第四十二条 项目验收管理机关审定竣工验收不合格的项目，及时提出整改意见，由项目承担单位负责整改。各级国土资源管理部门负责项目整改的监督管理工作。整改结束后，按照本细则规定，就整改内容重新进行竣工验收。
第四十三条 项目所在地县级人民政府对验收合格的项目要建立统一的保护标志牌，对开发整理的耕地要及时划入基本农田保护区，严格加以保护，不断提高质量。
项目区保护标志牌正面撰刻项目简介：包括项目名称、申报和批准单位、项目类型、建设规模、新增耕地、投资总额、建设期限（开工竣工时间）、主要工程内容以及项目承担、施工、监理、设计单位等；背面撰刻项目竣工平面图。
第四十四条 项目承担单位按照有关规定，及时收集、整理项目实施过程中的有关文件、资料、图件等；建立、健全项目档案，并在项目竣工验收后，及时向县级国土资源管理部门移交项目档案。 项目资料应分类归档，主要分为：项目入库审批资料、招投标资料、实施管理资料、合同协议资料、监理资料、施工管理资料、权属管理资料、财务档案、验收资料、影像资料和其他资料。
第六章 项目资金管理
第四十五条 项目资金主要来源于收取的新增建设用地土地有偿使费、耕地开垦费、土地出让金等。项目资金衽专款专用，单独核算，不得截留、挪用或挤占。
第四十六条 项目预算应依据《土地开发整理项目资金管理暂行办法》、《土地开发整理项目预算定额标准》等规定进行编制，结合云南省实际对预算中存在的几个问题按下列规定处理： （一） 土地平整工程应依据规划设计文本中的平整方
案、施工方法合理套用定额子目，同面积上表土剥离后回填与土地翻耕不得同时计价。采取区域内部局部平整方案的，应在方案中说明范围及规模，并在规划图上标明局部平整区。
（二）土地开发整理土方工程，设计文本施工方案中明确全部适合使用机械施工的，预算时土方工程量按人工、机械施工1：9比例套用定额子目。因地形、施工等条件受限确需人工配合机械施工或全部使用人工施工的，应在规划设计文本施工方法中和预算书摘要中充分说明量化依据。
（三）主材价格依据造价信息确定，实地询价与造价信息有出入的应由物价部门确认，在预算书编制说明中应有充分的依据。 （四）土地开发整理项目相关税费按云南省现行规定计取。 第四十七条 项目资金的开支范围为组织、实施、管理土地开发整理项目发生的各项支出，包括包括施工费、设备费、其他费用和不可预见费。所发生的各项支出，按《土地开发整理项目预算定额标准》等规定的用途和比例核定使用。
第四十八条 工程施工费，是指实施土地平整、农田水利、田间道路和其他各项工程建设发生的支出，由直接费、间接费、利润和税金组成。
第四十九条 设备费，是指土地开发整理项目所必需的机电设备和金属结构设备的购置及安装所发生的支出，包括设备原价、运杂费、运输保险费、采购及保管费、安装工程费等。
第五十条 其他费用，包括前期工作费、工程监理费、竣工验收费、业主管理费和拆迁补偿费等。
（一） 前期工作费，是指土地开发整理项目在工程施工前所发生的各项支出，包括土地清查费、项目可行性研究费、项目勘测费、项目设计与预算编制费、项目招标费和重大工程规划编制费等。前期工作费按不超过工程施工费的6%计取，其中：
1、土地清查费占0.5%，用于支付对项目区土地的权属调查、地籍测绘、土地评估所发生的费用；
2、项目可行性研究费占0.3-0.5%，用于支付项目承担单位委托有资质的单位对项目进行可行性研究时发生的费用；
3、项目勘测费占1.5%，用于支付项目承担单位委托有资质的单位对项目区内的土地进行地形测量、工程勘察所发生的费用；
4、项目设计与预算编制费占1.6-2.4%，用于支付项目承担单位委托有资质的单位对项目规划设计和预算编制时发生的费用；
5、项目招标费占0.3-0.5%，用于支付项目承担单位委托具有资质的单位在项目招标过程中发生的费用；
6、重大工程规划编制费占0.6%，（仅限国家和省确定的工程区）。 （二） 工程监理费，是指项目承担单位委托具有工程监理资质的单位，按国家有关规定对项目进行全过程监督与管理所发生的费用。工程监理费按不超过工程施工费的1-1.5%计取。
（三） 竣工验收费，是指项目工程完成后，因项目竣工验收、决算、成果的管理等发生的各项支出，主要包括项目工程验收费、项目决算编制及审计费、整理后土地的重估与登记费、基本农田补划与标记设定费等。竣工验收费按不超过工程施工费的3%计取，其中： 1、项目工程验收费占1.3%，用于支付项目竣工自查、实验、验收过程中所发生的费用；
2、项目决算编制与审计费占0.9%，用于支付项目竣工决算编制和对决算进行审计时所发生的费用；
3、整理后土地重估与登记费占0.6%，用于支付项目承担单位在对项目区土地进行重估与登记过程中发生的费用；
4、基本农田补划与标记设定费占0.2%，用于支付项目所在地人民政府组织设定项目区标记和补划基本农田过程中发生的费用。 （四） 业主管理费，是指项目承担单位为项目的组织、管理所发生的各项管理性支出，主要包括项目管理人员的工资、补助工资、其他工资、职工福利费、公务费、业务招待费等。业主管理费按不超过工程施工费、前期工作费、工程监理费、竣工验收费四项合计的2%计取。
（五） 捭补偿费，是指土地开发整理项目实施过程需捭的零星房屋、林木、及青苗等所发生的行当补偿费用。拆迁补偿费据实计算，具体工程量列计在工程施工费土地平整工程中，采取适量、象征性方式一次补偿。
第五十一条 不可预见费，是指项目施工过程中因自然灾害、设计变更及不可预见因素的变化而增加的费用。不可预见费按不超过工程施工费、设备费和其他费用三项合计的2%计取。
第五十二条 项目资金可用于购置与项目配套的设备，但不得用于购建固定资产和无形资产，对外投资，支付滞纳金、罚款、违约金、赔偿金、赞助和捐赠支出，以及国家法律、法规规定不得列入成本、费用的其他支出。
第五十三条 项目预算一经确定，任何单位或个人不得随意调整。有特殊情况确需调整的，应按规定的程序报批。
第五十四条 项目资金由财政部门依据项目工作进度等情况拨付。各级财政和国土资源管理部门对下达的土地开发整理项目资金应在10个工作日内拨付到项目所在县级项目资金专户。在项目竣工验收前，拨付的项目资金不超过项目预算的90%，其余10%待项目竣工验收合格后拨付。
第五十五条 年度终了，项目承担单位应按照规定编制项目资金年度支出决算。项目资金决算按资金拨付渠道逐级汇总、上报，并经项目入库批准机关审核、汇总后报财政部门。