设置后，出现如下的数据：
点击Start ,就会进行分析，将会得到一系列的结果。出现的结果在一个与原来的文件名相同的文件夹，运行的结果是Html文件。
AMOVA,是指对分子差异性的分析。它通过对所研究居群进行不同层次的归类和划分，可界定不同的遗传结构并进行统计学检验，从而估计出群体间、群体内以及个体间不同层次所表现出的差异占总变异的多少，这种方法可以讨论不同海拔高度、不同语系、以及地理群体间是否存在相应的遗传变异。 Locus by locus AMOVA 每个基因单独进行分子差异性的分析
Include in individual level for genotypic data 包括个体间金银分歧度协方差组成和相关的固定指数。它计算出的是观察到的基因间的差异。
Number of permutations 用来检测方差组成和固定指数的置换数的值，如果数值是0则不会有任何检测结果。
Compute minimum spanning network among haplotype 利用分子差异计算并绘制单倍型之间的系统树。
Genetic strcture中的population comparision选项，会出现如下的界面 Population comparation 计算人群之间不相似指数（遗传距离）的大小，如Fst（短片段的基因的遗传距离）和Nei’s（人群之间和人群内部的平均背对差异）。 Computation of Fst：计算所有配对人群的Fst值。
Renyolds’s distance：计算Renyolds’s等线性化的Fst，这适合于分歧时间较短的样本。
Slatkin’s distance：计算源于配对间的Fst的Slatkin’s遗传距离。 Pairwise difference：计算Nei’人群内部和人群之间的平均配对差异数。 Compute relative populations：计算所有背对人群之间的相对人群大小，也可以计算人群之间的分析时间。
出现的几个界面的设置 Configuration
Project wizard
Import—export
Structure editor
Arlequin setting