谁作为农村集体土地产权的代表并未界定清楚，产权主体被虚化了。这就导致征地谈判的主体都难以明确，处于混乱状态。
其次，农民集体土地产权内容不完整。从法理上讲，所有权包含所有人依法对自己财产享有的占有、使用、收益和处分这四项完整的权能。而我国的农民集体土地只能作为农地用，若要转为工商业用地，必须首先卖给国家。可见，我国集体土地的产权中最具要害意义的处分权集体不能行使。因而在土地征收过程中，集体土地所有权也就无法完整的体现，农民集体土地使用权只能按农地价格补偿。而且，即使是农地的使用权，很多事情集体也不能做主，比如农民土地承包权的年限不是由集体来决定，而是由中央决议来规定。
最后，集体土地产权与国有土地产权地位不平等。我国土地分为国家和集体两级所有两种形式。从理论上讲，所有权与所有权之间应当是平等的，没有高低贵贱之分。但是，现行法律对国家所有的土地和集体所有的土地实际上却作了不平等的区分。如，《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四条规定：“依照本条例的规定取得土地使用权的土地使用者，其使用权在使用年限内可以转让、出租、抵押或者用于其他经济活动，合法权益受国家法律保护。”而《土地管理法》第六十三条规定：“农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。”可见，国有土地的使用权基本上可以自由转让，而集体土地使用权流转的条件非常严格。
2.地方政府的财政压力和政绩要求。上世纪80年代“放权让利”的改革造成了90年代初中央政府的财政困难和调控能力下降。表现为中央财政收入占国民收入和中央财政占全国财政两个比例下降的问题。据统计，1992年全国财政收入占国民生产总值的16％左右，中央财政收入占整个财政收入的38％左右，这种状况使国家财政疲于应付“吃饭”问题，无力进行宏观调节。
为克服财政危机，加强中央财政的汲取能力，1994年国家开始实行分税制改革。但这一税制重新调整了收入权而没有调整支出任务，换句话说，地方政府财政收入减少但是支出并没有减少。由于中央财政对地方返还需要一定时间，这样地方政府的日常开支势必遇到一些困难。同时，新的政策性增支因素也给地方财政带来一些困难，地方财政支出呈刚性增长，并且还要继续背着多年的赤字、挂账、补贴等包袱。在这种情况下，地方官员一方面要维持地方上正常的运转，另一方面，为做出政绩来，要上马各种政绩工程，地方政府财政形势极为严峻。由于土地的收益巨大和从土地中获取财力的方便，地方政府逐渐把发展的依托建立在土地上。地方政府从农民手里用很低的价格把地征收过来，又以很高的价格卖给房地产商。这一买一卖之间的价格就成了中国的地方财政税收的支柱。像房地产业不太发达的西安，其来自土地的收入占其财政收入的40％多，而北京、上海这些发达城市则达到60％以上。
3.地方官员、开发商和村干部的利益驱动。据全国政协委员、清华大学教授蔡继明分析，目前被征用土地收益分配格局大致是：地方政府占20％～30％，企业占40％～50％，村级组织占25％～30％，农民仅占5％～10％。从这个统计数据可以明显地看出，地方政府、企业和村级组织占据了土地收益的绝大部分，而为数众多的农民只得到了一个微不足道的份额。地方政府之所以热衷于征地，不仅仅是因为财政、政绩上的压力，还有政府官员自身的利益追求。近年来被查处的腐败官员，几乎都与土地开发中的腐败有关，如陈良宇、成克杰、胡长清、慕绥新、马向东、于飞等等。其中最典型的莫过于广东省原副省长于飞，他利用职权为其女儿在香港注册的皮包公司批地3500亩，一转手便狂赚2800万元。国土资源部提供的数据显示，从2000年到2006年，全国因为土地违法违规受到党纪政纪处分的是8698人，另外，有1221人被追究刑事责任。据房地产业内人士
透露，仅仅用于批地一项的贿赂成本就高达地价的30％左右，这点在房地产业内早已不是什么秘密。
据房地产业内人士分析，全世界房地产业的利润一般都在5％左右，而中国房地产业的平均利润率则在15％以上，是公认的暴利行业。2007年《福布斯》中国富豪榜400强榜单，可谓是“房地产老板名录”。其中前10名中国富豪中有5名主业涉及房地产，占比为50％；前百名中国富豪中有39位在从事房地产行业，占比近40％。而房地产暴利的最重要来源就是土地的差价。
