度上与进入主体存在趋同性。当然，问题也随之而来；商业银行的逐利本质决定其具有垒大户的倾向，即将目光投向农村的生产养殖大户、农村企业中的龙头企业，而小农户、农村小企业则很可能面临信贷配给。新的组织液容易产生定位偏差，。例如，新组织作为善业银行的分支机构、子公司很可能成为农村资金流向城市的虹吸管，甚至有少数新型农村金融机构还将信贷资金投向工商企业，而并非服务于“三农”
间接进入模式下，如果商业银行合作金融组织管理水平落后，那么商业银行则可能存在一定的信贷风险。另外，由于该模式在我国时间的时间不长，缺少相关法规、政策的支持，商业银行业缺少相应实践经验。
三、商业银行进入农村金融市场的四种动因
从交易成本理论的观点来看，商业银行选择进入农村金融市场的基本前提是进入后的预期收益高于其付出的成本。那么，那些因素能提高银行收益或降低成本，从而推动商业银行进入农村金融市场？本文将这些因素归结为四方面，即政府政策的推动、农村金融市场的巨大发展潜力、商业银行信贷技术提升与产品创新以及善业银行的战略性进入决策。
（一）、政府政策的驱动
农业是弱质产业，且农业经济的货币化程度不高，因此单纯凭借市场力量扩大农业金融市场规模并不现实，需要借助政府的“有形之手”予以适当扶持。
在建设社会主义新农村背景下，我国政府相继出台了各种优惠政策以推进农村金融市场改革，自2004年以来，连续六个中央一号文件均提出要改善农村金融服务。2005年初，我国着手推行小额贷款公司试点工作，重点面向农户和微型企业提供小额信贷服务。2005年8月，国务院印发《邮政体制改革方案》，提出成立邮政储蓄银行，增加农村金融供给。
此外，农村金融市场上蕴含的非正规金融资金规模较大，政府推动商业银行的市场进入也可以适当收编这些资金，有助于这些资金逐步走出灰色地带并步入正规化。