许多亚硫酸法糖厂都曾出现过澄清纯度差为负值的问题，除了一些厂是由于清汁很浑浊或蔗糖转化较多之外，纯度差出现负数主要是由于清汁灰分增加幅度过大。
亚硫酸法清汁中残留的、可以分解并蒸馏出来的 SO2 量，通常达到 150～280 mg/l，当澄清不良时更多。 因为中和时加入的 CaO 是与 SO2 相当量的，SO2 未完全沉淀亦必有相应的 CaO 未沉淀 ( CaO:SO2 = 56:64 = 7:8 )，其数量为 170～320 mg/l 。
有一种情况很值得注意。90年代以后，不少亚硫酸法糖厂的清汁用碘液滴定，10ml 清汁消耗的碘液达到4～5ml ，比以前的数值高相当多，即汁中残留的 SO2 更多。对此必须充分重视，深入研究它的原因，采取相应的改进措施 硫熏强度
硫熏强度是影响亚硫酸法澄清效果的最主要因素，并对生产成本有重要影响。 硫熏强度以蔗汁吸收的SO2 量(g/l)表示，习惯上以 10ml 硫熏后的蔗汁用碘液滴定所消耗的碘液 ml(cc)数表示。
随硫熏量增大，亚硫酸的脱色作用增强，生成的亚硫酸钙沉淀量增大和吸附除去较多色素与其它杂质，清汁色泽变浅，清汁含钙量和灰分减低，胶体含量亦有所减少。例如在顺德糖厂进行的多组试验的平均值如下表。
清 汁 硫熏强度 ml 色值 °St 5 ±0.5 10 ±0.5 15 ±0.5
印度Sharma的研究证明， 亚硫酸法在加入SO2 量较多时，对酚类物的除去率较高，清汁色泽较浅。
硫熏强度对生成的沉淀物的形态有很大影响。在硫熏量较低如 0.4～0.6g/l 时，由于亚硫酸形成钙盐沉淀的比率较低，生成的CaSO3 粒子不多。
Davis 的研究发现，当蔗汁硫熏量低于SO2 1g/l 时，加灰加热后生成的凝聚物主要是磷酸钙沉淀，亚硫酸钙不多；他认为蔗汁中的胶体对亚硫酸钙有保护
CaO/Bx 0.53 0.45 0.40 胶体/Bx 3.90 3.85 3.51 灰份/Bx 3.03 2.97 2.63 84 67 65
作用，故虽然此时汁中亚硫酸量为磷酸的两三倍，但亚硫酸钙沉淀不多。在加入SO2 量超过1.5g/l 时，情况有很大不同，此时亚硫酸钙晶体分布较广，晶体与团块紧密连接，沉淀物比较粗大而紧密结实，这就改善了蔗汁的沉降和过滤性。 在硫熏强度较低 (如约 5ml)时，亚硫酸钙的沉淀率相当低，清汁含钙量和灰分较高，清汁纯度降低，容易出现纯度差为负数的现象。当硫熏量超过 1～1.2g/l 时，亚硫酸钙沉淀率较高，清汁纯度一般有明显的上升，纯度差一般都是正数(除非操作管理很差)。
澄清性能不良的蔗汁用高硫熏亦有较好的效果。据福建度峰糖厂的室内试验，霜冻甘蔗的蔗汁用较高的硫熏强度处理时，清汁色值较低、泥汁较紧密结实，过滤阻力系数降低。
现在国内通用的设备，蔗汁硫熏后迅即加灰中和，蔗汁在酸性下经过时间很短，蔗糖很少转化。但如果硫熏后较长时间才加灰（如在某些设备和在室内试验中），强硫熏可能造成较大的转化损失。
在20世纪50年代，广东各糖厂因设备限制，硫熏强度只约 8ml 左右，纯度差不时出现负数。后来改进设备特别是在70年代采用立式硫熏中和管道以后，硫熏强度普遍提高到10～12 ml 以上，相应提高了澄清效果。而对于难处理的蔗汁，提高至15ml亦有作用。
不过，应当同时密切注意清汁中的残留SO2 量，如残留量偏高，应找出原因加以解决。不应该单方面无限制地提高硫熏强度，这不但增大生产成本，还会带来积垢多和灰份高等问题 磷酸的使用
用石灰法澄清时， 蔗汁含P2O5 量需要达到 300mg/l 时才能取得较好的效果。亚硫酸法澄清增加了亚硫酸钙作澄清剂，但实践证明，它并不能取代磷酸钙的作用，一般仍然需要蔗汁含有P2O5 约 300mg/l 才能得到较好的澄清效果。 磷酸钙是絮状的沉淀物，能形成网络结构将各种不同性质的微粒捕集起来而一起沉淀，从而有效地提高了清汁的清度，这种性能是亚硫酸钙不能代替的。实践证明，磷酸和亚硫酸的功能有相近之处，但亦略有不同。亚硫酸多可使沉淀物紧密结实，沉降过滤速度快，磷酸量足够可使沉淀物凝结状态好，沉降形态均匀，清汁清度高。两者都有脱色作用，可以互相补充，但不能以一种完全取代另一种。 据顺德糖厂多次室内试验结果，在中和汁中加入P2O5 50～150 mg/l ，清汁纯度可提高0.2～0.7(比不增加磷酸者)，清汁色值降低10～30%，但泥汁体积有所增大。