在国家行政体系中让人毫不起眼的村干部，因为是农地集体所有权的代表，也在征地活动中发了大财。可以毫不夸张地说，农村最大的腐败来自征地，一些村干部最快的致富手段莫过于侵吞征地款。比如，陕西省岚皋县堰溪村原村支书王显正隐瞒收入不入账，先后将转让土地款19万元据为己有。吉林省桦甸市大城子村四位村干部，在一年多的时间里，合谋贪污土地补偿款共计450多万元。沈阳市东陵区前进乡望花村村委会原主任徐宝文，非法转让国有土地，骗取国家土地出让金，贪污金额竟达3000余万元。在不少地方，腐败村官富得流油，集体却一贫如洗。
4.农民的弱势地位。魏特夫对中国社会阶级的划分具有十分深刻的洞见，他在《东方专制主义——对于极权力量的比较研究》一书中指出，在中国，阶级的划分并不是像西方国家那样以财产的多少为主要根据，而是以人们同国家机构的关系来确定。中国的农民与权力的关系最远，这就基本上决定了他们处于中国社会的最底层，也是权利最无保障的阶层。今天的中国，由于计划经济时期形成的户籍制度，更是使得农民在教育、医疗、就业、社会保障等各方面都受到制度性的歧视，成为相对于城市居民的二等公民。而由于许多基本的权益时刻都在受到
侵害，也使很多农民自我感觉也是低人一等，在征地过程中，只能接受政府所给的很低的补偿，绝不敢奢望能够得到更多的东西。
问题并不仅仅如此。在民国时期，中国的非政府组织还是非常发达的，全国各地都有农会，农民可以通过农会来保障自己的权利。但是今天的中国，除了党和政府这个一体化的政权组织之外，并不允许有任何非政府的政治组织存在，农民就更谈不上有自己的组织了。也有人说村集体是代表农民利益的政治组织，但是只要对中国国情稍有了解的人就会知道，村民委员会其实是一级政府组织，一句“别把村长不当干部”的流行语就深刻地说明了这一点。因此，村级组织不可能是农民利益的代表者和捍卫者，更多的情况下他们是政府征地的先遣队，同时也是利益分配的既得者。从传统上说，中国的农民也习惯于被组织，非常缺乏自我组织的能力。在征地过程中，单个的、原子化的农民家庭面对庞大的国家机器，其后果是可想而知的。因此，绝大多数农民在面对政府的强制征地时，其选择不是团结起来进行抵抗，而是找关系、托门路，希望能够在国家政策允许范围内获得最大利益。农民缺乏可依托的组织资源，这是造成农民在征地过程中利益受侵害的重要原因。
在具体的征地谈判过程中，由于征地操作极不透明，农民也处于十分被动的地位。从政务公开的角度讲，政府征地的原因、为征地拨款多少、征地款项的使用分配、每家每户所得的征地赔偿等围绕征地各环节的情况都应当向村民公开，接受村民的参与和监督。但是大多数情况下，村民都毫不知情，甚至连每家每户的补偿情况都成为机密，而不向村民公开。由于没有透明度，造成其中欺诈舞弊盛行，农民受损严重。另一方面，即使有利于农民的各种政策，农民也不清楚，而政府干部也故意隐瞒这方面的信息，以求尽量压缩农民的利益。此外，当村民对补偿有争议时，居然规定由市、县人民政府来协调。政府本来就是征地的主体，
也是由政府做出的征地补偿方案，再让它去协调，怎能做到客观公正。至少也应当规定由法院来协调。当然如果司法不能独立，其实也没有多大意义。
四、中国农村征地制度改革的方向
当前，对于中国征地制度改革的探讨非常热烈，都是希望能够更好地维护农民的土地权益，解决因为征地而引发的农民大规模上访和各种各样的群体性事件。但是其中一个无法回避的问题，就是农村的土地产权制度必须进行改革。因为很简单，如果你说土地是集体的，但在现行政治体制下，作为集体的代表村官则无法抵制上级政府的征地要求，只能和地方政府、开发商勾结在一起，盘剥村民，从中渔利。所以，征地制度改革必然要牵动中国农村的土地产权制度改革，同时也必须进行相应的政治体制改革。
关于中国农村土地产权制度的改革的讨论，在十七届三中全会召开之前，曾经达到白热化的程度。各种各样的理论观点大致可以分为三类：第一类是以海外已故华人学者杨小凯以及国内的自由主义学者为代表的农村土地私有化的呼吁，认为应当给予农民对于土地完全的产权。征地要按照市场价格来进行，给予农民完全的补偿；第二类则主张要坚持土地集体所有，并在此基础上完善。这些人有较多的农村实际工作经验，比如有的曾在乡镇做过党委书记，有的曾深入农村调研。他们认为尽管目前土地征用存在一些问题，但是由于中国人多地少的特殊国情，以及土地所实际承担的养老和社会保障职能，私有化是绝不可行的。目前的农村土地制度还是很好的，需要的只是强化村集体的土地所有权和做好村民自治；而其他大多数学者的观点要折中一些，普遍认为土地私有化的主张虽然不错，但是在目前的环境下推行，确实会面临许多尖锐复杂的问题，不具有可行性，可以绕开这个问题，给予农民充分的永久的土地承包权，实行永包制，而其实际效果可能还好于土地私有化。这是第三类观点。