我军马钱粮，我一个人就足以守住这个地方。”朝廷官员更加称赞他的才能，就越级提升为佥事，监督关内外的军队，调发官库金钱二十万，让他招募士兵。当时关外地区全被哈剌慎诸部落所占据，崇焕就驻守在关内。
十三山有难民十余万，长久遭围困不能出来。大学士孙承宗巡视边防，崇焕请求：“带领五千人驻扎宁远，以此壮大十三山的声势，另外派骁勇的将领去援救。宁远离山二百里，方便就进兵占据锦州，否则就退守宁远，为什么不把十万人放在心上。”承宗与总督王象乾商议。象乾认为关上的军队正丧失士气，建议调动插汉部保护关口的三千人前往。承宗认为是对的，告诉在晋。在晋竟然不能援救，众人于是被消灭，逃脱归来的仅六千人而已。等到承宗驳回修筑城墙的建议，召集将吏商量驻守的地方。阎鸣泰主张守觉华，崇焕主张守宁远，在晋及张应吾、邢慎言持反对的意见，承宗最终主张采用崇焕的建议。不久，承宗镇守关门，更加倚重崇焕。崇焕对内安抚军民，对外整顿边防守备，功绩卓著。崇焕曾查核到虚报名额的队伍，立刻斩杀一个校官。承宗发怒说：“监军可以擅自杀人吗?”崇焕叩头认罪，他敢于执法就像这样。
不久因五防论功，晋升兵备副使，再进升右参政。
崇焕起初议和，朝中不知道，等到上奏报告，皇上下优旨表示准许，后来认为不是办法，频频降旨劝阻禁止。崇焕想藉议和兴复原来的疆域，坚持更为有力。而朝鲜及文龙遭大清兵进攻，谏议官因此说是和议所招致的。
没有多久，熹宗崩。庄烈帝即位，忠贤被处死，削夺诸冒功者的官职。朝廷大臣争着请求召回崇焕，那一年十一月提升为右都衔史，管理兵部因需缺而预补的左侍郎的事务。崇祯元年四月任命以兵部尚书兼右副都御史，督率蓟辽的部队、兼督察登、莱、天津的军务，有关部门催促他上路。
崇焕一开始接受任命，就要诛杀毛文龙。
崇焕虽然诛杀了文龙，顾虑他的部下作乱，增加饷银到十八万。然而岛上的军人失去主帅，人心逐渐背离，更加不可使用，此后导致有叛变离去的。
文龙既已死去，才过了三个月，我大清兵数十万人分路进入龙井关、大安口。崇焕听说，立即督率大寿、可刚等入关守卫。当时所进入的关口是蓟辽总理刘策所管辖，而崇焕刚听到变故就奔赴千里救援，自认为有功无罪。然而京城的人突然遭到敌人进攻，埋怨诽谤纷纭而起，说崇焕纵容敌人拥兵自重。朝中人士因为以前崇焕提过通和的建议，诬蔑他勾引敌人胁迫议和，