蔗汁中的磷酸通常有少量残留在清汁中，正常情况下为 20～50mg/l ，与原有的总磷酸量关系不大。但如澄清技术条件不正常，这个数字会明显增大。 国内不少甘蔗老产区由于少施用磷肥，甘蔗含磷酸量偏低，一些厂混合汁含P2O5 量低于100mg/l 或以下。如果不增加磷酸，沉淀物常难团聚良好，微细的悬浮粒子多，沉降速度慢，甚至有较多微粒不沉淀，造成清汁混浊。磷酸量不足时清汁色泽亦较红。
现在多数亚硫酸法糖厂都加入磷酸使蔗汁含 P2O5 达到约300mg/l，沉淀物结构形态改善，清汁清度提高，色泽变浅。但如果加入磷酸过多，如超过350～400mg/l，有时会使沉淀物变得较疏松，体积增大。
磷酸加入的位置一般在硫熏中和处或混合汁预灰处。在前面加可使磷酸钙提早析出，提高预灰与一次加热的“预净”效果。有一些厂在加磷酸量大时，分别在预灰和中和两处加入。关键问题是要控制均匀稳定。
糖厂过去常使用过磷酸钙，它是由磷灰石加硫酸制成，含有效P2O5 较低，一般为12～16%(有些质量差者低于10%)，相当于纯过磷酸钙 Ca(H2PO4)2 20～26%，其余大部分为硫酸钙，硫酸钙进入蔗汁中就增加清汁灰分，并会在蒸发罐中析出成为积垢，是很有害的。因此，使用过磷酸钙要注意尽量少带入硫酸钙。应当用高温热水开制过磷酸钙溶液（硫酸钙在高温下的溶解度较低），经过沉淀取其上层清液而弃去沉渣。过磷酸钙虽然价格较低，但使用麻烦并有副作用，近年来已很少使用。
使用重过磷酸钙的效果较好，它的主要成份是纯过磷酸钙，水溶性P2O5 含量为36～45%，不含硫酸钙。它易溶于水，使用方便，且杂质少，虽然价格稍高，亦受糖厂欢迎。
近年来很多糖厂使用工业磷酸，它含纯磷酸约85%，折合P2O5 约61.5%。它的杂质更少，使用更方便，使用效果亦好，但价格较高。应当注意，市面上还有一种稀的工业磷酸产品，它的质量较差(含有不少硫酸)，不宜用于糖厂 预加灰与一次加热
这两项处理起着对蔗汁“预净”的作用，使部分非糖分凝结，并抑制细菌的活动和防止蔗糖转化。大量的试验结果都证明，用适当的预灰预热处理，清汁的纯度较高、色值和含钙量较低。
在早期应用预灰时， 曾用pH6.0左右，以为这有利于蔗汁中蛋白质的凝结。但以后证明，加灰至中性时蛋白质和其它胶体物质凝结得更好，而且能进一步减少蔗糖的转化。故现在多数厂控制预灰在pH7.0左右。
广东顺德糖厂在50年代曾研究分两段预灰，冷汁先预灰 pH6.0，加热到65℃后再预灰到不同pH值。发现第二次预灰至强碱性 pH10.5能明显提高澄清效果。如多次室内试验， 一般预灰的澄清纯度差只为0.3～0.5，而二次预灰至强碱性的纯度差平均超过1.0；且清汁色泽较浅(当时硫熏强度只约8ml) 。如果将此碱性的预灰汁10%回流到混合汁中作为一次预灰，效果更好，特别是过滤速度明显改进。曾在生产上进行这些试验，但因当时的设备不配套，未能控制稳定。广东汕头华侨糖厂在1964年也在生产上用两段预灰，第二次预灰pH8.2，硫熏约10ml，沉淀快、清汁悬浮物显着减少，色泽较浅。
蔗汁经预灰预热后，汁中的蛋白质、磷酸及部分其它非糖分凝聚析出，为下一步亚硫酸与石灰反应形成CaSO3 沉淀，并吸附其它非糖分创造了有利条件。由于减少了胶体的保护作用，CaSO3 沉淀反应较完全，清汁含钙量和灰分都较低。加灰至强碱性能使更多的胶体和非糖分凝聚析出，虽然它们有部分在硫熏中和时会复溶解，但亦有一部分不再溶，因而除去非糖分总量较多，清汁纯度有较大提高。强碱预灰后沉淀物体积可能较大，主要是由于沉淀的非糖分较多，在现行硫熏强度较高的情况下，这个问题并不至明显影响沉降与过滤。
