Arlequin3.1的使用说明
Arlequin功能的概述
Molecular diversity—分子多态性
Mismatch distribution—错配分布
Haplotype frequency estimation—单倍型频率估计
Linkage disequilibrium—连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联 Hardy-Weinberg equilibrium—哈温—伯格平衡 Tajima’s neutrality test—Tajima中性检测 Fu’ s neutrality test—Fu中性检测
Ewens-watterson neutrality test—Ewens-watterson中性检测
以上三个中性检测都是基于无限位点模型，适用于DNA sequence和RFLP单倍型。
Chakraboety’s amalgamation test—Chakraboety’s融合检测，检测人群的均一性和同质性，和中性选择等。
Minimu Spanning Network(MSN，最小扩张树或称之为最小支撑树，给予分子差异。
AMOVA—分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构 Parwise genetic distances—遗传距离的估计
Exact test of population differentiation—检测随机交配群体单倍型的非随机分布
Assignment test of genotype—通过估计等位基因平率将单个基因型分被盗特定的人群中。
Arlequin3.1分析的数据文件的格式必须是以*arq为扩增名
方法：用Clustalx比对后保存一个PHY格式的文件，在DNAsp中打开该文件，点击Generate中的Haplotype date file ，设置considered，其余的参数不变，在其中的Generate中选其中的Arlequin Haplotype List 即可保存下用Arlequin3.1分析的文件的格式（在import date中可以进行文件格式的转换，Arlequin的数据转化为Arlequin、Genepop、Biosys、phylip、Mega、WinAmova）
首先打开Arlequin3.1的界面如下：
点击open project，出现如下的界面：
选择你要分析数据的文件，一般扩增名为*arp
下面以例子中的文件加以说明:
点击打开，
Project title 所分析数据的名称
Genotypic date 输入数据是单倍型还是双倍性 Gametic phase：确定输入数据中配子片段是否已知 Recessive date：确定输入数据是否为阴性 Date type：输入数据的类型
Missing date：缺失数据用什么字符表示
对上面的例子进行数据设置
点击Setting 出现如下的界面
点击General setting情况如下：
点击Haplotype inference（单倍型频率），出现如下界面