信号通路相关文献挖掘与分析方法研究(2)

ｃｏｌｌｅｃｔｔｈｉｓｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｒｅｌａｔｅｄｗｉｔｈｓｉｇｎａｌｐａｔｈｗａｙｔｏｕｎｄｅｒｓｍｎｄｔｈｅｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｓｉｇｎａｌｐａｔｈｗａｙ．

Ｉｎｔｈｉｓｄｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎ，ｓｏｍｅｏｒｉｇｉｎａｌｒｅｓｅａｒｃｈｗｏｒｋｂｙｔｈｅａｕｔｈｏｒ

ａｓＣａｎｂｅｆｏｒｍｕｌａｔｅｄｆｃｌｌｌｏｗ：

１．Ｏｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｓｏｎｅｔｈｅｒｅｓｕｌｔｏｆｓｉｇｎａｌｐａｔｈｗａｙ，ａｎｄｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓ

ｏｎｐｌａｙｐｉｖｏｔｒｏｌｅｓｉｎｔｈｉｓｐｒｏｇｒｅｓｓ．ＡｌｉｔｅｒａｔｕｒｅｍｉｎｉｎｇｍｅｔｈｏｄｂａｓｅｄＢａｙｅｓｉａｎｉｓ

ｆｉｒｓｔｐｒｏｐｏｓｅｄｔｏｒｅｔｒｉｅｖｅａｒｔｉｃｌｅｓｄｅｓｃｒｉｂｉｎｇｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅｓｏｆｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒ．Ｂｙ

ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌｌｙｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇｗｏｒｄｓｔｈａｔｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｅ

ｅａｃｈｎｅｗａｂｓｔｒａｃｔｃａｎｒｅｌｅｖａｎｔａｂｓｔｒａｃｔｓｆｒｏｍｏｔｈｅｒａｂｓｔｒａｃｔｓ，ｓｃｏｒｅｔｈｅｎｂｅａｓｓｉｇｎｅｄａｌｏｇｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄｆｏｒｄｉｓｃｕｓｓｉｎｇｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅｏｆｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓ，Ｗｅｊｕｓｔａｔｔｅｓｔｔｈａｔｔｈｉｓｍｅｔｈｏｄｉｓ

ｏｎｓｉｍｉｌａｒｗｉｔｈｃｌａｓｓｉｃａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｒｅｔｒｉｅｖａｌｍｅｔｈｏｄｗｈｉｃｈｉｓｂａｓｅｄＴＦ／ＩＤＦｔｈｅｏｒｙ．Ｔｈｅｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙｏｆｔｈｉｓ

ｍｅｔｈｏｄｉｓｉｍｐｒｏｖｅｄｇｒｅａｔｌｙｂｙｃｏｍｂｉｎｉｎｇｗｉｔｈｒｅｌａｔｅｄａｒｔｉｃｌｅｓｍｅｔｈｏｄｏｆ

ＴｈｅｒｅｃａｌｌｒａｔｅａｎｄｐｒｅｃｉｓｉｏｎｒａｔｅｏｆＯｕｒｍｅｔｈｏｄ

ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌｋｅｙ－ｗｏｒｄａｒｅＰｕｂＭｅｄ．９１％ａｎｄ４５％，ｗｈｉｃｈｏｕｔｐｅｒｆｏｒｍｓ

ＰｕｂＭｅｄｍｅｔｈｏｄ（ｒｅｃａｌｌａｒａｔｅ＜＝８３％ａｎｄｐｒｅｃｉｓｉｏｎｒａｔｅ＜＝２６％ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅ）．Ａｌｔｈｏｕｇｈｏｕｒｍｅｔｈｏｄｈａｓｌｉｔｔｌｅｌｏｗｅｒｒｅｃａｌｌｒａｔｅｔｈａｎｓｏｌｅｒｅｌａｔｅｄａｒｔｉｃｌｅｓｏｆ

．ｍ－

（ｒｅｃａｌｌｒａｔｅ９３％ａｎｄｐｒｅｃｉｓｉｏｎｒａｔｅ２７％）ｗｉｔｌｌ－２％，ｔｈｅｐｒｅｃｉｓｉｏｎｒａｔｅｉｓｈｉｇｈｗｉｔｈ－１８％ｅｎｈａｎｃｅｄ．Ｗｅ

２．Ｐｒｏｔｅｉｎｆｏｕｎｄａｂｏｕｔ６３．０００ｉｎｔｅｒｅｓｔｅｄａｒｔｉｃｌｅｓｗｉｔｈｔｈｉｓｍｅｔｈｏｄ．ｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｏｌｅｉｎｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｏｆｋｉｎａｓｅｓ（ＰＫｓ）ｐｌａｙ

ｓｉｇｎａｌｐａｔｈｗａｙ．Ｔｈｅｙｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｅｔｈｅｓｕｂｓｔｒａｔｅｓ（ｐｒｏｔｅｉｎｓ）ａｔｔｈｅｓｐｅｃｉｆｉｃｓｉｔｅｓ（ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎｓｉｔｅｓ）ｆｌａｎｋｉｎｇｗｉｔｈｃａｎｏｎｉｃａｌｍｏｔｉｆ．Ｏｎｃｅａｇａｉｎ，Ｗｅｍｉｎｅｄｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ

ＵＳｅｄｅｓｃｒｉｂｉｎｇｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｅｓｉｔｅｓｂｙｕｓｉｎｇｔｈｅＢａｙｅｓｉａｎｍｅｔｈｏｄ．Ｗｅａｌｓｏｂｕｉｌｔａｌｌ

ａｓｓｉｓｔａｎｔｔｏｏｌｔｏａｄｄｃｏｌｏｒｔａｓｉｎｓｅｎｔｅｎｃｅｓｆｏｒｒａｐｉｄ

ｄａｔａａｎｄｄａｔａｉｎｐｒｏｃｅｓｓ．ＷｉｔｈｏｎｔｈｅｓｅａｒｃｈｒｅｓｕｌｔＰｈｏｓｐｈｏ．ＥＬＭ，ＷｅｐｒｏｐｏｓｅｄａｍｅｔｈｏｄｂａｓｅｄＢａｙｅｓｉａｎｄｅｃｉｓｉｏｎｔｈｅｏＩｙ＿ＰＰＳＰｔｏｐｒｅｄｉｃｔｔｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎｓｉｔｅｓｏｆＰＫｓ。Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｒｅｓｕｌｔｓｏｎ～７０ＰＫｇｒｏｕｐｓｓｈｏｗｔｈａｔｉｎｇｅｎｅｒａｌ，ｉｔｏｕｔｐｅｒｆｏｒｍｓｓｔａｔｅｏｆｔｈｅａｒｔｍｅｔｈｏｄｓ：Ｓｃａｎｓｉｔｅ，ＫｉｎａｓｅＰｈｏｓ，ＮｅｔＰｈｏｓＫａｎｄＧＰＳ，ｗｈｉｃｈｓｕｇｇｅｓｔｓｔｈａｔｔｈｉｓｍｅｔｈｏｄｉｓａｎｏｔｈｅｒｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌａｐｐｒｏａｃｈｉｎｔｈｉｓｂｒａｎｃｈｏｆｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｅｓ．Ａｔｔｈｅｓａｍｅｔｉｍｅ，ｔｈｉｓｍｅｔｈｏｄｈａｓｔｈｅａｄｖａｎｔａｇｅｏｆｓｉｍｐｌｅｎｅｓｓ，ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙａｎｄｒｏｂｕｓｔｎｅｓｓ．Ａｗｅｂｓｅｒｖｉｃｅｉｓａｌｓｏａｖａｉｌａｂｌｅｆｏｒｏｎｌｉｎｅｐｅｒｄｉｔｉｏｎａｔ（ｈｔｔｐ：／／ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｅｓ．１ｃｄ－ｕｓｔｃ０ｒｇ／旦鳖）．

３．Ａｎｏｖｅｌｍｅｔｈｏｄｃａｌｌｅｄ“ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎＦａｃｔｏｒ－ＭｅｄｉａｔｅｄＰａｔｈｗａｙＡｎａｌｙｓｉｓ’’ｉｓｐｒｅｓｅｎｔｅｄｔｏｉｎｆｅｒａｂｎｏｒｍａｌｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓａｎｄｐａｔｈｗａｙｓｉｎｃａｎｃｅｒｃｈｉｐｓ．Ｔｈｅａｃｔｉｖｉｔｙｏｆａｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｉｓｉｎｆｅｒｒｅｄｂｙｅｖａｌｕａｔｉｎｇｔｈｅｎｅｔｒｅｓｕｌｔｏｆｐｅｒｃｅｎｔｓｏｆ

ｇｅｎｅｓｉｎａａｃｔｉｖａｔｅｄ（ｏｒｒｅｐｒｅｓｓｅｄ）ｔａｒｇｅｔｃｈｉｐ，ａｎｄｔｈｅｎｔｈｅａｂｎｏｒｍａｌｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ

ｔｈｅｆａｃｔｏｒｉｓｍａｐｐｅｄｔｏｐａｔｈｗａｙｓｄｅｐｏｓｉｔｅｄｉｎＫＥＧＧｔＴｈｉｓａｌｇｏｒｉｔｈｍｉｎｔｅｇｒａｔｅｓ

ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓｏｆｇｅｎｅ—ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎａｎｄ

ｂｒｅａｓｔｐａｔｈｗａｙ．Ｗｅｃａｎｃｅｒｈａｖｅａｎａｌｙｚｅｄｈｕｍａｎｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒ，ＭｉｃｒｏａｒｒａｙｃａｎｃｅｒａｎｄＩＩｄｉｆｆｅｒｅｎｔｔｙｐｅｓｏｆｗｈｉｃｈｓｔｏｒｅｄｉｎＳｔａｎｆｏｒｄ

Ｄａｔａｂａｓｅ（ｓＭＤ）ｉｎ

ｐａｔｈｗａｙａｒｅｔｈｉｓｍｅｔｈｏｄａｎｄｆｏｕｎｄｔｈａｔＴＧＦ－８，ＪＡＫ－ＳＴＡＴ，ＮＦ－？ＢａｎｄＮｏｔｃｈｏｖｅｒ－ａｃｔｉｖａｔｅｄｉｎｍａｎｙｏｆｔｈｅｓｅｃｈｉｐｓ．Ｔｈｅｓｅａｂｎｏｒｍａｌｐａｔｈｗａｙｓｗｉｌｌｂｅｏｆｇｒｅａｔｈｅｌｐｉｎｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇｔｈｅｐｒｏｇｒｅｓｓｏｆｃａｎｃｅｒａｎｄｉｎｒａｔｉｏｎａｌｄｍｇｄｅｓｉｇｎ．