将产生巨大税收漏洞。尤其是在资产收购的情况下，资产转让一方不纳税，资产收购一方却凭空增加了计税基础，这样的税收漏洞是不可取的。
（10）以上问题的分析，同样适用于资产收购。股权也是一种资产，股权收购和资产收购的经济本质是一样的。
（五）关于以上问题的政策沿革。
1、国税发【2000】118号文件规定，取得整体资产一方，如果为免税重组情形下，取得资产的计税基础按照原计税基础确定。
国税发【2000】118号文件第四条：转让企业取得接受企业的股权的成本，应以其原持有的资产的账面净值为基础确定，不得以经评估确认的价值为基础确定。
接受企业接受转让企业的资产的成本，须以其在转让企业原账面净值为基础结转确定，不得按经评估确认的价值调整。
2、国税发【2003】45号文件，基于以上理由，认为存在重复纳税因素，因此改为：取得资产的计税基础按照公允价值确定。
国税发【2003】45号文件第六条第二款：符合《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）第四条第（二）款规定转让企业暂不确认资产转让所得或损失的整体资产转让改组，接受企业取得的转让企业的资产的成本，可以按评估确认价值确定，不需要进行纳税调整。
3、财税【2009】59号文件拨乱反正，资产收购和股权收购中取得标的自查哪一方，按照取得股权（资产）的原计税基础确定。其理由如上述分析。
（六）以控股企业的股权支付情况下的股权收购税务处理（即：换股）
4号公告第六条将控股公司解释为：本企业直接持有股份的企业。使得59号文件的适用范围大大扩展。
例如：A公司准备购买b公司全资持有的子公司B公司股权，b公司持有B公司股权的计税基础为5亿元，公允价值为10亿元；A公司以其持有子公司C公司40%的股权支付，其计税基础为4亿元，公允价值也为10亿元。根据4号公告第六条，这种支付符合股权支付额条件，可以适用特殊性税务处理：
1、b公司隐含增值不必得到实现，而是递延到A公司。b公司转让全资子公司B公司股权，计税基础为5亿元，公允价值为10亿元，其持有的长期股权投资有隐含增值5亿元，不必得到实现。
2、A公司取得B公司股权的计税基础。
59号文件表述：收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
这里的被收购股权，应该为b持有的B公司的股权，不能认为互为收购，将这里的股权认为是A公司持有的C公司40%的股权，因为59号文件中的被收购企业股权比例要求达到75%，而A公司持有股权比例只有40%，将其牵强理解为互为收购是说不过去的。 因此，按照59号文件表述，A公司取得B公司的计税基础应该是被收购股权的原有计税基础5亿元确认。但是，这显然不符合逻辑，在特殊性税务处理条件下，b公司转让股权没有实现所得，A公司换出资产的计税基础4亿元，却要转换为5亿元，违反了非货币性资产交易原则的基本原则，非常搞笑，也是不可能的。
因此，A公司取得B公司股权的计税基础，仍然应该按照非货币性资产交易旧准则的办法，在不确认所得的情况下，换入资产的账面价值等于换出资产的账面价值，即：A公司取得B公司股权为4亿元而非5亿元。
在4号公告第六条将控股企业的概念解释为本企业直接持有股份的企业后，由于以子公司股权作为对价的普遍存在，这里的计税基础，在立法上应该分为两类：第一，以自己的股权支付，则取得收购股权（资产）的计税基础，按照收购资产（股权）的原计税基础确定；第二，以控股企业股权支付的，以支付对价股权的原有计税基础确定。
如果，财政部和总局不打算协调修改文件，则次之，可以发文件牵强解释被收购股权的概念，解释为互为收购，虽然不符合逻辑，但是勉强解决问题。 3、b公司取得A公司股票的计税基础。
按照被收购股权（资产）的原有计税基础，即：5亿元确认。这一点无论是以自己的股权支付（定向增发），还是以本公司直接持有的股份支付，都没有异议。 《办法》第二十四条解读：
（一）备案资料的构成同股权收购基本相同。
（二）股权收购和资产收购本质相同，本文以上对股权收购的分析，均适用于资产收购。因此，对资产收购不再做重复分析。
资产收购如果是采取以自己的股份支付对价，其实质同国税发【2000】118号文件的整体资产转让是类似的。
59号文件区分资产收购还是股权收购的目的是区分被收购资产或股权比例的要求，其本质是相同的。
例如，A公司收购B公司的资产，B公司有净资产5亿元，其中2亿元是100%持股的长期
股权投资，3亿元是实体经营性资产，A公司购买B公司的长期股权2亿元，按照资产收购判断，被收购资产达不到B公司75%的资产比例，不符合条件，按照股权收购的条件，则是100比例，符合条件。
又如：A公司购买B公司的资产，B公司资产公允价值为5亿元，主要构成为持有其他企业的股权，但是持股比例均为51%，如果按照股权收购，不符合条件；判定为资产收购，则符合条件。
（三）实际案例：锦江股份重大资产置换暨关联交易案例
2010年5月14日，上海锦江国际酒店发展股份有限公司（以下简称锦江股份）发布了《重大资产置换及购买暨关联交易报告书》，同上海锦江国际酒店（集团）股份有限公司（以下简称锦江酒店集团）进行了重大资产置换。交易的核心是本公司以星级酒店业务资产与锦江酒店集团的“锦江之星”经济型酒店业务资产进行置换，以达到专业经营的目的。 在本案例中锦江酒店集团以自己旗下锦江之星71.225%的股份、旅馆投资80%、达华宾馆99%的股份，以及33915.17万元现金去收购锦江股份11家公司（其中两家分公司，9家子公司）的权益，标的资产公允价值为306703.41万元，股权支付比例为89%,超过了85%的股权支付比例；收购资产达到锦江股份的95.32%，达到了75%的比例。