对于新鲜而成熟的甘蔗，在澄清过程中应用适当的碱性处理 (pH10～10.5) 可以提高澄清效果。但要注意蔗汁在强碱性下经过时间不可过长(如小于3～5分钟)，温度不过高(如低于70℃)，加灰要稳定，与蔗汁混合均匀，有关的设备要相应搞好。
蔗汁预加灰控制pH值稳定是很重要的，特别是还原糖或酚类物含量较高的蔗汁，局部pH过高可能导致蔗汁颜色的加深(由于还原糖或酚类物的分解和再缩合作用)。
在碳酸法糖厂中普遍采用饱充汁回流，它能明显改善沉淀物的结构，加速糖汁的过滤。在亚硫酸法流程中，上述碱性预灰汁的回流是有益的尝试，也初步显示了效果，值得进一步探索实践。
预热温度方面，蛋白质在60℃以上开始变性凝结，随温度升高而加强。提高温度亦可促进磷酸与钙的反应及其它各种化学作用，对澄清效果是有利的。 不过， 一些试验用较高的预热温度未得好结果，主要原因是温度高时SO2 的吸收比较困难，如果蔗汁用先硫后灰(在室内实验中)，在高温酸性下蔗糖转化快。对于现在通用的生产流程和设备，一般可用60～70℃ 中和pH与清汁pH值
亚硫酸法的中和与清汁pH值是很重要的指标，对澄清效果有很大的影响。 在正常情况下，亚硫酸法清汁pH比中和pH低 0.1～0.2。这主要是由于二次加热和沉淀过程中磷酸钙和亚硫酸钙的进一步反应。不过，如果石灰乳的质量
不好(未乳化的粗粒多)，则清汁pH会高于中和pH。应当以清汁pH作控制的标准，而以中和pH作为操作的依据。
亚硫酸法清汁pH的可变范围并不大，但它的影响还是很明显。首先它影响到亚硫酸的离解、与钙的反应以及清汁残留亚硫酸量和钙量。在广东的多次试验，以同一的硫熏汁加灰至不同的pH，二次加热沉淀后的清汁的 SO2 和 CaO 含量的平均值与pH的关系如下表。 清汁pH 6.5 6.7 420 768 6.9 360 717 7.2 240 701 清汁SO2含量 mg/l 480 清汁CaO含量 mg/l 816
这些数据说明，在清汁pH 较低时，清汁中 SO2 和 CaO 的残留量都较高，即有较多溶解的 Ca(HSO3)2。亚硫酸需在较高pH下才能较完全地离解和形成
CaSO3 沉淀。另一方面，许多种非糖分和钙结合沉淀的作用亦是在碱性下较强，酸性下较弱。因此，亚硫酸法清汁含钙量通常是在微碱性下较低。
广西大学刘慧霞等在90年代在广西进行了多次试验，得到相似的结果。 应当注意，亚硫酸法中清汁pH 对清汁含钙量的影响和石灰法有很大的不同。石灰法的清汁含钙量总是随清汁pH升高而增加的，这种关系在不少制糖书籍和资料中都有介绍，但它们往往没有说明这是石灰法中的情况。以至常常引起误解，以为亚硫酸法也是这样。必须将它们区分清楚，正确掌握它们的规律。 国外的研究有类似的结果。Marches 提供的大量实验数据都说明，当清汁pH低于7.0时，它的含钙量明显增加。
中和pH和清汁 pH 还有一个极重要的影响，即它是决定蔗糖转化和还原糖的Maillard反应速度的最主要因素之一。由于蔗汁要在100℃高温下在沉淀器中停留较长时间(数十分钟或以上)，并随后在更高温度下进行蒸发，时间亦较长，不同 pH 的影响由于高温长时间而变得很明显。如 pH 低于7.0，蔗糖的转化较快；又如 pH 过高，还原糖的分解反应又会较强。这些都是不利的。
通常，在蔗汁中还原糖含量不高的情况下，采用稍高 pH 的澄清效果较好。根据许多实验资料，对于多数成熟甘蔗的新鲜正常的蔗汁，采用微碱性的清汁pH值可使较多的非糖分与钙结合沉淀，澄清效果较好，沉淀物较结实，沉淀与过滤较快，清汁较清亮透明，色泽好，纯度亦较高。广东顺德糖厂从50年代以来，通过大量室内试验后即采用了微碱性的清汁pH，一般为7.1～7.3。广东一些糖厂初期曾采用微酸性的清汁pH，但后来多数逐步改变为微碱性。80年代后广东各大糖厂及多数生产成绩较好的中小糖厂，清汁pH均在7.0以上，对提高澄清效果、提高白糖质量和煮炼收回率都有良好的作用。