VASP-POTCAR - 图文(10)

2019-09-02 14:29

应该不是的,因为我是在大的集群上跑,100多个核,内存随便够了,奇怪的是跑大的体系都可以,就是那个例子不行。我又另外找了一个服务器,也是同样的结果。

但是我下载了windows版的vasp,用我的本子却可以随便跑这个例子,太奇怪了! 不知道什么原因呀!

另外,想请教一下体系原子的自旋分布在那里可以看到呀,我找了好久也没有找到!

\

这个错误好像是堆栈错误,不太明白什么原因,在跑的时候可以加上一个ulimit -s unlimted试试

你所说的加参数在哪里加哪?能不能稍微介绍详细一点?

在vasp运行的前面加上一条命令,运行完上面那一条在运行vasp的执行

实例24

可视化VASP的分子轨道

VASP可以把波函数分解成中心在各个原子的原子轨道(在INCAR中使用LORBIT=12),于是我们就能得到近似的分子轨道。轨道系数保存在PROCAR文件中。于是我就有了一个想法:能否PROCAR文件转化成Molekel能读的文件格式,这样我们就能可视化VASP投影出的分子轨道了!

通过初步尝试,发现这完全可行。步骤是:

1. 从OUTCAR中读入各个原子的位置坐标。

2. 从PROCAR中读入各个原子轨道的系数。由于VASP用的是赝势,所以只有价轨道(1个s,3个p和5个d轨道)。

3. 随便取Gaussian中用的赝势基组,比如LANL2MB。将组成各个原子的价轨道的基函数系数(可以通过使用Gaussian关键词 iop(6/7=3) gfoldprint pop=full 得到)作为待可视化的输入文件(*.g03)中。

需要注意的是,5D轨道(D0,D+1,D-1,D+2和D-2)与VASP输出的dz2,dxy,dyz,dzx和dx2之间不是一一对应的,需要做一下线性组合。

4. 输出包含(1)原子位置坐标,(2)基组信息,(3)轨道系数的*.g03文件。这个文件就可以直接被Molekel读取,并可视化分子轨道。

以上步骤全部都可以通过编程自动完成。

附图是我用Molekel画的VASP计算得到的分子轨道: 1. 苯分子的两个HOMO

2. 吸附在金属表面的分子与金属的一条成键轨道。

实例25

VASP计算是怎么交代计算细节的?

文献中交代DFT计算细节的地方我看不清层次。

这个,呃,我不清楚。希望有人可以帮忙梳理一下。

vasp用超软势(UPP)和投影缀加波(PAW);MS的castep用范式守恒和超软势。

这些概念可能存在层次上的差异。

第一层次:

说用DFT,以及是LDA还是GGA

第二层次:

交代交换关联泛函

第三层次:

交代所用的赝势

第四层次:

交代波函数展开方法以及截断能

第五层次:

EDIFF,EDIFFG,ISMEAR,SIGMA

———————————————————————————————————————

问题:

(1)文献中说交换关联泛函时,就说是LDA还是GGA,这个就交代清楚泛函了吗? (2)赝势用在哪里?用在解K-S方程时表示离子对价层电子的外部电场?

(3)VASP计算中,只有INCAR,POSCAR,POTCAR和KPOINTS四个文件,一个POTCAR就包含赝势,交换关联泛函,LDA或GGA了吗?那不是只要交代用什么赝势就交代清楚了吗?

实例26

如何设定vasp中交换势

1. 如题,自己不清楚如何在INCAR中设置交换势,比如GGA-PW GGA-PBE LDA ;查了下手册,里面有提到GGA这个关键词,算是知道了GGA的设置,但LDA的相关词条却没有。烦请介绍

2. 附件中是自己的INCAR 文件 和 OUTCAR文件情况。计算中各原属的POTCAR(未给出)用的是GGA-pw,自己想用GGA作为相互关联势。INCAR中未设定交换关联势情况,但OUTCAR中提示是LDA(见附加)。so,是不是自己的INCAR设置有问题?即,应该在INCAR中设定GGA?

3. 对于如何选择交换关联势,是不是把所有的(至少LDA GGA)算一遍,然后与别人结果对比,再确定用哪个,过程是这样的吗?

应该是在INCAR中设置GGA吧,否则使用默认。

默认的是LDA or gga?

你用的是LDA的赝势就用LDA,GGA的赝势就用GGA

实例27

VASP结构优化问题

用VASP优化某一体系,POSCAR来自晶体库,采用PAW_GGA赝势得到POTCAR KPOINTS文件为: Automatic generation 0 M

11 11 11 0.0 0.0 0.0 INCAR文件为:

SYSTEM = opt

#Startparameter for this run: PREC = Accurate ISTART = 0

ICHARG = 2

#Electronic Relaxation EDIFF = 1.0E-6 #Ionic relaxation

EDIFFG = -0.001 IBRION = 2 NSW = 400 ISIF = 3

#Exchange correlation treatment GGA = 91 VOSKOWN = 1

第1次计算后能量和晶格参数为:

energy without entropy= -36.636647

a b c alpha beta gamma 5.11196 5.11196 5.61713 90.0000 90.0000 120.0000 Unit-cell volume = 127.121675

将第1次 优化好的CONTCAR转化为新POSCAR,而INCAR,KPOINTS不变, 再重新计算一次,能量和晶格参数为:

energy without entropy= -36.394710 能量升高,如何处理。

a b c alpha beta gamma 5.11694 5.11694 5.48057 90.0000 90.0000 120.0000 Unit-cell volume = 124.273013

问题(1):它的能量、构型应与上一次相同,应是当前参数设置下的稳定构型, 但所列数据的确不一样?

(2):是INCAR 的问题,优化结果怎样才能重现? 非常感谢。

在贺仪版主的[交流]帖【活动or资源】vasp晶体结构优化

http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=3234667 中学到许多,在此感谢。

我对你的数据有点怀疑,你使用的ISIF = 3,也就是说,晶体的各个轴和以及相应方向,多多少少或变化的,你得到的角度怎么全部还是90呢?你是vasp优化出来的然后转化为cif格式得出的角度吗?

另外,对于vasp优化POSCAR发生变化INCAR里面一些默认的参数会随着改变,你可以看看outcar中的参数中有没有变化的

最后,有变化也是很正常的,只要你保证在同样的环境中算出来的,数据是有可比性的。 问题已解决。体会:对某一体系结构优化时,注意手工设置合适的ENCUT值,最好不用缺省值。


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