因此锦江股份和锦江酒店（集团）的资产重组行为符合59号文件特殊性税务处理条件，可以享受特殊性税务处理。
之所以锦江股份的重组业务符合特殊性税务处理条件，就是因为4号公告第六条将控股公司解释为本公司直接持有股份的公司，否则这个重大资产置换是不符合特殊性税务处理条件的，笔者曾经做过测算，如果锦江股份的重组不符合特殊性税务处理条件，重组双方需要交纳企业所得税税款9.3亿元！ 《办法》第二十五条解读： （一）备案资料。
四号公告第二十五条第（二）项备案资料中，要求提供政府主管部门的批准文件。如果两个私营企业并且是非上市公司合并，是不会有政府部门的批准文件的，因此这一条定的太绝对了。
（二）两种情况符合特殊税务处理条件。
企业合并有两种情形符合特殊税务处理条件。第一种，股权支付额不低于交易支付总额的85%；第二种，同一控制下且不需要支付对价的企业合并。
（三）上市公司重组业务中，合并业务较多，常见的操作模式是换股吸收合并，例如东方航
空公司吸收合并上海航空公司、唐钢换股吸收合并邯钢以及承德钒钛、s延边路吸收合并广发证券等。
案例：2009年12月，东航发布《中国东方航空股份有限公司
换股吸收合并上海航空股份有限公司报告书》，按照5.28元每股股票的股价定向增发A股，以购买上海航空公司的全部净资产，按照1:1.3的换股比例向上海航空公司的股东换股吸收合并，该业务符合特殊性税务处理条件。 1、该交易具有合理的商业目的； 2、该交易属于依法合并；
3、东航按照1:1.3的换股比例换股吸收合并上海航空，同时按照5.50元每股，提供异议股东现金选择权，取得现金支付的股东属于东航非股权支付额。该项交易预计异议股东达不到总发行股份15%的比例，因此股权支付额应该超过85%。
4、吸收合并后，上海航空公司的资产继续从事民航运输，因此具有经营的连续性。 5、吸收合并后，占股份20%以上的原主要股东，在12个月内不能转让股份，以保持权益的连续性。上海航空公司的原股东有两个超过20%的持股比例，分别为上海联合投资有限公司和锦江酒店（集团）有限公司。预计这两家企业在12个月内不会转让其取得的存续企业东航股份。
（四）同一控制下且不需要支付对价的定义。
四号公告第第二十一条：《通知》第六条第（四）项规定的同一控制，是指参与合并的企业在合并前后均受同一方或相同的多方最终控制，且该控制并非暂时性的。能够对参与合并的企业在合并前后均实施最终控制权的相同多方，是指根据合同或协议的约定，对参与合并企业的财务和经营政策拥有决定控制权的投资者群体。在企业合并前，参与合并各方受最终控制方的控制在12个月以上，企业合并后所形成的主体在最终控制方的控制时间也应达到连续12个月。
注意点1：税法中的同一控制定义，基本上借鉴了《企业会计准则第20号-企业合并》及其指南中的定义；
2、税收中对同一控制的定义，还要求没有支付对价才可以。一般来说属于100%控股的合并，才能满足不支付对价的条件。
3、同一控制下的合并，又分为向上合并、向下合并、兄弟合并，这三种情况均不需要支付对价，均符合59号文件的条件。
4、税法中的同一控制，对该控制不是暂时性的要求是重组完成日前的12个月和重组完成日
后的12个月，即至少保持24个月。
5、同一控制下的合并，在现实中有很多案例，非常具有现实性。
（五）借壳上市常用手法（以股份回购暨定向增发吸收合并较多，因此在合并一条中总结） 1、资产置换。例如，上海锦江股份重大资产置换案例，当然在这个案例中，置换进来的资产锦江之星以前也属于上市资产，是属于另外一个在香港上市的公司锦江酒店（集团）的子公司。
2、股份回购暨定向增发吸收合并。在这种模式中，上市公司以实质经营性资产向母公司股份回购，然后再吸收合并借壳企业，最后更名、迁址。例如：s延边路股份回购暨吸收合并广发证券案例、石炼化股份回购暨吸收合并长江证券案例。
3、股份转让、重大资产收购暨定向增发置入上市资产。典型的例如，中南房地产借大连金牛壳上市案例。
《办法》第二十六条解读：
（一）特殊性税务处理下亏损弥补基本框架
税法的基本设计是，纳税人不能通过交易安排，让合并企业资产产生的利润弥补被合并企业的亏损，被合并企业的亏损应当用被合并企业利润来弥补。
119号文件采取了按照净资产比例弥补的方式（资产比例测试），而59号文件假定社会平均利润率为最长期限的国债利率，被合并企业的净资产同利率的乘积，就是未来被合并净资产能产生的利润，用这个利润来弥补被合并亏损，目前我国最长期限的国债为50年，国债利率为4.3%。
（二）合并商誉是否作为弥补亏损计算的基数？
规程讨论稿认为，由于商誉在产生利润时也在发生作用，因此被合并企业净资产公允价值包括商誉。即：这里的合并企业净资产公允价值实际上就是交易价格，即：净资产公允价值+商誉。
4号公告未明确该问题，实践中可能会引起一些争议。
（三）4号公告明确了亏损弥补限额按年计算，先前财政部领导培训时认为是总限额，此次明确的确是按年计算。
利率按年计算，因此这里亏损限额也是按年计算。如果被合并企业净资产公允价值为负数，则其亏损不能延续弥补。
（四）同一控制下的合并依然应该遵循被合并企业亏损弥补规则。
此前，有一种观点认为同一控制下的合并，其亏损不应受到限制，这种观点最终未被采纳，