水平离散化(Horizontal discretization (time))：与垂直离散化相似。首先选择选项框中的geologic time[layer based]，然后选择Preprocessor/Events/Automatic，这样就自动在地质时间变化的地方设置水平事件线(horizontal event lines)，共11条。同样，有能耐也可以自己设置和补充(通过Preprocessor->Event->Manual/Equidistant实现人工或等间距设置)。
(2) 生成模拟input data.
当然要模拟(stimulation)就得有数据。操作Preprocessor->Generate Simulator Input会帮你完成这项任务，它的作用就是生成一个模拟需要的数据的集成文件。如下图，输入version名称和Comment(备注一般写时间)就可以了。一个模拟前的准备基本完成了。这样你就可以进行模拟了。具体模拟的实现由Simulator模块完成(进入方式为在PetroMod主菜单中选择Programs->Simulation，详细说明见下)。
实例二：设置边界条件
在这个实例中，将设置边界条件如basal heat flow和sediment-water interface temperature来创建模型。另外也会介绍函数\的用法。
执行步骤： 1.打开工程。从PetroMod 主菜单中选择Input/Input 2D进入。从中选择自己在前面过程中产生的Preprocessor，格式为(model name@global version_preprocessor)，形式见下图。
2.设置基本热流史(basal heat flow history)
热流(Heat flow , HF)、沉积水界面温度(sediment water interface temperature , SWI)、古水深(paleo water depth , PWD)是指示关于时间的参数变化的趋势标志(Trends)。这些趋势可以在PetroMod Input模块中创建和设置。
创建一个Trend(以HF trend为例)：
做法：首先操作Project->Trends (HF, SWI, PWD)即可进入到trend创建和设置界面。然后选择Options->Add Trend->Heatflow输入一个new trend name即可添加一个新的HF trend(热流趋势)。基本界面如下：左边输入数据，右边同时显示相应的趋势图(trend view)。
其中第一列和第二列数据是关于HF trend的，对应着两个参数：geological time和HF value。在默认(default)的情况下value值不变。
改变默认trend的方法有二：① 双击相应表格可以改变其设定值；② 拖动右侧的trend线条到你想要的位置来改变其设定值。只要动其一，另一方就随之改变。
设置好了，点击File/Save保存一下，以防前功尽弃。
沉积水界面温度(sediment water interface temperature , SWI)、古水深(paleo water depth , PWD)的做法与热流(Heat flow , HF)完全相同。
3.设置输出年龄(output ages)
Output ages主要对应着input ages (即event lines in SeisStrat，包括岩性变化、剥蚀年代和无沉积等)。菜单中Output Ages...选项是用来实现output ages 一系列操作的选项。对于发生在一个大的时间间隔中的短期地质事件，例如排烃、运移以及圈闭，这时候就有必要将大的时间间隔人为再分，细化为更小的时间间隔，以便利于表现出事件。
Note:古水深趋势(paleo water depth)变化的时间在Outputages中并没有定义。这是需要你自己自行设置的。步骤如下：
(1)在Input2D的主菜单中选择Study/Output Ages...，进入到了output ages主界面。里面第一列是output ages，其余列是一些特征参数，如Compaction, Temperature, Petroleum Kinetics等，都用YES填充。
(2)在有水深趋势变化或者其他你认为有必要插入时间的地方插入时间。操作跟EXCEL中的插入行操作完全。单击行标号，然后右键选择insert，即可插入一个空白行，这时进行完型填空就行了。一般，时间要按一定的顺序排列，如从古到今，或从今到古。
(3)再次提示：完成后要保存，以防前功尽弃。
实例三：模型校正
模拟结果的好与坏是有测井结果来检验的。同时，测井结果又可以用来约束模拟参数，是模拟更加接近实际情况。关于测井的处理，是在Well Editor模块中进行的。可以通过温度或镜质体反射率来实现建井。
操作Well editor。
Well Editor生成的well数据可以被同一个Project中的其他模块调用。 1.进入Well Editor。通过PetroMod主菜单中的Programs->Well Editor即可进入到Well Manager主界面。
2.建井。选择Well->Position Logs或者单击
打开建井界面。在这里面可以输入井名
(well name)、常用名(common name)、标志色(color)、x-y世界坐标(x world,y world)、世界坐标单位(world coordinate unit)、起始深度(start depth)、总深度(total depth)、深度单位(depth unit,一般为meter，可通过双击对应格进行选择)、井的代表性(Symbol，可以通过双击对应格从list中选择)、代表尺度(Symbol Size,意义尚不明)、UWI(?)
3. 设置校正数据(calibration data)。在Well Manager主界面的右列表框中选择一个需
要进行编辑的井，然后选择Well->Comparison Data或者单击按钮
，进入
Comparison Data window的界面，可分为四个单元(见下图)：
1单元显示比较数据的类型(包括温度(Temperature)和镜质体反射率(Vitrinite Reflectance)等，每个大类型下又有小类型)，2单元显示用户选择的比较数据类型(单击其中的一种类型，3单元就会显示该类型数据的投点图，4单元就会显示其相关数据，你可以在4单元中进行相关数据的编辑)，3单元显示相关数据所成的投点图，4单元显示比较数据的据图数值。
一般情况下只要设置Temperature中的Temperature和Calibration中的Vitrinite Reflectance即可。
Note：Temperature的value Unite是摄氏度(Celsius)，Vitrinite Reflectance的value unite是%Ro。不要不填，也不要错填，否则会出错。可以双击相应格从List中选择。