东汉时，三公被架空，只有议事功能，没有实际权利，以后尚书台成为东汉时期的决策机构，国家中央权利全部集中在皇帝的宫廷办公厅内，且三公往往因小事而被辞退，三公地位逐步降低。最明显的就是（大）司徒，相当于西汉时期的丞相，再也没有西汉时期当皇帝上宾的好运气。东汉沿西汉旧制，同置九卿。其所职掌，也与西汉略同，只是机构的裁并，属官的精简，有异于前。此外，东汉的九卿，分别隶属于三公。
东汉末年，诸侯割据，董卓、曹操分别掌握过中央政权。董卓曾经以集太师、大将军、相国为一身。其中又以相国为尊，位居三公之上。曹操掌权时，罢去太尉、司徒、司空，又置丞相、御史大夫，曹操自为丞相，至其死。
西晋虽承魏制，但相对于魏国改革汉代官制一样，西晋在中央官制的变动上迈的步子则更大了。虽然都还有三公，也有九卿，也还听得到太傅，太保之类的官名。但西晋已经逐渐继承并发展出了尚书省、中书省及门下省。这就是隋文帝所制三省六部的雏形了。
三省六部是自西汉以后长期发展形成的制度。其中尚书省形成于东汉(时称尚书台)；中书省和门下省形成于三国时，目的在于分割和限制尚书省的权力。在发展过程中，组织形式和权力各有演变，至隋，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。三省指中书省、门下省、尚书省；六部指尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，每部各辖四司，共为二十四司。
隋唐中书省的长官为中书令(隋称内史令)，副长官为中书侍郎(隋称内史侍郎)，主要职官有中书舍人。中书省主要负责秉承皇帝旨意起草诏敕。门下省的长官为侍中(隋称纳言)，副长官为黄门侍郎(后改称门下侍郎)，主要职官有给事中。门下省主要负责纠核朝臣奏章，复审中书诏敕，如认为不当，可以封还和加以驳正，称“封驳”。驳正之权主要由给事中掌握。中书、门下二省都设在宫内，所以又有谏诤之责，设左右谏议大夫、左右补阙、左右拾遗，分属二省(左属门下、右属中书)，以匡正皇帝的过失。尚书省设在宫外，长官为尚书令，实际不任命，由副长官左、右仆射代行职权。仆射之下有左右丞、左右司郎中、员外郎，负责都省职事，总领六部。各部长官称尚书，副为侍郎；各司之长为郎中，副为员外郎，分别负责贯彻各种政令。他们对中央担任具体事务的九寺三监(或五监，见卿监)及地方上的府、州、县官有领导、监督之权。“中书取旨，门下封驳，尚书奉而行之”，是三省分工原则，从而彼此制约，以掌管国家大政。?